| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,815,180 | T→C | 8.7% | E21G (GAA→GGA) | dnaE2 ← | DNA‑directed DNA polymerase III alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,815,180 | 0 | T | C | 8.7% | 177.5 / 8.0 | 69 | E21G (GAA→GGA) | dnaE2 | DNA‑directed DNA polymerase III alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/28); new base C (3/3); total (38/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.96e-01 | |||||||||||
TGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCAGCTGTCCA > CP000730/1815047‑1815320 | tGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTAtttt < 1:717231/141‑1 (MQ=255) cATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACGTGCATCATAAGATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTCAGGAGAAGTGCCTCAACATTTTCAGAAACAGCAAGTGTTACGGCATCTTCGATTTTTaa > 1:447609/1‑141 (MQ=255) cATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAACATTTAGGAAAACCATACAATACATTGCTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCACGTCTTCCGGCAccttccctccctac > 1:875087/1‑132 (MQ=255) aCCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCCAGTAATACGTCAGCTTCTATTTTTAAGCt < 1:457237/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGATATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAGGTCTTAAGGCATATTCTTTTTTTAAGCTTg > 1:609839/1‑141 (MQ=255) aaaTCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAAt < 1:29937/141‑1 (MQ=255) ggTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTACATTTata > 2:816596/1‑139 (MQ=255) gTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGGATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTaaaa > 2:378182/1‑139 (MQ=255) gTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTCCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACa > 2:693603/1‑141 (MQ=255) gTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTCCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACa > 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2:5405/141‑1 (MQ=255) aCATGCTTCATAAAATTTAGGACACCCATACACTACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAAGAAATCA‑TAAGCCGTATGAat < 1:574487/141‑1 (MQ=255) gCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATAttt > 2:555082/1‑141 (MQ=255) gCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATAttt > 1:699943/1‑141 (MQ=255) tcatAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTaaa < 1:554946/141‑1 (MQ=255) tcatAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTaaa < 1:602767/141‑1 (MQ=255) 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2:694136/1‑141 (MQ=255) ggAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCAta > 2:635213/1‑140 (MQ=255) ggAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATg > 1:160656/1‑141 (MQ=255) ggAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAACTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATg < 2:519157/141‑1 (MQ=255) aCCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGa < 2:33154/141‑1 (MQ=255) atacaatacaTTGGTGTCAGTTATGGCACGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAATTCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATg < 1:535427/141‑1 (MQ=255) 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1:735545/141‑1 (MQ=255) cAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGc < 1:635507/141‑1 (MQ=255) tttCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGc > 1:117022/1‑141 (MQ=255) ttCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAGGCCTGAATATAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATTCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCa > 2:619018/1‑141 (MQ=255) ttCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCCTGATTGAATGGCCCCTGTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCa > 1:480639/1‑141 (MQ=255) ttCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTGTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCGACCATGATTGGAGGGCGCCTTTCTGTTAGTTAAGTTGTGTGCGTAAAGCTGTAGCa > 1:290373/1‑141 (MQ=255) 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2:872497/1‑141 (MQ=255) cttctATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTATGCGTAAAGCTGTAGCAGGTTGCGCAAATTCATCCCATCTGTc > 1:122798/1‑141 (MQ=255) tctATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCAGCTGTCCa > 2:374010/1‑141 (MQ=255) | TGTCATACCAAAAATCGGTTTAATGTTATTTGCTATACATGCATCATAAAATTTAGGAAAACCATACAATACATTGGTGTCAGTTATGGCAAGTGCATCAACATTTTCAGACACAGCAAGTCTTACGGCATCTTCTATTTTTAAGCTTGAATTTAACAAATCA‑TAAGCCGTATGAATATTTAAATATGCCACCATGATTGAATGGCCCCTTTCTATTAGTTAAGTTTTGTGCGTAAAGCTGTAGCAAGTTGCTCAAATTCATCCCAGCTGTCCA > CP000730/1815047‑1815320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |