| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,030,815 | G→T | A90S (GCA→TCA) | USA300HOU_1885 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,030,815 | 0 | G | T | 96.8% | 219.1 / 0.9 | 63 | A90S (GCA→TCA) | USA300HOU_1885 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (29/32); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
CAATTGAACCAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTGCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCAACTTTTTGTCTCGAACATTGACAGCA > CP000730/2030681‑2030952 | caATTGAACCAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGt > 1:614259/1‑141 (MQ=255) aTTGAACCAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTc > 2:196771/1‑141 (MQ=255) ttGAACCAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCa > 1:97898/1‑141 (MQ=255) aaCCAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGa < 1:116670/141‑1 (MQ=255) ccAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGAtt < 1:483673/141‑1 (MQ=255) ccAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGAtt < 1:438726/141‑1 (MQ=255) ccAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGAtt > 2:551511/1‑141 (MQ=255) ccAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGAtt > 1:485291/1‑141 (MQ=255) aCTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTa > 1:137392/1‑141 (MQ=255) gCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTc < 1:266970/141‑1 (MQ=255) gCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACa > 1:513598/1‑141 (MQ=255) aTCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACaaa < 2:631015/141‑1 (MQ=255) cACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAAc > 1:5/1‑141 (MQ=255) ttattaAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGCTTTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTc < 1:451568/141‑1 (MQ=255) taAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAAtt < 2:338027/141‑1 (MQ=255) aaaGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGa < 2:613098/115‑1 (MQ=255) aaaGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGa > 1:613098/1‑115 (MQ=255) aaaGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTg > 1:462976/1‑141 (MQ=255) aaGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGc < 2:429991/141‑1 (MQ=255) cGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGt > 1:77703/1‑141 (MQ=255) cGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGt > 1:387145/1‑141 (MQ=255) aGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACg < 1:445498/141‑1 (MQ=255) 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2:312930/1‑141 (MQ=255) cGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTAc < 1:278184/141‑1 (MQ=255) tAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTaa < 2:133876/141‑1 (MQ=255) aTTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAAca > 2:241280/1‑141 (MQ=255) ttGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAAcat < 1:96232/141‑1 (MQ=255) gTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAAcatcat < 1:287274/141‑1 (MQ=255) 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2:467794/141‑1 (MQ=255) ttattCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGcc > 1:48789/1‑141 (MQ=255) gCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACatat > 2:462245/1‑141 (MQ=255) cGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATAtt < 1:402826/141‑1 (MQ=255) atcaatcaCCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCa > 1:322180/1‑141 (MQ=255) tcaatcaCCTTTTACATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCaa > 2:281894/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aCATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCAACTTTTTGTCTCGa > 2:169359/1‑141 (MQ=255) aCATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCAACTTTTTGTCTCGa < 2:125047/141‑1 (MQ=255) cATATGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCGGTACTAACATCATTAGCTATGATACCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCAACTTTTTGTCTCGaa > 2:383523/1‑141 (MQ=255) atGCATTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCAACTTTTTGTCTCGAACAt < 1:635465/141‑1 (MQ=255) aTTGAGTTCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCAACTTTTTGTCTCGAACATTGAc < 1:312930/141‑1 (MQ=255) gAGTGCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACTTATTCAACTTTTTGTCTCGAACATTGACAGc < 2:282661/141‑1 (MQ=255) aGTGCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCAACTTTTTGTCTCGAACATTGACAGCa < 2:273075/141‑1 (MQ=255) | CAATTGAACCAACTGCCAAGGCATCACTTATTAAAGGTTATCGTAGATTACCTGCTACGGTAATTGGTGCAGGC‑TTTGCAGTATTATTTACATATTTATTCGGCGATCAATCACCTTTTACATATGCATTGAGTGCAACGTTCACGATTTTATTCTGTACAAAACTCAAATTGCAAGTTGGTACGAATGTCGCTGTACTAACATCATTAGCTATGATTCCAGGTATTCATGATGCCTACATATTCAACTTTTTGTCTCGAACATTGACAGCA > CP000730/2030681‑2030952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |