| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,589,223 | A→G | 7.6% | V753V (GTT→GTC) | USA300HOU_1459 ← | hypothetical bacteriophage protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,589,223 | 0 | A | G | 7.6% | 140.9 / 3.8 | 53 | V753V (GTT→GTC) | USA300HOU_1459 | hypothetical bacteriophage protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/10); new base G (2/2); total (41/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
ATAATCTTTTCCAAATCGAATTTTCCCACTTTTATTACCATCATATACAGACCAATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCAAAGATAGTTAAGTCATCCCAATTGCTAGGAATTGGTGTGTT > CP000730/1589085‑1589363 | aTAATCTTTTCCAAATCGAATTTTCCCACTTTTATTACCATCATATACAGACCAATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTcaac < 2:221012/141‑1 (MQ=255) aTCGAATTTTCCCACTTTTATTACCATCATATACAGACCAATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCAATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAACCATTCAACAAACACTTCacacc > 2:620846/1‑137 (MQ=255) aTTTTCCCACTTTTATTACCATCATATACAGCCCAATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCGCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAg < 2:66299/141‑1 (MQ=255) ttCCCACTTTTATTACCATCATATACAGACCAATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGAcc > 1:937502/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atatACAGACCAATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAACGCACAGCCCTTATTTCTTTCAACGTAATc > 1:28726/1‑141 (MQ=255) tataCAGACCAATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCt < 2:248430/141‑1 (MQ=255) taCAGACCAATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTAc > 1:644850/1‑141 (MQ=255) aGACCCATTGTCTAATTGTCTTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCCCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAt‑t < 1:398574/141‑1 (MQ=255) ccaatgtgctaagtgtctTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTACCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTcc < 2:898494/133‑1 (MQ=255) aattgtctaattgtctTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTg < 1:514682/141‑1 (MQ=255) attgtctaattgtctTAAGACGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTGCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGt > 1:572975/1‑141 (MQ=255) tttctaatggtctTAAAATGTTTGAAATCTTTCTGATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACAGTTCACGAGAAACTGGATTAGTTCTTTCAACGTACTCTACAT‑TTCCTGtat > 2:661574/3‑139 (MQ=255) gtctaattgtctTAAGTTGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTAGCTCCCTTATCTTTACGAAAACATTCAACAAACACTTCAGGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTgg > 1:467876/1‑141 (MQ=255) gtctaattgtctTAAGCTGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTgg > 1:561023/1‑141 (MQ=255) ctaattgtctTAAGATGTTTGAAATCTTTCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCACCGTCATCTACAT‑TTCCTTTTGGTa > 1:120603/1‑141 (MQ=255) 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1:249726/1‑140 (MQ=255) tttCTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACACCACCTTGATAAAAt > 1:142510/1‑141 (MQ=255) cTAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGt > 1:190771/1‑141 (MQ=255) tAATTTCCATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTc > 1:733495/1‑141 (MQ=255) ccATAGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGtt > 1:734679/1‑141 (MQ=255) aGATCCTCTACTATCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCGACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCaaa < 1:913130/141‑1 (MQ=255) 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1:374774/1‑141 (MQ=255) ctaTCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCAAAGATAGTTAAg > 1:738960/1‑141 (MQ=255) taTCTCCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCAAAGATAGTTAAGt > 1:143302/1‑141 (MQ=255) ctcCCTTATCTTTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATAATAACCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCAAAGATAGTTAAGTCAt > 1:880814/1‑141 (MQ=255) tcCCTTATCTGTACCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTGGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCATAGATAGTTAAGTCATc > 2:319999/1‑141 (MQ=255) cccTTATCTTTACCAGAACATTCAACGAACACTTTAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGTTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTCCAAAGATAGTTAAGTCATcc < 1:571909/141‑1 (MQ=255) 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2:588974/1‑141 (MQ=255) aCCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCAAAGATAGTTAAGTCATCCCAATTGCTAgg < 2:733495/141‑1 (MQ=255) aCCAAAACATTCAACAAACACTTCAAGCGCACACACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCAAAGACAGTTAAGTCATCCCAATTGCTAgg < 1:604109/141‑1 (MQ=255) aaaaCATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCAAAAATAGTTAAGTCATCCCAATTGACAGGAAt > 2:347842/1‑141 (MQ=255) aaaCATTCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATCACCTTGATAAAAT‑CGTCTTCGTTCAAAGATAGTTAAGTCATCCCAATTGCTAGGAAtt > 2:490100/1‑141 (MQ=255) tCAACAAACACTTCAAGCGCACAGACCTTATTTCTTTCAACGTAATCTACAT‑TTCCTGTTGGTAACATATCAACATACCCTTGCTAAAAT‑CGTCTGCGTTCAAAGACAGTTAAGTAATCCCAATGGCTGGGATTAGgtgtg > 2:803617/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |