| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 531,520 | C→A | 18.7% | intergenic (+1091/‑4634) | veg → / → rplY | hypothetical protein/ribosomal protein L25 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 531,520 | 0 | C | A | 18.7% | 133.6 / 12.0 | 68 | intergenic (+1091/‑4634) | veg/rplY | hypothetical protein/ribosomal protein L25 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/23); new base A (2/11); total (33/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
TCGATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTTGATGAACC > CP000730/531380‑531655 | tCGATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑Gc < 1:709470/141‑1 (MQ=255)ccGATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGACAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑Gc < 1:281757/140‑1 (MQ=255) gATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCaa < 1:50882/141‑1 (MQ=255) ttAGAGTCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCaaaa < 1:64885/141‑1 (MQ=255) 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2:671645/1‑141 (MQ=255) gCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAatat > 2:470789/1‑141 (MQ=255) gCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAatat > 2:599098/1‑141 (MQ=255) ccAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATAtt > 2:766488/1‑141 (MQ=255) ccAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATAtt < 1:360283/141‑1 (MQ=255) aaTTTCTGTTTAAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAACATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAACAAAAAAAATAttt > 1:550640/1‑141 (MQ=255) 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2:346889/1‑140 (MQ=255) aaaataaaaaataaTATGTTGAAAAGGGGAGCAGATGGGGAGTAAATGAGGGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAAAAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAgtg < 2:50229/141‑1 (MQ=255) ttAAAATATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTAc < 1:369899/141‑1 (MQ=255) agtaataTGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTCTACttagtt < 1:578687/139‑1 (MQ=255) ataacaTGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTATAATGAAGTGTACttagtta > 1:536825/1‑141 (MQ=255) aaaGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGGGGAAGCGTACCGACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGAt < 1:694251/141‑1 (MQ=255) 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1:445367/141‑1 (MQ=255) ggTGAGTTAATGAGTGGAAGCGGAACTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGAAAA‑AAAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGaaaa < 2:99982/141‑1 (MQ=255) cGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATg > 1:294148/1‑141 (MQ=255) agtGAGGGGAAGCGGAACTACTGTGGATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGGAGTTAACGGGTGTTGTAATGAAGTGTATTTAGTTCGACTGTGAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGat < 1:382623/139‑1 (MQ=255) aaTGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGat < 1:750617/141‑1 (MQ=255) aaTGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGat < 1:673413/141‑1 (MQ=255) 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2:369965/141‑1 (MQ=255) ccTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCgagag < 2:638753/141‑1 (MQ=255) cTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCgagaga < 1:194032/141‑1 (MQ=255) tgtATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGTGAGAGAATTGtt < 1:410147/141‑1 (MQ=255) ggCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATg > 2:708802/1‑141 (MQ=255) ggCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGATGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGAGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATg > 2:720149/1‑141 (MQ=255) 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2:267740/1‑140 (MQ=255) aagaaagCCAA‑CCAAAAAAGATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTtg < 1:177312/141‑1 (MQ=255) agaaagCCAA‑GGAAAAGATATTTACAACGCAGGTAACGGGTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTtga < 2:25901/141‑1 (MQ=255) agaaagCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTtga < 2:722451/141‑1 (MQ=255) aagCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTtgatga > 2:705679/1‑141 (MQ=255) ccAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGAATATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAGACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTTGATGAAcc > 2:242522/1‑141 (MQ=255) | TCGATTAGAGCCAATTTCTGTTTCAAAACACCCACAAATCGATAAATTAAAAAATAATATGTTGAAAAGTGGTGCAGATGGTGCGTTAATGAGTGGAAGCGGACCTACTGTGTATGGGCTAGCACGAAAAGAAAGCCAA‑GCAAAAAATATTTATAATGCAGTTAACGGTTGTTGTAATGAAGTGTACTTAGTTAGACTATTAGGATAGAAGGGTTGAAAAGATGAGATATAAACGAAGCGAGAGAATTGTTTTTATGACGCAATATTTGATGAACC > CP000730/531380‑531655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |