Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,133 A→G 29.8% V140A (GTA→GCA)  tpn ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1330AG29.8% 233.7 / 165.4 233V140A (GTA→GCA) tpnIS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (74/87);  new base G (38/31);  total (113/120)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01

Only 100 of 236 total aligned reads displayed.

TTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATC  >  CP000730/35993‑36272
                                                                                                                                             |                                                                                                                                           
  gccgTATTGATACTTTGATATATTGACAGTTTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGcc                                                                                                                                           >  1:371310/4‑141 (MQ=14)
     gTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAACGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTc                                                                                                                                        <  1:250629/141‑1 (MQ=255)
     gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc                                                                                                                                        >  2:193517/1‑141 (MQ=255)
       aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                      <  1:58800/141‑1 (MQ=255)
       aTTGATACGTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                      <  1:87334/141‑1 (MQ=255)
        ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTACTCCATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                                     >  2:113798/1‑141 (MQ=14)
             aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAGTGAGGTTATTCCGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                                >  2:101474/1‑141 (MQ=255)
              cTTTGATACCTCGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                                                               >  1:113540/1‑141 (MQ=255)
               tttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                              >  1:301423/1‑141 (MQ=255)
               tttGATACCTTGTCTTGCTTAGTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                              >  1:190543/1‑141 (MQ=255)
                ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                             >  2:351991/1‑141 (MQ=255)
                ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                             <  2:287963/141‑1 (MQ=255)
                 tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                                            >  1:282106/1‑141 (MQ=255)
                  gATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                           <  1:227157/141‑1 (MQ=255)
                  gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                           >  1:354763/1‑141 (MQ=255)
                  gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                           >  1:127567/1‑141 (MQ=255)
                   ttACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                          <  2:60335/140‑1 (MQ=37)
                   aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGACTg                                                                                                                          >  1:26908/1‑141 (MQ=255)
                    tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCCTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                                         >  1:257675/1‑141 (MQ=38)
                      ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACCCTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCTTGAtt                                                                                                                       >  2:247057/1‑140 (MQ=11)
                        ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCCATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAATTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGCGCCTGATCTg                                                                                                                     >  1:114185/1‑141 (MQ=11)
                        ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                                     >  2:106798/1‑141 (MQ=255)
                         tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAGCTGt                                                                                                                    >  1:196897/1‑141 (MQ=255)
                          gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATTT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                                   >  1:316381/1‑141 (MQ=38)
                           tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                                  >  1:265763/1‑141 (MQ=255)
                           tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                                  >  2:84212/1‑141 (MQ=255)
                           tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                                  >  2:327406/1‑141 (MQ=38)
                               tcttATTTTAATATTGCGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTCAGTTTAAAAGCTTTGATTACTTTACCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                                              <  2:160482/141‑1 (MQ=11)
                                cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTTCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGGACTTAcc                                                                                                             >  1:6309/1‑141 (MQ=255)
                                cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATCACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGACGGTGCCTGAGTTGtacctacc                                                                                                             >  2:212722/1‑141 (MQ=11)
                                cttACTTTAATATGACGGAGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAcc                                                                                                             >  2:74675/1‑141 (MQ=255)
                                 ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                            >  2:94636/1‑141 (MQ=255)
                                 ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                                            >  1:335960/1‑141 (MQ=255)
                                 ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTTAGTACCt                                                                                                            >  2:318072/1‑141 (MQ=255)
                                  tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                           <  2:66159/141‑1 (MQ=255)
                                    cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                         <  1:179046/141‑1 (MQ=255)
                                    cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                         <  2:329947/141‑1 (MQ=25)
                                        aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                                                     <  2:302862/141‑1 (MQ=255)
                                        aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCACTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAgg                                                                                                     >  1:69213/1‑141 (MQ=11)
                                            tGACGGTGATTTTGCCCAATGAGGTTATATTTTTATTTGGATGTGACTA‑GCAACTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTATTTACTTTAACCATTGCCACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAGCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                                                 <  1:365966/141‑1 (MQ=2)
                                              aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                               >  1:283796/1‑141 (MQ=21)
                                              aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                                                               >  2:148929/1‑141 (MQ=255)
                                              aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTCAGCCTTAcc                                                                                               >  2:173595/1‑141 (MQ=11)
                                               cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCa                                                                                              <  1:337370/141‑1 (MQ=11)
                                                ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGTTACTTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                                             <  2:204886/141‑1 (MQ=255)
                                                ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTACTTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                                             <  2:187568/141‑1 (MQ=12)
                                                 gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                                            <  1:131275/141‑1 (MQ=11)
                                                  ggATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAt                                                                                           <  2:295644/140‑1 (MQ=255)
                                                   gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAAGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                                          >  2:154242/1‑141 (MQ=12)
                                                   gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                                          <  1:345793/141‑1 (MQ=32)
                                                     tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCGATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                                                        >  2:267196/1‑141 (MQ=11)
                                                     tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATGTTAGCCATTGCAGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                                                        >  2:279057/1‑141 (MQ=11)
                                                     tCTTGCTCAATGAGATTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTCAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                                        <  2:191916/141‑1 (MQ=255)
                                                         tgtCAATGAGGTTTTTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                                                    <  2:69513/139‑1 (MQ=11)
                                                          cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                                                   <  1:321417/141‑1 (MQ=12)
                                                           tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTATCAAATTGTTTAATg                                                                                  <  1:205381/141‑1 (MQ=12)
                                                           tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                                                                  <  2:76787/141‑1 (MQ=32)
                                                             aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                                >  2:276688/1‑141 (MQ=255)
                                                                gAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                             >  2:294753/1‑141 (MQ=12)
                                                                 aGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                            >  1:318977/1‑141 (MQ=12)
                                                                 aGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                            <  1:230050/141‑1 (MQ=17)
                                                                 aGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                            <  1:177507/141‑1 (MQ=255)
                                                                  ggTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGCCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                           <  1:201173/141‑1 (MQ=11)
                                                                   tttATTCAGATATTTCGATGG‑ACAATGGCAGTCAGGTTCAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGCAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                                          <  2:341864/140‑1 (MQ=11)
                                                                    ttATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                         <  2:358758/141‑1 (MQ=17)
                                                                    ttATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                         <  1:317116/141‑1 (MQ=11)
                                                                    ttATTCAAATATTTCGATTC‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                         <  2:249908/141‑1 (MQ=11)
                                                                     tATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAACAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                                        <  1:238934/141‑1 (MQ=17)
                                                                        tCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGCCGTTTGATaa                                                                     >  2:180528/1‑141 (MQ=255)
                                                                          aGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATAACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATAAGACGTCTGATAAAc                                                                   >  2:230007/1‑141 (MQ=11)
                                                                             tatTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                                >  1:216872/1‑141 (MQ=12)
                                                                                ttCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                             >  1:22247/1‑141 (MQ=17)
                                                                                ttCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                             <  1:305075/141‑1 (MQ=17)
                                                                                  cGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACTAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                           >  1:217858/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  cGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATCGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACGTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAATGCATATGc                                                           <  2:275484/141‑1 (MQ=11)
                                                                                  cGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAATCCTCCCATCGTTTAATGTGCCTGGTCTGAAATGACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGATGTTTGATAAACGCATATGc                                                           <  1:198090/141‑1 (MQ=11)
                                                                                    aTGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGGAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                                         <  1:27075/141‑1 (MQ=255)
                                                                                    aTGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                                         >  2:309093/1‑141 (MQ=32)
                                                                                      gT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa                                                       <  1:142530/141‑1 (MQ=17)
                                                                                       t‑ACAATGACTGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTCGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                                                      <  2:97606/141‑1 (MQ=11)
                                                                                         aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                                     >  2:131837/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                    >  1:341190/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                    >  1:153818/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGattca                                                    <  2:4006/141‑5 (MQ=17)
                                                                                           aaggACAGTCAGGTTTAAGTTGAAAAGCTTTAATTATGTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                                   <  2:118688/138‑1 (MQ=11)
                                                                                           aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                                   <  1:262994/141‑1 (MQ=11)
                                                                                           aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                                   <  1:196308/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                                     gcgttAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGTTCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGAAATTTTTTAAGGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCATCCAAata                         <  1:234769/138‑1 (MQ=1)
                                                                                                                                tttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGGCTGTTCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGTCGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg              <  2:166263/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                tttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGTTTACGCAACAAAATATCTAatgtatg              >  1:308586/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                                ttgaaccATGGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg              <  1:46607/136‑1 (MQ=2)
                                                                                                                                   aaccATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc           <  2:304595/139‑1 (MQ=17)
                                                                                                                                    accATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTccc          >  2:262239/2‑141 (MQ=17)
                                                                                                                                      cATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctc        <  2:127567/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                                                      cATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTGGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctc        <  1:32939/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                                                        ttGCTACCTTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTg      >  1:311952/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                                                         tgctgcCTTCGTGGAAGGTGCCTGTTCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTATTGGTACGTTTGATGAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCATCCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTgt     <  2:354009/141‑2 (MQ=11)
                                                                                                                                         tGCCACCTTCGTTGAATGCGTCTTATCTGTAATTACTTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTgt     <  1:101511/141‑2 (MQ=11)
                                                                                                                                           cTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGGCGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATGTAATGTATGTCACTCTGTAt   >  2:238671/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATc  <  1:222330/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                                                             |                                                                                                                                           
TTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATC  >  CP000730/35993‑36272

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑