Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 2,337,959 | C→T | intergenic (‑125/‑119) | adhR ← / → USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,337,959 | 0 | C | T | 96.8% | 107.2 / NA | 31 | intergenic (‑125/‑119) | adhR/USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (22/8); minor base A (1/0); total (23/8) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGATCGAT > CP000730/2337830‑2338101 | ttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTa < 2:189931/149‑1 (MQ=255) ttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTAAAAAAAAAAAAAAATTGTATaa < 2:82953/149‑1 (MQ=255) gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 2:132369/1‑149 (MQ=255) gTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCT‑TTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 1:169141/1‑149 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |