| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,180 | C→T | 30.7% | intergenic (+238/‑896) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,180 | 0 | C | T | 30.7% | 74.2 / 30.3 | 50 | intergenic (+238/‑896) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/16); new base T (5/9); total (23/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
GAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATA > CP000730/76041‑76316 | gAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCt > 1:289370/1‑141 (MQ=255) tgctgcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACaaaa > 2:232084/1‑141 (MQ=255) tgctgcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACaaaa > 2:210103/1‑141 (MQ=255) aCCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGt < 1:142585/141‑1 (MQ=255) ccTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGtc > 1:104872/1‑141 (MQ=255) ccTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGtc > 1:104167/1‑141 (MQ=255) tGTATCAATTAGAACAGAAAAAAAAAGAGAAAGTAATCCATGTAATACTAACACAAAGGAAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAATGTTGTATCTATAGTAAAAAAAAAAAAAAAAGGAGtctt < 2:109531/141‑1 (MQ=255) aGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAAc < 1:266315/141‑1 (MQ=255) aaCAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTa < 2:294881/141‑1 (MQ=255) gCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTc < 1:264321/141‑1 (MQ=255) aaaCTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGAtata < 2:181844/141‑1 (MQ=255) gtTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACaa < 1:177789/141‑1 (MQ=255) gTAATCCAGGGAATACGAACACAAAGGCAATTTATTTAATAATTAGAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATGATAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTa < 2:275417/141‑1 (MQ=21) gAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGt > 1:272632/1‑141 (MQ=255) aaTACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGtt < 2:248620/141‑1 (MQ=255) aaTACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGtt > 2:197693/1‑141 (MQ=255) aaCACAAACGCAATTAATTTAATTATTAACGCAATATATAGGTTATGTTGAAAAGTATAATCTAAAGTATAATTTTAACTAAAAGGAGTCTTCCGTATGCACTAGTTCAGATATAAACAATTTAACAAGAATGTAAtacct > 2:150105/1‑137 (MQ=17) acacAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTAAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCCGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCAcgg < 2:217671/141‑3 (MQ=255) acaAAGGCAATTAATATAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTa < 1:233074/141‑1 (MQ=255) caAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGATTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAg < 1:288107/141‑1 (MQ=255) cAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTg > 2:103729/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=11) gtaaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAGAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCAtt < 1:51004/134‑1 (MQ=11) gttagaaGGTTCTTTTGCAAAGTTGAATTTATAATATAATTAAAAACAAAAGTAATCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 2:145906/135‑1 (MQ=11) aaaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATGTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 2:165349/135‑1 (MQ=255) aaaTATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 1:330115/141‑1 (MQ=255) aaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGa > 1:305998/6‑141 (MQ=9) aaTAGAGGTTCTGGTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGCGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGa < 2:262436/141‑1 (MQ=255) aatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAg < 2:171997/137‑1 (MQ=2) aatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAg < 1:333272/137‑1 (MQ=2) aggaGGTTCTTTTGCAAAGGTGAATTTATAATATAATTATAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgc < 2:365222/138‑2 (MQ=11) tgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGCATTTATAGTATAATTTTAAACAATAGAAGAGTTCCGTACAAACTATTTCAGATATAAACATTTTAACAATGATTTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGtt < 2:359269/139‑1 (MQ=11) ataGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAAAAAGGAGGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTgcggt > 1:134857/1‑137 (MQ=255) gaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGCGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGttt 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2:340717/1‑141 (MQ=35) gaaaGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTTTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATc < 2:112078/140‑1 (MQ=255) cAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATc > 1:128590/1‑141 (MQ=35) aGTTGAATGTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGACGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGa < 1:51454/141‑1 (MQ=12) agtGAATCTATAGTAAAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTGGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGaa < 1:290331/139‑1 (MQ=255) tgttCTGTAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGGCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTGTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCGTTGAGTTATCGTGATATATCTGAAata > 2:3970/4‑141 (MQ=11) | GAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATA > CP000730/76041‑76316 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |