| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 23.3% | 267.5 / 79.0 | 128 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/52); new base A (11/19); total (57/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACT > CP000730/195149‑195426 | tttgttCTTGCTAAACTTGCTACGATAGTTTCTTTAGCCATAATGAGAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATTCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaa < 2:224967/137‑1 (MQ=255) gTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGCTTCTTTATCAAAAATGATCGTCCCCTATATATATGTTTAATTAATTATACCCTAACTTTTTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTaaaaa < 1:1182077/141‑1 (MQ=255) ttCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTaaaaaaa > 1:442923/1‑141 (MQ=255) acaaaaCTTGCCACAACATATTCTATAACCAAAATAATAGACCCTTATATACATGTTTATTTACTTATACCCTAACAAGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCt < 2:462207/138‑1 (MQ=255) 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CP000730/195149‑195426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |