| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 35,850 | C→T | 40.1% | intergenic (+81/+27) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 40.1% | 175.0 / 120.8 | 143 | intergenic (+81/+27) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/40); new base T (15/42); total (60/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACAT > CP000730/35712‑35970 | aaTTGACAAAGTCTTTAATGTAGAAGCTATTCACAATAAAGTTCTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATATAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCa < 2:618297/140‑1 (MQ=39) aTTGACAAAGAATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTACAATCAACCGCTGCTCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAc > 1:802814/1‑141 (MQ=38) aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTGAAAGAATATAGCTAGCCACTAAtgga > 2:1110559/1‑138 (MQ=255) aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTa > 1:431127/1‑141 (MQ=255) 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2:143822/1‑141 (MQ=11) tAGAAGGTTCTTTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCAGGAGGCTAATTTCGTGGTATGGCTAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtat < 2:4865/141‑1 (MQ=11) gcagtttCTTTTGCAAAGCAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtctat < 1:794600/136‑1 (MQ=0) gAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 1:618857/1‑141 (MQ=31) gAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAATTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 2:804/1‑141 (MQ=14) aaGGTACTGTTGCAAAGCAAAAAAATATAGCGAGCCCCTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTGCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatata < 2:1027668/141‑1 (MQ=11) aattAAAAAAATATAACTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGGTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACag < 2:247374/138‑2 (MQ=0) | CATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACAT > CP000730/35712‑35970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |