| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,850 | C→T | 39.5% | intergenic (+81/+27) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 39.5% | 131.7 / 91.4 | 108 | intergenic (+81/+27) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/30); new base T (12/31); total (47/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.99e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTT > CP000730/35712‑35981 | cATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCa > 2:710398/1‑141 (MQ=255) aTTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCAc > 1:328275/1‑141 (MQ=255) aTTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCAc > 1:322350/1‑141 (MQ=255) ttGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTAGTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACt < 2:306001/141‑1 (MQ=255) aaaGTAATTAAGCTTGAAGCTATTCAGTATAAAGGTGTCGTCCAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAACTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAAttt < 1:163459/141‑1 (MQ=37) aGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTTAACGAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTAt > 1:183015/1‑141 (MQ=255) aGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTAt > 1:348197/1‑141 (MQ=255) gTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATc > 1:502719/1‑141 (MQ=255) aTTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCAt < 1:174987/141‑1 (MQ=255) tttAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATg > 1:61814/1‑141 (MQ=255) ttAATGTAGAACTGATTCATTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGt < 1:519346/141‑1 (MQ=255) tgaaTGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGCTTGTGGCGAAAAATGCTTACGTTATGAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGt < 1:179571/139‑1 (MQ=37) aaTGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTAATTGAACAGGAGCTAAAAGAAAATTGTGATCTAATAAAATTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAGAATATAGCTAACAACTAATTTCTCTTGTCa > 2:384404/1‑141 (MQ=38) aaTGTAGAAGCTATTCAAGATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAATATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTATGTTGCAAAAT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCa > 2:182925/1‑141 (MQ=38) tAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAgtgt < 1:184733/141‑1 (MQ=255) aaGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCg > 1:715998/1‑141 (MQ=255) atcTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 2:410365/139‑1 (MQ=255) aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAACATAGAAGGTTCTGAAAAAAAAA‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 2:448134/141‑1 (MQ=38) aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 2:144333/141‑1 (MQ=255) aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACCTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAACACAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 2:55759/141‑1 (MQ=255) cTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCtt > 1:432990/1‑141 (MQ=255) cTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCtt > 2:417709/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTaa > 1:675726/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGAGAAAAATGATTACTTGAACAAGATCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGGTGCAAAGTAAAAAAAATATATGTAACCACTAATTTATCTTGTCATTGTTCGCTTa > 2:433780/1‑141 (MQ=255) tCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACt > 1:307313/1‑141 (MQ=255) taGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAATAAGATTTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACtt < 2:80172/140‑1 (MQ=255) cAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACtt > 2:718520/1‑141 (MQ=255) gTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGc > 1:546589/1‑141 (MQ=255) tataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTCCTGTTGCAAAGT‑ACAAAAATATAGCTAACAACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCt > 2:255557/1‑141 (MQ=255) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTa < 2:749045/141‑1 (MQ=255) taAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTCACTTGCTAg > 1:772572/1‑141 (MQ=255) aGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCAGTAATTTATCATGTCAGTGTTGCGTTAAATTGCTAGCat > 2:786794/1‑141 (MQ=37) gTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATTAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCatg > 1:499625/1‑141 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGACTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCatgatg < 2:281577/141‑1 (MQ=255) tttGGCGAAAAAACATTACGTGAACAAGAGCTAAAATAAAGTTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCatgatg < 1:424521/141‑1 (MQ=255) tgtGGCGAAAAATAAATACTTGAAAAAGAGCTAAAATACAATTTTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGG‑AAAAAAAGATAGCTACCCACTATTTTACCATGACATTGTTCGCTTAACTTGCTAGCatgatg < 1:188553/139‑1 (MQ=21) ggCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTa > 2:687987/1‑141 (MQ=255) ttttttttttaTTACTTGAACAAGAGCTAAAATACAATTGGGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAAGATATCTAACCACTAATTTATCATCTCAGTGTTCACTTAACTTGCTACCATGATGCTaa > 2:518972/11‑141 (MQ=18) cGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAt > 2:376201/1‑141 (MQ=255) aTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTg < 1:543815/141‑1 (MQ=255) ttGAATCAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCg < 1:1260/141‑1 (MQ=255) aaCAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGaaa > 2:164649/1‑141 (MQ=255) agagCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATcc < 2:675726/141‑1 (MQ=255) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTCATTTGCTTGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 1:570813/15‑141 (MQ=11) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 1:67117/15‑141 (MQ=11) caaaagagtatcttaataaAAAT‑GAGGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag < 1:690303/128‑1 (MQ=11) aaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGGTAGTCACTAATATATCCTGTCAGTGTGCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAACTCCGTAGATCTGAag < 2:398604/128‑1 (MQ=11) aaatTGACATCTAATAAAAATAGAATGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag < 1:474082/141‑1 (MQ=255) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagag > 1:473655/12‑141 (MQ=11) aaagactattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTCTCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagag < 1:378872/130‑1 (MQ=11) aagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCAGGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga > 1:477332/11‑141 (MQ=11) agagtattttaataaAAATTG‑TGGTTCTGTTGCCAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:10018/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTGATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGAAATTCTGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:522131/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:11685/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:150579/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:780424/132‑1 (MQ=11) gattattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:251949/133‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTGATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACGTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:514734/133‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:93793/133‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:365719/133‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:192050/133‑1 (MQ=11) tgtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:122288/141‑1 (MQ=255) tgtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc > 1:398352/1‑141 (MQ=255) tgtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:329543/141‑1 (MQ=255) tgtgAATTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:712039/141‑1 (MQ=255) ggtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGC‑AAAAACATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTCTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATCTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTGAATCTGCAGCGAc > 2:588483/2‑141 (MQ=14) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGGTCTTAGGAGACCt > 2:509622/8‑141 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:572279/134‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:568759/134‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:572424/134‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGGTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAACCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGTTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:143336/134‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATAGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt > 1:476811/8‑141 (MQ=11) gtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:87037/141‑1 (MQ=255) gtattttgataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:751393/133‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 1:563105/135‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:311450/135‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCAGTTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGCTCTGAAGAGACCTg > 1:380189/7‑141 (MQ=11) tgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:244772/141‑1 (MQ=255) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 1:702764/136‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc > 2:415452/6‑141 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTGACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAtgaggactgagg > 1:58427/4‑133 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 1:223809/138‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 1:687879/138‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTCCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAACCCGTACATCTGAAGAGAACTGAgg > 2:195721/4‑141 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATGTATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:85120/139‑1 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:770750/139‑1 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTGCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTCATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:687952/139‑1 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt < 2:627242/140‑1 (MQ=11) cTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTAACAAAAA‑AAAAAAATATAGCTAACCACTATTTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:435088/141‑1 (MQ=14) ataataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:397519/140‑1 (MQ=40) taataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAATTCCGTAGCTCTGAAGAGACCTGCGGTTc < 1:510990/141‑1 (MQ=11) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:322063/1‑141 (MQ=11) aaaaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATGTGAATAACCACTTATTACAGATTCCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:186228/1‑141 (MQ=11) aaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtttt > 1:93595/1‑141 (MQ=35) aaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGGTCtttt > 1:148482/1‑141 (MQ=25) aaTAGGAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCGGTAGTGCTGAAGAGTCCTGCGGTTCttttt < 2:398652/141‑1 (MQ=11) gAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGCAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 1:329383/1‑141 (MQ=14) gAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGCGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 2:352035/1‑141 (MQ=14) aaGGTTCTGTTGCAAAGT‑AACAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGCAAATCCGTAGAGCTGAAGAGACCTGGGGTTCTTGTtatata > 1:633601/1‑141 (MQ=11) aatatcaaaCCATTAATTTATCATGTCAGGGTTCGCTTAACCTGCTAGCATGATGCGAATGTCGTGTCATGGCGATAATCCGTAGATCGGAAGAGCCCTGCTGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCttt < 2:612040/134‑1 (MQ=1) | CATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTT > CP000730/35712‑35981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |