| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,560 | T→C | 9.8% | R210R (CGT→CGC) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,560 | 0 | T | C | 9.8% | 288.2 / 20.2 | 116 | R210R (CGT→CGC) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/44); new base C (2/9); total (61/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTG > CP000730/111422‑111699 | tAAGTTTTTTGCGCAATATTGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa < 1:426726/141‑1 (MQ=255)tAAGTTTTTTGAGCTTTATAGTGTTGTTGGAGATTTAGTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCGAGAGGTGCCGTGTTTTTTAGATAATTATCGATTAAGTAATGTTGATTTTAATGTAACACGTTTAAGTaa > 2:523232/1‑141 (MQ=255) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaa < 1:656757/141‑1 (MQ=255) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGat < 2:245610/141‑1 (MQ=255) ttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGata < 1:39596/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata < 2:521534/141‑3 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAAGCagaagagaagaaa > 1:265382/1‑134 (MQ=17) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGatat < 2:654569/141‑4 (MQ=14) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACAt > 1:617898/1‑141 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAGTGCGTAAAAGATATGACAt > 1:716860/1‑141 (MQ=255) tataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACca < 2:799780/141‑1 (MQ=255) ataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccga < 2:136651/141‑3 (MQ=14) ataGCAAGTTAAAAGATTTAATGAATTATAAAGAGGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccga < 2:213889/141‑3 (MQ=11) taGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaac < 2:734338/141‑1 (MQ=255) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacga > 1:859404/1‑136 (MQ=11) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGGCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacgag < 2:222652/141‑7 (MQ=11) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAACAACaaa > 2:925609/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAACTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacgag < 2:53097/141‑7 (MQ=11) tttAAAGATTTAATGAATTACAAAGATGGAGATTTATCATATAATCCAGAGGTTCCGTGTTATTCAGCTCAATCTCAATTAACTAATGATTATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATaaa < 2:365894/141‑1 (MQ=17) tttAAAGATGTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATACAGAGGTGCCGAAGTATTCAGCTCAAAATCAATTAACAAATGATGATTGTAATGGAAAACAATTACGTCAAAGATGTGACATACAAACAaaaaaa > 2:226084/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 2:385343/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 1:38893/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 1:500599/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 1:256927/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 1:279448/1‑141 (MQ=255) aGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGcc < 1:15191/141‑1 (MQ=255) aGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGcc < 1:896797/141‑1 (MQ=255) taataaATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATAACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGaaac > 2:652223/1‑139 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 2:353805/141‑1 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAACATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 1:794888/141‑1 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt < 1:882051/141‑1 (MQ=255) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAg > 2:349237/1‑141 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAgg > 2:587255/1‑141 (MQ=255) gaTATATCATATAATCACGGGGTGACGCATCTTTAAGCTCAATCACACTTAAATAATGACGATTACAAGGCAAAACAATTACAAAAAATAGATTACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 2:315593/141‑1 (MQ=255) aatatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 1:385740/140‑1 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTTAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGa > 1:606642/1‑141 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGa > 1:607557/1‑141 (MQ=255) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAtt > 1:404150/1‑141 (MQ=255) atatAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAATTaaa > 2:61924/1‑141 (MQ=255) tataATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTaaaa < 1:867373/141‑1 (MQ=255) aaTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGt < 1:449599/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt < 2:784135/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt < 2:329889/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt < 2:449899/141‑1 (MQ=255) acAGAGAGGCCGCGTTAATTAGCTAAATATGACTGAAATAATTATGATGATAACGTAAAAAAATTACGTTAAAGTTATTTAAAACCAACAAATAAAGAAGCGAAGCAGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATATaaacgcctac > 2:409693/2‑134 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGCTATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatc > 2:568478/1‑141 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGGACAGGGAATTTAAAAGGTtcatc > 1:296759/1‑141 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATCATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGAAATACCAACAAATAAACAGCCGGAGCGATTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAgatacaca > 2:81327/1‑134 (MQ=17) ggTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGt > 1:355534/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:630576/1‑141 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTg > 2:907260/1‑141 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTg > 1:697651/1‑141 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCACAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTg > 1:524529/1‑141 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTAGAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGat > 1:171556/1‑141 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGaa > 2:352391/1‑140 (MQ=255) gTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCAGAAGTTGGCtata > 1:398262/1‑141 (MQ=255) cAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaaa > 1:798485/1‑141 (MQ=255) aGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAATAAATAAAGCGCCGAAGAAGTTGTTGGAAGGTAGAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt > 2:704851/1‑141 (MQ=17) aGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt < 2:279448/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAGAGTCATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCATTTGGATATAAAAAAATTGAAt < 2:648610/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAt < 1:136711/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAt < 2:875176/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAt < 1:535795/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAt > 1:663116/1‑141 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAt < 1:849179/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCACTTGGGTATAAAAAAATTGAAt < 1:484207/141‑1 (MQ=255) aaTATCAATTAACTAATGATGATTATAATGAAAAAAAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGTTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGAAAAATAAAAAAAAATTGAAt < 2:608460/141‑1 (MQ=14) aaTATAAATTAACTAATGATGAGTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAt < 2:444493/141‑1 (MQ=255) atatCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTATGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCAGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATGTaaatataggtttat > 2:658042/1‑130 (MQ=14) atatCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAATTAAAAGATTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGaaat > 2:94576/1‑139 (MQ=255) tatCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAAttt > 1:347194/1‑141 (MQ=255) tCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGACGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGTGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTAc < 2:789041/141‑1 (MQ=255) cAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACt > 1:895372/1‑141 (MQ=255) aTTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGGTATAAAAAAATTGAATTTACttt > 1:8204/1‑141 (MQ=255) ttAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCACCCAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACtttt > 1:220616/1‑141 (MQ=255) tAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCCCGAAACAGAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAGGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTaga < 1:925609/141‑1 (MQ=17) aaataatGAATAAAAAGAAAAACAAATACGTAAAAGATATAACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAAGTACAGAGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGAATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTaga < 2:405531/140‑1 (MQ=17) aaTGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTagag < 1:587255/141‑1 (MQ=255) tgatgaTTATAATGTAAAAAAATTACGAAGAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGaa > 1:935743/1‑141 (MQ=255) taatgatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAATATATGACATACCAACAAATAAAGCGGCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGaa < 2:736950/139‑1 (MQ=255) aaatgatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAAATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTAAAATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGaa < 2:268209/139‑1 (MQ=255) tgatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATaa < 1:937896/141‑1 (MQ=255) tgatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATaa > 2:672137/1‑141 (MQ=255) aatTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAAGAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATAGAATTAACTTTTTTAGAGAATaaa < 1:803099/140‑1 (MQ=255) aaTGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGaa < 2:221281/141‑1 (MQ=255) aaTGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGaa > 2:398752/1‑141 (MQ=255) aaTGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGaa > 1:304094/1‑141 (MQ=255) aaTGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGaa < 2:404150/141‑1 (MQ=255) aTGTAAAACCATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGaaa > 1:692197/1‑141 (MQ=255) aTGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGTATAAAAATGaaa > 2:297533/1‑141 (MQ=255) tAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAata < 1:349237/141‑1 (MQ=255) aaCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAttt > 2:556835/1‑141 (MQ=255) aCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAATCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAttta < 1:827900/141‑1 (MQ=255) aCAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAttta > 1:928835/1‑141 (MQ=255) cAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtttac > 1:396527/1‑141 (MQ=255) aTTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtttactt > 1:219575/1‑141 (MQ=255) tACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtttacttta > 2:12508/1‑141 (MQ=255) tACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATAtttacttta > 2:487889/1‑141 (MQ=255) gTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTg > 2:278752/1‑141 (MQ=255) gTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTg > 2:278744/1‑141 (MQ=255) | TAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAATTTACTTTTTTAGAGAATAAAAATGAAAATATTTACTTTACTG > CP000730/111422‑111699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |