| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1205323 | 75 (0.960) | 36 (0.630) +AGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAG |
12/200 | 5.5 | 41.3% | intergenic (+459/‑365) | yfiE/lspA | possible lactoylglutathione lyase/A8 family signal peptidase II |
| ? | CP000730 | 1426517 = | 66 (0.840) | intergenic (‑248/+724) | pstS/yitL | phosphate ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
ATTGTTAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGA > CP000730/1426380‑1426651 | aTTGTTAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGAAAAACTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAAAACAAAAAAAAAca < 2:262692/141‑1 (MQ=255) ttAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAAcagcag > 2:555798/1‑141 (MQ=255) ttAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCAAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGTGACATAAATCCCTAAAAAAAcagcag > 1:481265/1‑141 (MQ=255) aGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTaa < 1:806138/141‑1 (MQ=255) aGAAAATGTAAAAATAAATATTTATAAATCTAAAAAAGATTGCTTTATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATAGAAATTTAAATATGAATAC‑GAAAGT‑‑GGCTGGGATAAAAAAAAAAAAAAAAACAGCAGTaa < 2:845268/141‑1 (MQ=255) aaaTGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGAt < 1:355155/141‑1 (MQ=255) tGTAAATATTAATTTTTTTTTTTTTTTAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACATCAGTAAGATAAt > 2:276906/1‑141 (MQ=38) aaaTATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAAtttt > 1:743161/1‑141 (MQ=255) aaTATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTc > 2:336474/1‑141 (MQ=255) tAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTa 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tatTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTtct < 1:41552/141‑1 (MQ=255) tatTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTtct < 1:567967/141‑1 (MQ=255) atTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTtctc > 1:397126/1‑141 (MQ=255) ttGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTctct > 1:606948/1‑141 (MQ=255) ttGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTctct > 2:585309/1‑141 (MQ=255) ttGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTctct > 2:4545/1‑141 (MQ=255) ttCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTAttt > 1:38046/1‑141 (MQ=255) aGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACaa < 1:293718/141‑1 (MQ=255) gTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACaa < 1:764596/140‑1 (MQ=255) gTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACaa > 2:764596/1‑140 (MQ=255) 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tcGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGccc < 1:371300/141‑1 (MQ=255) aaTTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCt < 1:817012/141‑1 (MQ=255) aaaTATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTcac < 2:38046/141‑1 (MQ=255) aTAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGt < 2:313060/141‑1 (MQ=255) tAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTa < 1:555798/141‑1 (MQ=255) tGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATaaa > 2:39600/1‑141 (MQ=255) tGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATaaa > 1:640487/1‑141 (MQ=255) tGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGAAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATTGCTTCGCTTTTCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCtataca > 2:74715/1‑139 (MQ=255) gggACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAAt < 2:628929/141‑1 (MQ=255) ggACATAAATCCCGAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTG‑TATTAGAAAA‑TATCTGACTGCTGTGCTCTGTTTATACAATACTGCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATGAATa < 2:796019/141‑1 (MQ=14) gACATAAATCCGTAAAAAAGCAGCAGTGGGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTGGTAGTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACGTTACTGTAAGATTCTATAAATAg < 2:315800/141‑1 (MQ=14) gACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAg < 2:743161/141‑1 (MQ=255) tCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTtg > 1:382615/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTT‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTTGCTTTGTCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTtgatga > 1:59912/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTtgatga < 2:53311/141‑1 (MQ=40) | ATTGTTAAGAAAATGTAAATATTAATTTTTGTTAATCTAAAAAATATTGCTTCATTAGTAAAATTAAAATGCTTCCTGAAAAATCATCGAAATTTAAATATGAATAC‑AAAAAT‑‑GGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTC‑AATTAGAAAA‑TATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTGCCCGTCTGTCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGA > CP000730/1426380‑1426651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |