| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 584,121 | G→T | 100% | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 584,121 | 0 | G | T | 96.8% | 89.3 / ‑5.9 | 33 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (16/15); minor base A (1/1); total (17/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCA > CP000730/583984‑584253 | gTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTACGAGTTACCTATAACTTAAAAGTTATCCTGCCGAGGATAAAATTGAATTGAACGTGATGATCCATGATCTTTCAAGCATTTTTTGCCTTgg > 2:60072/1‑141 (MQ=255) tttcAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGa < 1:346505/138‑1 (MQ=255) ttACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGGGGCTAAAATTGATTTGAACGTGATAAGCAATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttttt > 2:6480/1‑141 (MQ=255) ttACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCtttttt > 2:368683/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tgatctaagatatTTCAAGCACTTTTTGTATTGGGTAGAAAGTGTTTTTTTTATTAATCTTAAAAAACGCACCAAAAAATTAAATGTAGGTGTCTGCTTGTCTGCTATAAAAAAAAAAAAAAAACAACTAGTTGATGAAAt < 2:314361/141‑1 (MQ=255) atctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGt < 1:140677/141‑1 (MQ=255) tctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGCAGCTAAAAANCAANTNGTTGATGAAATTGCTGAGGTa > 1:267267/1‑141 (MQ=255) aCTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCCCGAAACCTCTCAACGGATTTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAAtt < 1:86459/141‑1 (MQ=255) aCTATTTGCCATGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAGATTTAAATGGAGGAGACCGAAAGACTGCAACCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGTAACTATCaaaat > 2:184665/1‑139 (MQ=255) tttttGCCTTGGGAAGAAAGTGCTTTTTTTATTAGTTTTAAAAAAAGCACCAAAAATGTAAATGGAGGTGTCTGAATGTATGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGTTGAGGTACTAGCAAGTTCa > 1:312935/1‑141 (MQ=255) | GTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCA > CP000730/583984‑584253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |