Read alignment evidence... | |||||||||||
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Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
AATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTA‑TTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCAT > CP000730/36273‑36551 | aTGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTA‑TTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGAcc < 1:120279/141‑1 (MQ=21) ggCACGAGATAAATAGCTCCATTTGCCTTTGA‑TTGTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTAGTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATAAAAAATTGAGACAGATGCGTGAACCCAACGGGAGATCga > 2:85258/1‑140 (MQ=11) cACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTA‑TTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTAGGGCATATTCTTGACCCCAACGGTAGACCGTTg > 2:299847/1‑141 (MQ=255) cACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTA‑TTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTg > 1:283434/1‑141 (MQ=255) 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tttttATGCTTTTTTTTTTTTTTTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCATATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGa > 2:234881/1‑141 (MQ=11) tGCTTTTTCTTCCAAATTTGATTCAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTATTATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGAtagtag < 1:326969/141‑1 (MQ=21) tttttCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGa < 1:345012/62‑1 (MQ=37) cAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAACCAACGCCTACa > 2:258861/1‑141 (MQ=21) tGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAACGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATa > 1:223070/1‑141 (MQ=25) aTACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAAc > 1:71795/1‑141 (MQ=35) aTTGGGTCATATTCTTGAACCCAACAGTAAGCCGTAGAATAATGAACGTATACACGACGTTCCCTAAATATTTCAGATATATCACGACGACTCAAAGTAAGACTTAGATAGTAGCCGACGTCTACAGTGAAAACAAccata < 2:28265/141‑4 (MQ=2) ttGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGt < 2:343954/141‑1 (MQ=32) gACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCAt > 2:362578/1‑141 (MQ=32) | AATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTA‑TTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCAT > CP000730/36273‑36551 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |