| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 39,672 | C→A | 29.3% | V488F (GTT→TTT) | mecA ← | penicillin binding protein 2 prime |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 39,672 | 0 | C | A | 29.3% | 153.6 / 79.2 | 113 | V488F (GTT→TTT) | mecA | penicillin binding protein 2 prime |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/36); new base A (18/15); total (62/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTG > CP000730/39534‑39811 | ttGTAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTAAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCATCAacac < 2:198396/141‑1 (MQ=255)ttGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAaaac > 2:277890/1‑141 (MQ=255) tGAAAGGATCTGTACTGGGTTACTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACAcc < 1:1050867/141‑1 (MQ=255) tGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACAcc < 1:1102079/141‑1 (MQ=255) gAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCt < 2:562624/141‑1 (MQ=255) aaGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAg > 1:517084/1‑141 (MQ=255) ggATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGtt > 1:942657/1‑141 (MQ=255) aTCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGCCCGTAACGTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCAGCAAAACCTAGtttt > 1:856773/1‑141 (MQ=255) tCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTCACCTGAATCAGCTAATAATATTTGATTATCTAAATTTTTGTTTGGAATTTGAGCATTATAAAATGGATAAGTACTTGGTATATCTTCCCTAACATATAtttttt > 1:189511/1‑141 (MQ=255) tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTACTAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTc < 1:815376/141‑1 (MQ=255) tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTACTAATATTTCAACCTATAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAATACCTAGTTTTTTc > 2:490728/1‑141 (MQ=255) tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTc > 1:846326/1‑141 (MQ=255) tgaCTGGGTTAATCATTATTTCTCCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATCTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTTAGCATTATAAAATGTATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCa < 2:22050/139‑1 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGACTCAGCTAATAATCTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTAAGCATTATAACATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCACAACCAAGttttctat > 2:1014248/1‑137 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCa < 1:708764/141‑1 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCCTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCa < 1:103725/141‑1 (MQ=255) tACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAGATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCAt > 2:1004552/1‑141 (MQ=255) aCTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATg < 1:1047308/141‑1 (MQ=255) tGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGcc > 1:826670/1‑141 (MQ=255) tGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGcc < 1:859468/141‑1 (MQ=255) tGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATCTTCGTTTGAAATTTGAGCATAATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTCGTTTTTTCATGcc > 2:373250/1‑141 (MQ=255) gTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCttt < 1:868062/141‑1 (MQ=255) gTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTCCATTATCTTTAGTGTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCttt < 1:566511/141‑1 (MQ=255) tAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCttttt < 1:1050724/141‑1 (MQ=255) aaTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTc > 1:337294/1‑141 (MQ=255) aTCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCTTTTTAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCa < 1:164806/141‑1 (MQ=255) aGTATTTCACCTTCTCCGTAACCTTAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAt < 2:348442/141‑1 (MQ=255) tATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAttt > 2:986455/1‑141 (MQ=255) ttCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATAACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCtt > 2:158469/1‑141 (MQ=255) tCACCTTGTCCGTATCCTGAATCAGCTAATGATATTTCATTATTTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTa < 2:582026/141‑1 (MQ=255) tCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAATTTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTa > 2:1148691/1‑141 (MQ=255) cACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTAc > 1:609479/1‑141 (MQ=255) ccTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTg > 1:772170/1‑141 (MQ=255) cTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGc < 1:229288/141‑1 (MQ=255) ttGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGcc > 2:944375/1‑141 (MQ=255) tGTTCGTAACCTGAATTATCTAATAATTTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCt < 2:253482/141‑1 (MQ=255) tGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCt < 1:696773/141‑1 (MQ=255) gTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGACTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTa > 2:975715/1‑141 (MQ=255) tCCCTAACCTGAAACAGCTAATAATATTACATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTaa < 2:328228/141‑1 (MQ=255) aaCCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGa < 2:903238/141‑1 (MQ=255) aaCCTGAATCAGATAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGa < 1:1078693/141‑1 (MQ=255) aCCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGCAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTATTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGac > 1:675155/1‑140 (MQ=255) ccTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTAGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGt < 2:1152669/141‑1 (MQ=255) cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGtt > 1:420790/1‑140 (MQ=255) cTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACAAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTg > 2:333709/1‑141 (MQ=255) tGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGc < 2:1087442/141‑1 (MQ=255) aaTCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTAACTGCCTAATTGGAGTGCtc > 1:217539/1‑140 (MQ=255) cTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAg > 1:208808/1‑141 (MQ=255) cTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAg > 1:308178/1‑141 (MQ=255) ataataTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTGTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTTGCaa > 1:902595/1‑141 (MQ=255) aataTTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCTTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAg > 2:953286/1‑141 (MQ=255) tttCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCaaaaaatt < 2:1100153/141‑3 (MQ=255) ttaaTTATCTAAATTGTTGTTTGAAATTTGAGCATGATAAAATGGATAATACATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTGATGCCTTTTTCCAATTTCTTACTGCCTAATTCGGGTGCTACTCTCGCCATGaaagt > 2:265091/4‑139 (MQ=255) tCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAATTAATTACTCCCTAATTCAAGTGCATCTTTAGCAAAGAAGAtt > 2:14622/1‑140 (MQ=255) tCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑g < 2:517084/141‑1 (MQ=255) aTTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑Gtt < 1:986687/141‑1 (MQ=255) ttATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTa > 1:977295/1‑141 (MQ=255) tATCTAAATTTTTGTTTGAGATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGTTACTCTAGAAAAGAAAAT‑Gtttt > 1:1004796/1‑139 (MQ=255) tAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCtga < 2:460232/141‑1 (MQ=255) tAAATTTTTGTTTGAAATGTTAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCtga < 2:212635/141‑1 (MQ=255) tttgtttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAACT‑GTTATCTGTTGAttt > 1:341881/1‑140 (MQ=255) ttgtttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGGGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCt > 1:1135196/1‑141 (MQ=255) tgtttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTCTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTTCTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTa < 2:638520/141‑1 (MQ=255) tttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTAtt > 1:74805/1‑141 (MQ=255) ttgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTTCTGCCTAATTCGAGTACTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTAttc > 2:483943/1‑140 (MQ=255) tgAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGc < 2:35789/141‑1 (MQ=255) tttGATCATTATAAAATTGATAATCACTTGCTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGtt < 2:212397/141‑1 (MQ=255) tGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTATCGCCAAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGtttt > 1:1177610/1‑141 (MQ=255) tataCAATGGACAATCACCTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTTCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGa < 2:16412/141‑1 (MQ=255) aaaTGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCATCACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATAtt < 2:442603/141‑1 (MQ=255) aTGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGGTATTAc > 1:127709/1‑141 (MQ=255) tGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTAcc > 2:116497/1‑141 (MQ=255) gATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAt < 1:595919/141‑1 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt > 2:468244/1‑141 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTCCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt > 1:313816/1‑141 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAACGAATAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTATGTCGATATTACCAtt > 2:185464/1‑141 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGCTATTACCAtt > 1:1153490/1‑141 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt < 1:70951/141‑1 (MQ=255) aTAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAtt > 1:469063/1‑141 (MQ=255) tAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAttt < 1:1148691/141‑1 (MQ=255) aaTCTCTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTa < 2:204694/141‑1 (MQ=255) aaTCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTa < 2:113328/141‑1 (MQ=255) aTCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCATTCATAATAGATA‑CAAAGGGTTCTATTCATTGCCTTAATTCGATATTACCATTTAc > 1:1171517/1‑141 (MQ=255) cACTTGGTCTATCTTCACCAACACCTAGTTTGTTTATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCa < 2:625496/141‑1 (MQ=255) cACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTTTTTTTTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGAATCTATTGCTTGTTTTAAGTAGATATTACCCTTTAccc > 2:733853/1‑140 (MQ=255) ttGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACtt > 1:845933/1‑141 (MQ=255) ttGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACtt > 1:659051/1‑141 (MQ=255) ggTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCa > 1:738537/1‑141 (MQ=255) ggTATATCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAGTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTTAGTCGATATTACCATTTACCACTTCa > 1:724918/1‑141 (MQ=255) gTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTATTTTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTCCat > 2:984291/1‑141 (MQ=255) gTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCat > 1:1078521/1‑141 (MQ=255) tataTCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCata < 1:116497/141‑1 (MQ=255) atatCTTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCatat > 1:433144/1‑141 (MQ=255) tCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCCAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCCCTCCATATCtt > 2:39059/1‑141 (MQ=255) tCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCCTTTACCACTTCATATCtt > 1:783324/1‑141 (MQ=255) tcccAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATCTCTTACTGCCTCATTCGAGTGTTAATCTAGCATCGAAAAT‑GTTTTCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTaa < 2:1026333/139‑1 (MQ=255) cAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGt < 1:1063917/141‑1 (MQ=255) aaCACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAGGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTCACGtt > 1:98317/1‑141 (MQ=255) acacCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTg < 1:58367/141‑1 (MQ=255) acacCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTg > 1:493796/1‑141 (MQ=255) | TTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAAT‑GTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAACGTTG > CP000730/39534‑39811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |