| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 772,803 | C→A | 6.1% | A18E (GCA→GAA) | fruA → | PTS family fructose/mannitol (fru) porter component IIABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 772,803 | 0 | C | A | 6.1% | 397.6 / 2.1 | 130 | A18E (GCA→GAA) | fruA | PTS family fructose/mannitol (fru) porter component IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/58); new base A (3/8); total (64/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTGATGAGGACTTAGCAACACGGGACGCTATAGAAAAAATAAAATCACAAGTTACGATTAGCGTACTTGATGGGGAGTGAAAATAATGAGAGTAACAGAGTTATTAACAAAAGATACAATAGCAATGGATTTAATGGCAAATGACA‑AAAATGGTGTTATTGATGAGTTAGTAAATCAATTAGACAAAGCAGGTAAATTAAGTGATGTCGCGTCATTTAAGGAAGCGATTCACAATCGAGAATCACAAAGTACAACTGGTATCGGCGAAGGTATTGCC > CP000730/772666‑772942 | ttGATGAGGACTTAGAAACACGGGACGCTATAGAAAAAATAAAATCACAAGTTACGATTAGCGTACTTGATGGGGAGTGAAAATAATGAGAGTAACAGAGTTATTAACAAAAGATACAATAGCAATGGATTTAATGGCaaa < 1:14934/141‑1 (MQ=255) atgaGGACTTAGCAACACGGGACGCTATAGAAAAAATAAAATCACAAGTTACGATTAGCGTACTTGATGGGGAGTGAAAATAATGAGAGTAACAGAGTTATTAACAAAAGATACAATAGCAATGGATTTAATGGCAAATGa > 1:1164667/1‑141 (MQ=255) atgaGGACTTAGCAACACGGGACGCTATAGAAAAAATAAAATCACAAGTTACGATTAGCGTACTTGATGGGGAGTGAAAATAATGAGAGTAACAGAGTTATTAACAAAAGATACAATAGCAATGGATTTAATGGCAAATGa > 1:986573/1‑141 (MQ=255) atgaGGACTTAGCAACACGGGACGCTATAGAAAAAATAAAATCACAAGTTACGATTAGCGTACTTGATGGGGAGTGAAAATAATGAGAGTAACAGAGTTATTAACAAAAGATACAATAGCAATGGATTTAATGGCAAATGa < 2:1083688/141‑1 (MQ=255) 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2:176617/1‑141 (MQ=255) tAATGGCAAATGACA‑AAAATGGTGTTATTGATGAGTTAGTAAATCAATTAGACAAAGCAGGTAAATTAAGTGGTGTCGCGTCATTTAAGGAAGCGATTCACAATGGAGAATCACAAAGTACAACTGGTATCGGCGAAGGtg > 2:1069853/1‑140 (MQ=255) tAATGGCAAATGACA‑AAAATGGTGTTATTGATGAGTTAGTAAATCAATTAGACAAAGCAGGTAAATTAAGTGATGTCGCGTCATTTAAGGAAGCGATTCACAATCGAGAATCACAAAGTACAACTGGTATCGGCGAAGGTa > 1:1009610/1‑141 (MQ=255) tAATGGCAAATGACA‑AAAATGGTGTTATTGATGAGTTAGTAAATCAATTAGACAAAGCAGGTAAATTAAGTGATGTCGCGTCATTTAAGGAAGCGATTCACAATCGAGAATCACAAAGTACAACTGGGATCAGCGAAGGTa > 1:977008/1‑141 (MQ=255) tAATGGCAAATGACA‑AAAAGGGTGTTAATGATGAGTTACTAAATCAATTAGACAAAGCAGGTAAATTAAGTGATGTCGCGTCATTTAAGGAAGCGATTCACAATCGAGAATCACAAAGTACAACTGGTATCGGCGAAGGTa < 1:242210/141‑1 (MQ=255) aaTGGCAAATGACA‑AAAATGGTGTTATTGATGAGTTAGTAAATCAATTAGACAAAGCAGGTAAATTAAGTGATGTCGCGTCATTTAAGGAAGCGATTCACAATCGAGAATCACAAAGTACAACTGGTATCGGCGAAGGTAt > 1:349335/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |