Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 512,643 A→G 54.1% intergenic (+711/‑150) recR → / → rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730512,6430AG54.1% 34.7 / 199.6 170intergenic (+711/‑150)recR/rrs1recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (41/36);  new base G (44/47);  total (85/85)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.40e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.02e-02

Only 100 of 174 total aligned reads displayed.

AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  CP000730/512503‑512782
                                                                                                                                            |                                                                                                                                           
aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                                             >  2:124885/1‑141 (MQ=255)
   agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgata                                                                                                                                          <  2:352494‑M1/27‑1 (MQ=255)
     tAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                                        <  1:266661/141‑1 (MQ=255)
     aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                                                        <  1:781054‑M1/29‑1 (MQ=255)
      agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGATATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                                       <  1:944818‑M1/30‑1 (MQ=255)
      agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaagggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                                       <  1:622638‑M1/30‑1 (MQ=255)
       aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                                      <  1:552551/141‑1 (MQ=255)
       aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACGTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                                      >  1:696109/1‑141 (MQ=255)
            tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtata                                                                                                                                 >  2:372971/1‑141 (MQ=255)
            gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                                                 <  1:207896‑M1/36‑1 (MQ=255)
             ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  1:75550‑M1/37‑1 (MQ=255)
             ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcaggtttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTGAAAGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  1:161084‑M1/37‑1 (MQ=255)
             ctccttagcgtcgatgggagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                                                <  2:718761‑M1/37‑1 (MQ=255)
               tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              <  1:377663/141‑1 (MQ=255)
               ccctagcggcgatggtatttgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                                              >  2:410079‑M1/103‑141 (MQ=255)
                tttgttACGCAGTTTGATACCCTGTATAGTAATTATTNGTTGAGGCACACAAAACAACTCAACTTAAGAAGTAACTCGAATTACTAACGAAAATTAATTTNAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                                             <  2:496042/140‑1 (MQ=255)
                 ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                            <  1:659899‑M1/41‑1 (MQ=255)
                 ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                            >  2:20165‑M1/101‑141 (MQ=255)
                   gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                          <  1:834834/141‑1 (MQ=255)
                   gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                          <  2:8424/141‑1 (MQ=255)
                   gatAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                          >  2:579003/3‑141 (MQ=255)
                    gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaagttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaattt                                                                                                                         <  2:197583‑M1/44‑2 (MQ=255)
                      gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcacattttggttaaaaaagaaactggacaaggtaaAAAAAGCTATTGACCTAAGTGTTGATAAAATATATAATTAATTCtt                                                                                                                       <  1:76908‑M1/46‑1 (MQ=255)
                      gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaACAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                                                       <  2:17476‑M1/46‑1 (MQ=255)
                          aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGCATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTATCg                                                                                                                   >  2:627215/1‑141 (MQ=255)
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                             gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                                                <  1:748839‑M1/53‑1 (MQ=255)
                             gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                                                >  1:340329‑M1/89‑141 (MQ=255)
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                                                                 ccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACGGAATGACAATATGt                                                                            <  2:895315‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                  caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacgagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAGAAATGAATGACAATATGTc                                                                           <  2:154742‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                  aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAGTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                                           >  1:419635/1‑141 (MQ=255)
                                                                   aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                          >  2:53427‑M1/51‑141 (MQ=255)
                                                                     acaagTCAACTTAAGACATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTACAACGGTATTGACTTATATATTAACAAAATGTATTATGAATACTAGTTGGTTACGAAAGTGAACATCTAAAACTAAATAACAAAATGTCaag                                                                        >  2:317553/1‑140 (MQ=255)
                                                                     acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTCACGAAAATTAATTTTAAAAAGCTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGCCCATATGTCAAc                                                                        >  2:635115/1‑141 (MQ=255)
                                                                      cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAATAATGTAGACGTAATGACAATATGTCAACg                                                                       >  1:457125‑M1/48‑141 (MQ=255)
                                                                         ttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagagaaAAAAAGTTATTGACTTAATTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                                                    >  1:328034‑M1/45‑141 (MQ=255)
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                                                                               aatcaaattttggttaaaaaataaaatggataagataaAAAAAGTTATTGACTTCAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTGAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGCTAATTCCa                                                              >  2:694519‑M1/39‑141 (MQ=255)
                                                                               aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTtaattaca                                                              <  2:545391‑M1/103‑4 (MQ=255)
                                                                                atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                             >  1:177492‑M1/38‑141 (MQ=255)
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                                                                                                        atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc                                     >  1:89164‑M1/14‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                      aaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt                       <  2:764645/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                          gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa                   >  1:523937/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                           ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                  >  2:904233/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt                >  1:733112/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                                           taataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATa  >  2:795131/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                           
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATA  >  CP000730/512503‑512782

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: