| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 491,927 | T→A | 9.2% | L118L (CTT→CTA) | sle1 → | possible LysM family autolysin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 491,927 | 0 | T | A | 9.2% | 250.2 / 2.1 | 103 | L118L (CTT→CTA) | sle1 | possible LysM family autolysin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/52); new base A (10/2); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CTCAAGTAATTCTACGAGTAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAGTACAAGCAGG > CP000730/491789‑492067 | cTCAAGTAATTCTACGAGTAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACCCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTaa < 2:181275/141‑1 (MQ=255) aGTAATTCTACGAGTAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGt > 1:1105776/1‑141 (MQ=255) tAATTCTACGAGTAATAGTAGCAGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGCCTAAATGGctt > 2:41722/1‑141 (MQ=255) aaTTCTACGTGTAATAGTCGCCGTCCCTCAACGATCTCAGCTGTCGGATCATAGTACACAGTACAATCAGGCGGCGCATTATGATTAATCGCATCAAAATATGTTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTa < 2:921424/141‑1 (MQ=255) 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2:1014980/140‑1 (MQ=25) aCATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACtata > 1:252319/1‑141 (MQ=255) cATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCTAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATAcgaaac > 2:924680/1‑136 (MQ=255) ttATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATAATACTATACaa > 2:78328/1‑140 (MQ=255) ttATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCGCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAg > 1:1037203/1‑141 (MQ=255) gCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGGGGATCATACTATACAGTACa > 2:846748/1‑141 (MQ=255) tAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCAGCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAGTACAAGCAgg < 1:650065/141‑1 (MQ=255) tAATGGTTTAAATAATTTCTTCATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAGTACAAGCAgg < 2:1081648/141‑1 (MQ=255) | CTCAAGTAATTCTACGAGTAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTACACAGTACAAGCAGGCGACTCATTATCATTAATCGCATCAAAATATGGTACAACTTACCAAAACATTATGCGACTTAATGGTTTAAATAATTTCTTTATTTATCCAGGTC‑AAAAATTAAAAGTATCAGGTACTGCTAGCTCAAGTAACGCTGCGAGCAATAGTAGCCGTCCATCAACGAACTCAGGTGGCGGATCATACTATACAGTACAAGCAGG > CP000730/491789‑492067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |