| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,532,298 | A→T | T15T (ACA→ACT) | murN → | FemAB family peptidoglycan biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,532,298 | 0 | A | T | 98.8% | 295.0 / ‑3.3 | 85 | T15T (ACA→ACT) | murN | FemAB family peptidoglycan biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (37/47); total (37/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
GTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCA > CP000730/2532162‑2532433 | gtgtATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTActacaa < 2:605721/141‑1 (MQ=255) gtATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGATGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAg < 2:648120/141‑1 (MQ=255) aTTTGTAATCAGTTTTTGATTTAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCa > 2:316742/1‑141 (MQ=255) aTTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCa < 1:124899/141‑1 (MQ=255) 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1:567276/141‑1 (MQ=255) aTCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTca > 1:563926/1‑141 (MQ=255) aGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACAt > 2:499649/1‑141 (MQ=255) tttttGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑CACAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTa < 1:240141/141‑1 (MQ=255) tttGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTaca > 1:496881/1‑141 (MQ=255) tttGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTaca < 1:476638/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aataaaaAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATc < 1:885719/141‑1 (MQ=255) aataaaaAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCa < 1:560960/141‑1 (MQ=255) aataaaaAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCa < 1:854359/141‑1 (MQ=255) taaaaAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGc < 2:84118/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaTAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCt > 2:88956/1‑141 (MQ=255) aaaaaTAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTAt < 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2:540254/1‑141 (MQ=255) aaTTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTaaa < 1:140847/141‑1 (MQ=255) ttATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAg < 2:350346/141‑1 (MQ=255) aGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGa < 2:549283/141‑1 (MQ=255) gTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGAt > 1:387812/1‑141 (MQ=255) gTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGAt > 1:703792/1‑141 (MQ=255) 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1:512176/1‑141 (MQ=255) tttACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAgca > 1:369765/1‑141 (MQ=255) | GTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTC‑AAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCA > CP000730/2532162‑2532433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |