| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,269 | 0 | C | T | 61.0% | 193.3 / inf | 459 | A95T (GCA→ACA) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/89); new base T (154/126); total (244/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 462 total aligned reads displayed.
TGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGT > CP000730/36129‑36409 | cTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGA‑GTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATc < 2:325144/141‑1 (MQ=17) tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAGACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATc > 1:28406/1‑141 (MQ=17) caacgAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGc > 2:53713/5‑141 (MQ=12) cGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGc < 1:42323/141‑1 (MQ=32) gTTGAAGGTGTCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCa < 2:110254/141‑1 (MQ=17) aacgAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCa > 1:388673/4‑141 (MQ=17) aacgAAGGCGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTACTGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATACCTAATGTCTGTCACCATGCATCAATGGCa > 2:35879/4‑141 (MQ=11) ttGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCAc > 2:198744/1‑141 (MQ=32) aGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGata > 2:280910/1‑141 (MQ=17) aGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATATAATGTATGTACATCTGCATCAATGGCACGata > 2:266379/1‑141 (MQ=12) 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(MQ=11) atatCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTgg < 1:351583/141‑1 (MQ=11) tatCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTgggg < 1:169167/141‑1 (MQ=255) tatCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTgggg > 1:315257/1‑141 (MQ=38) atCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGc < 2:148911/141‑1 (MQ=37) tCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTCGGGcg > 1:221021/1‑140 (MQ=11) tCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACTATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCa > 1:145694/1‑141 (MQ=255) cTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCat < 2:143840/141‑1 (MQ=255) atgtatgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATAtt > 2:371457/1‑141 (MQ=255) gtatgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCt < 2:353219/141‑1 (MQ=255) tgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGa > 1:58689/1‑141 (MQ=255) tgtCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGa > 2:254898/1‑141 (MQ=25) gtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATGAATAGCTGCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGaa < 2:300546/141‑1 (MQ=11) gtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTTTTCTCTTTCTTTCAATTTTTATATAAAAATGGGGCATATTCTTTaa > 2:182837/1‑141 (MQ=11) gtCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGaa < 1:244979/141‑1 (MQ=25) tCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc > 2:225647/1‑141 (MQ=255) tCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc > 2:343648/1‑141 (MQ=25) tCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc < 2:57975/141‑1 (MQ=21) cccTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAcc > 1:272256/1‑141 (MQ=255) cccTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCA‑TTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAAcc < 2:234502/141‑1 (MQ=11) ctccGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAACATTGGGGCATATTCTTGAACCCa < 2:333648/141‑1 (MQ=255) tGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACg < 1:359809/141‑1 (MQ=40) | TGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCC‑TTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGT > CP000730/36129‑36409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |