| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2041611 = | 80 (0.880) | 4 (0.050) | 4/256 | 12.5 | 5.3% | coding (36/147 nt) | USA300HOU_1899 | hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2041657 = | 68 (0.810) | intergenic (‑11/+29) | USA300HOU_1899/gatB2 | hypothetical protein/glutamyl‑tRNA(Gln) amidotransferase subunit B | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGAAAGCGTCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTTTATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2041760‑2041611‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agggtttatttTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGCTTTGCCTTT > CP000730/2041657‑2041796 ATGAAAGCGTCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAG < 2:305611/141‑1ATGAAAGCGTCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAG < 2:640974/141‑1 TGAAAGCGTCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGG > 1:178151/1‑141 GAAAGCGTCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGG < 1:809124/141‑1 AAGCGTCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTT > 2:637282/1‑141 GCGTCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTTTA > 2:516374/1‑141 TCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAATCCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGATGGTTTATTT < 2:369129/141‑1 TCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTTTATTT < 1:536193/141‑1 TTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTT > 2:479101/1‑141 CAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTG < 1:479101/141‑1 TATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTA > 1:658526/1‑141 TGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTTAAAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTT > 2:986316/1‑141 GGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGC > 1:79149/1‑141 GGGTTTATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATATTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTCATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAACAAGCCCATAGC > 2:433181/1‑141 ATTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGCTTTGCC < 1:950451/141‑1 TTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGCTTTGCCT < 1:785545/141‑1 TTTTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCCTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGCTTTGCCT > 2:291139/1‑141 TTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGCTTTGCCTTT < 1:230794/141‑1 ATGAAAGCGTCTAAAGGTCAAGCTAATCCACAATTAGTAAATCAACTATTAAAACAAGAATTAGATAAAAGATAATTTAAATCATCAAACTATGAAGATTTAAAAAATAAACCCTTGATTGCTGACTTAGATGCAATCGAGGGTTTATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2041760‑2041611‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agggtttatttTTTAAATCTTCATAGTTTGATGATTT‑AAATTATCTTTTATCTAATTCTTGTTTTAATAGTTGATTTACTAATTGTGGATTAGCTTGACCTTTAGACGCTTTCATAATTTGACCAACTAAGAAGCCCATAGCTTTGCCTTT > CP000730/2041657‑2041796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |