| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,817 | A→T | 30.8% | intergenic (+48/+60) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,817 | 0 | A | T | 30.8% | 292.8 / 136.5 | 162 | intergenic (+48/+60) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/49); new base T (20/29); total (82/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.85e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT > CP000730/35678‑35955 | cAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAg > 1:182745/1‑141 (MQ=255) ttattCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTc < 1:105874/141‑1 (MQ=255) tattCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCt < 1:94707/141‑1 (MQ=255) taatttGAATTTAAAGATGGAGATGATCTCATTGAGAAAGTATTGAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGTGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCt < 2:267189/136‑1 (MQ=255) aTTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGAGTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTTTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCaaa < 2:342940/141‑1 (MQ=255) tttAAAGATGTAGATTATCTCATTGGCAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACCAGCCCTCAACTTAACTTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAg < 2:861079/141‑1 (MQ=255) ttAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATCAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGt < 2:456273/141‑1 (MQ=255) aaaGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAGGTaa > 2:59788/1‑141 (MQ=255) aGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTaaaa > 1:320964/1‑141 (MQ=255) aGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTaaaa > 1:106535/1‑141 (MQ=255) aGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTaaaa > 2:274314/1‑141 (MQ=255) aGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTAGTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATATAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTaaaa > 1:533254/1‑141 (MQ=255) aTGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAACTTGTG‑ATCTAATAAAAATAAAAGGTACTGTTGCAAAGTaaaaaa > 2:498331/1‑141 (MQ=255) cATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCa > 2:220618/1‑141 (MQ=255) cATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCa > 1:437310/1‑141 (MQ=255) cATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCAACAAATGATTAGTTGAACAAGAGATCAAA‑ACGCTCATGCAACATAGAAAAATAGAATGTACTGTTGCAAAGTAAAAAAATATATCTAACCa > 2:198453/1‑141 (MQ=255) cAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAAtt < 1:309789/141‑1 (MQ=255) ttAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTGACCACTAATTTATCATGt > 1:706363/1‑141 (MQ=255) ttAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGt > 1:797042/1‑141 (MQ=255) tAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAACAATATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTc < 2:909844/141‑1 (MQ=255) aTGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAg > 1:862593/1‑141 (MQ=255) tAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGGTTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAgtgt < 2:617546/141‑1 (MQ=255) tAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGAGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAgtgt < 2:14991/141‑1 (MQ=255) aaGCTATTTGTTATAAAGTTTTGGGTGAAAAATTATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTT‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTGCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCg < 1:192798/141‑1 (MQ=25) aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc > 1:559189/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTaa > 1:54521/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTaa > 2:341992/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTaa > 2:490116/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCACGTCAGTGTTCGCTaaa > 2:87173/1‑141 (MQ=255) tCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACt > 1:251862/1‑141 (MQ=255) tataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACCTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTCCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCt < 1:654757/141‑1 (MQ=255) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTa > 1:757946/1‑141 (MQ=255) ataAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTa > 1:910446/1‑141 (MQ=255) tttttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTGAGAAAAAATCGCTAACCGCTAATGTATCATGTCCGTGGTAGCGTAACTTGCTGGCatga > 1:806520/1‑141 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCatgatg > 2:778364/1‑141 (MQ=255) gttGGCGAACCATGACTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCatgatg > 2:914591/2‑141 (MQ=255) ttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGc > 2:218511/1‑141 (MQ=255) cGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGATCTGTTGCAAAGTGAAAAAATATAATACTTAAACAATGATTCATGTCAGTGTTGGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAt > 1:680910/1‑141 (MQ=25) aaaaaTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTATGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAttt > 1:806204/1‑141 (MQ=255) aaTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGt > 1:157799/1‑141 (MQ=255) aTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTg > 2:630339/1‑141 (MQ=255) gATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGc > 2:893729/1‑141 (MQ=255) gATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGc > 1:69647/1‑141 (MQ=255) gAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGaa < 1:127694/141‑1 (MQ=255) cAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAt < 1:321502/141‑1 (MQ=255) cAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAt < 1:878523/141‑1 (MQ=255) aaGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATc > 1:395350/1‑141 (MQ=255) agagGTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATcc < 2:890240/141‑1 (MQ=255) agagCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATcc > 1:179737/1‑141 (MQ=255) gagCTAAAATAAAATTGTG‑CTCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACGAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCg > 2:651850/1‑141 (MQ=255) agCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGt > 1:457827/1‑141 (MQ=255) agCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTACTGTTGCAAAGTAAAAAAATATGGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGCTGCTAATTTCGTGCAATGGAGAAAACCCga > 2:777517/1‑140 (MQ=18) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 1:814929/15‑141 (MQ=11) caaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag > 2:351325/14‑141 (MQ=11) caaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag < 1:875796/128‑1 (MQ=11) acaattcaacgcTAATAAAAACAGAAGGTTCTGTTGCAAAGGAAAAAAATATTGCTAACCCCTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa < 2:182745/130‑1 (MQ=14) aaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAACTATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAaga < 2:839020/129‑1 (MQ=11) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagag > 1:886754/12‑141 (MQ=11) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGAACTGAagag > 1:241131/12‑141 (MQ=11) aagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCACGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga > 2:829369/11‑141 (MQ=11) agattattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGGTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGGTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:113970/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:529405/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:724737/132‑1 (MQ=11) agagtattttaaaaaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACAAATCTACCATGTCAGTGTCCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:362145/132‑1 (MQ=11) tgtg‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:852574/141‑1 (MQ=255) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTATTATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAGTCCGTAGATCTGGAGAGAcc < 1:594572/133‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGGTCTGAAGAGAcc > 2:743076/9‑141 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc > 1:881506/9‑141 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCAGTAGATCTGAAGAGAcc > 2:742836/9‑141 (MQ=11) aagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTGATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:644793/133‑1 (MQ=11) ttg‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:506877/140‑1 (MQ=255) gtg‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:136210/141‑1 (MQ=255) gtg‑AGCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:193755/141‑1 (MQ=255) tg‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 1:298545/141‑1 (MQ=255) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc > 2:671629/6‑141 (MQ=11) attttaataaAAGT‑GATGGTTCTGTTGCACAGT‑AAAAAATATCGCTAATAACTCATATATGATGTCAGTGTTAGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAAATCTGAAGAGACCAGCg > 2:55785/5‑141 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTTATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTTAAGAGACCTGCg > 1:617291/5‑141 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 2:926098/137‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCGGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTGTAACTTGCTAGCGTGATGCTAAGTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 2:48475/137‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAGTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg > 2:428652/4‑141 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTGGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg > 2:712141/4‑141 (MQ=11) tttcaataaAAAT‑GATGATTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTACTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:632873/137‑1 (MQ=11) ctCTAATAGAAATAAAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:605654/140‑1 (MQ=255) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:789501/139‑1 (MQ=11) ttgaataaAAAT‑GAGGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATACATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGTCCTgatcg < 2:244934/138‑5 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGTAGAGACCTGCGGtt > 2:326707/2‑141 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt < 1:613861/140‑1 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGCAGATATGAAGAGACCTGCGGtt > 2:45472/2‑141 (MQ=11) taataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc < 2:30591/141‑1 (MQ=11) taataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCGAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc < 2:45145/141‑1 (MQ=11) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGGGACCTGCGGTTCt > 1:265723/1‑141 (MQ=11) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAAGCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt < 2:75171/141‑1 (MQ=11) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:471879/1‑141 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 2:667361/141‑1 (MQ=11) aaaaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:777612/1‑141 (MQ=37) aaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttttt < 2:533254/141‑1 (MQ=34) aGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTTCCTGAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtata < 1:218511/141‑1 (MQ=12) aGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtata > 1:442554/1‑141 (MQ=32) gAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAAACAGGAGATCGGAGGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 1:404278/1‑141 (MQ=11) gAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGGATATCCGTAGGTCTGAGGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 1:349487/1‑141 (MQ=9) | CAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTG‑ATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT > CP000730/35678‑35955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |