| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 35,814 | Δ1 bp | 33.9% | intergenic (+45/+63) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 35,814 | 0 | A | . | 33.9% | 327.0 / 213.4 | 165 | intergenic (+45/+63) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/51); new base . (15/41); total (73/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
AATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATA > CP000730/35680‑35954 | aaatattCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGt < 1:1078513/138‑1 (MQ=255) attCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAGAAAAGCTGACTGAAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTg > 2:1062269/1‑141 (MQ=255) ttCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAGTGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGCTCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGt > 2:608316/1‑141 (MQ=255) ttCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAGTAAAAATAGAAGGGTCGGt > 2:680821/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=17) | AATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATA > CP000730/35680‑35954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |