| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,231,720 | G→A | 12.3% | R122K (AGA→AAA) | prpC → | possible PP2C protein phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,231,720 | 0 | G | A | 12.3% | 128.7 / 9.8 | 60 | R122K (AGA→AAA) | prpC | possible PP2C protein phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/24); new base A (2/5); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
CGTAATAATATAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAGGTGAT > CP000730/1231581‑1231858 | cGTAATAATATAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTaga < 2:514730/141‑1 (MQ=255) ataataAAAAAGATATCAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAAAGCCt < 1:728471/141‑1 (MQ=255) ataAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGtt > 2:103331/1‑141 (MQ=255) taAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGtta > 2:80562/1‑141 (MQ=255) taAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAAAGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGtta > 2:784943/1‑141 (MQ=255) atatAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAATTGACGAGTATTCTAGAGCCTATGTTATTAATa > 2:357066/1‑141 (MQ=255) ataAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATAGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGCAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGCTGCTAGAGCCTATGTTATTAATAGt > 1:461545/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTCATAGTCg > 1:292302/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCg < 1:46882/141‑1 (MQ=255) aaTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAAAGCCTATGTTATTAATAGTCGa < 1:421528/141‑1 (MQ=255) atgttCAGTGATATCACTACGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGAc < 1:357066/138‑1 (MQ=255) ttttCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGTTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTGTTGAAAAATCAGTTGTGCTAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACa > 2:435045/1‑141 (MQ=255) aGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGATATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGGAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAGTTg > 1:40634/1‑141 (MQ=255) tCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAAt > 2:684315/1‑141 (MQ=255) aGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa < 1:9669/141‑1 (MQ=255) aaaTGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGGACAAATTACTAGTGATCACTc > 1:600742/1‑141 (MQ=255) gCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTTTAGAGCCTATGTTATTAATGGTCGACAACTTGAAAAAACTACTCGTTATCACTCAttt > 2:346306/1‑141 (MQ=255) aaaaGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAAAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAatca < 1:368918/140‑1 (MQ=255) aGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCt < 1:77050/141‑1 (MQ=255) gTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAAAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTg < 1:222256/141‑1 (MQ=255) aTGGGTACAAGATGTGGTTGTGCACTTGTTTTTGAAAACTCAGACGTACTAGCCCATGTCTGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGAGAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGtt < 1:342964/141‑1 (MQ=255) ggTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATAACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTa > 1:563702/1‑141 (MQ=255) gTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTaa < 1:312277/141‑1 (MQ=255) aacaTGTTGTTGTTCACTTGTTTAAAAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACggg < 2:456831/141‑1 (MQ=255) aacaTGTGTGTTCGCACTTGTTTTTGAATATGCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACggg < 2:277011/141‑1 (MQ=255) gagtTTGGGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCaaa < 2:372338/139‑1 (MQ=255) gtTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAAtt < 1:75787/141‑1 (MQ=255) tttGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAGTAGTCGGCAAATTGAACAAATTCCTAGTGATCACTCATTTGTTGATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTa > 1:574838/1‑141 (MQ=255) ttGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTAc > 1:606100/1‑141 (MQ=255) cACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATCGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCTCTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCgg < 1:447711/141‑1 (MQ=255) aCTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGga < 1:684315/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa > 1:294789/1‑141 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa > 1:387592/1‑141 (MQ=255) ttGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaag > 1:647337/1‑141 (MQ=255) aaaaaTCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGGCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTa > 1:648810/1‑141 (MQ=255) aaaaaTCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGACGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAATAAGCATTTa > 1:48915/1‑141 (MQ=255) aaaTCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAAGGGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTaca > 1:223417/1‑141 (MQ=255) aaaTCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTAGGTTACAAATAGACGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAGATTACGCCGGGAGAAGCATTTaca > 1:306579/1‑141 (MQ=255) aaTCAGTTGCGATAACAAATGTCGGTGAATCTACAGCCAATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACTCCGGTAGAAGCATTTacac < 1:435168/141‑1 (MQ=255) aTCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTAcaca < 1:756246/141‑1 (MQ=255) tCAGTTTTGATAGGAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACAt < 2:99491/141‑1 (MQ=255) tCAGTTGTGATAGATAATGTCGTTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCTACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACAt < 1:218783/141‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATcc < 2:474412/141‑1 (MQ=255) aGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTCAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATcc < 1:744327/141‑1 (MQ=255) ttggATAGCAAATGTTGGTGATTGTAGAGCCTATGTTATGAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCAGTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:45494/138‑1 (MQ=255) tgtgATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:291085/141‑1 (MQ=255) tgtgATAGCAAATGTCGGTGATTCTAAAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca > 2:751522/1‑141 (MQ=255) tgggctAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:291067/136‑1 (MQ=255) taaaTAGCAAATGTCGCTGATTCAAAAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGCGATCACTCAATTGTTAATCATCTTGTTTTAACAGGTCAAAATACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACaa < 2:424134/138‑1 (MQ=255) tAGCAAATGTCGGTGATTCTAGCGCCTATGTTATTAATTGTCGACTAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTa < 1:339339/141‑1 (MQ=255) tactgtcgagtcttCTACAACTTATGTTATTAATAGTCGACAATCTGAACCAATTACTAGTCATCTTTCCTTTGTTAATCTTCTTGCTTTTACGCTTTGCATTTCGCCTGACGAAGCATTTACACATCCACAACGTAatat < 2:467790/129‑1 (MQ=255) aTGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTAATAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAAtatta > 1:160858/1‑141 (MQ=255) gTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATattatt > 1:254436/1‑141 (MQ=255) gTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATAACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATattatt > 1:523656/1‑141 (MQ=255) cGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTAc < 2:473453/141‑1 (MQ=255) cGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATAACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTAc < 1:447386/141‑1 (MQ=255) cGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGGGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTACGCTCGGAAGATTGCGCCGGATGCAGCCTTTACACATCCACAACGTAATATTATTAc > 1:219655/1‑141 (MQ=255) tGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGaa > 1:751416/1‑141 (MQ=255) tGATTCTAGAGCCTATGTTATGAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGaa > 1:411446/1‑141 (MQ=255) ttCTAAAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAGGt > 1:779997/1‑141 (MQ=255) tAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAGGTGAt < 2:749735/141‑1 (MQ=255) | CGTAATAATATAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAGGTGAT > CP000730/1231581‑1231858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |