| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,577,317 | A→T | 9.4% | V67D (GTT→GAT) | hlgB ← | possible bacteriophage tail protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,577,317 | 0 | A | T | 9.4% | 269.5 / 4.1 | 104 | V67D (GTT→GAT) | hlgB | possible bacteriophage tail protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/53); new base T (9/2); total (49/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) tttttATTGGCTTCTACTAACTTTAAATATGCTTTCTCAACATCTTTTACACTGGATTTAGCTTTTTGGTAATTAGCGTTAACTTGTTTAAGCTCATCTTCTACTTGAGAATACATCTTTTTTTGAACTTTAAGCCTATCa < 2:803890/141‑1 (MQ=255) ggCTTCTACTAACTTTAAATATGCTTTCTCAACATCTTTTACACTGGATTTAGCTTTTTGGTAATTAGCGTTAACTTGTTTAAGCTCATCTTCTACTTGAGAATACATCTTTTTTTGAACTTTAAGCCTATCATTTAAccc > 2:524110/1‑141 (MQ=255) cTTCTACTAACTTTAAATATGCTTTCTCAACATCTTTTACACTGGATTTAGCTTTTTGGTAATTAGCGTTAACTTGTTTAAGCTCATCTTCTACTTGGGAATACATATTTTTTTGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCt > 2:322187/1‑141 (MQ=255) ttCTACTAACTTTAAATATGCTTTCTCAACATCTTTTACAGCTGATTTAGCTTTTTGGTAATTAGCGTTAACTTGTTTAAGCTCATCTTCTACTTGAGAATACATCTTTTTTTGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCtt < 1:326581/141‑1 (MQ=255) ttCTACTAACTTTAAATATGCTTTCTCAACATCTTTTACACTGGATTTAGCTTTTTGGTAATTAGCGTTAACTTGTTTAAGCTCATCTTCTACTTGAGAATACATCTTTTTTTGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCtt < 1:524110/141‑1 (MQ=255) ttCTACTAACTTTAAATATGCTTTCTCAACATCTTTTACACTGGATTTAGCTTTTTGGTAATTAGCGTTAACTTGTTTAAGCTCATCTTCTACTTGAGAATACATCTTTTTTTGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCtt < 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1:754172/141‑1 (MQ=255) ttttGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCTTAATTCTCGCCTGATATTTT‑TCCATTGATTTTTTTTTCTTTTTAAATGCTGACAGATTATTTTTCATTTCACTATTTATAACACCTAATTATAGCTTTAATCTTTTCAtt > 2:795647/1‑140 (MQ=255) ttttGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCTTAATTCTCGCCTGATATTTT‑TCCATTGATTTTTCAGACTTATCAAATGCTGACAGATTAGCTTTCATTTCACTATTAACAACACCTAATTGTCGCTTTAAACCTTTCagg > 1:490976/1‑139 (MQ=255) tttGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCTTAATTCTCGCCTGCTCTTTTATGCCAT‑AGTGTTCAGACTTATCAAATGCTGACAGATTAGCTTTCATTTCACTATTAACAACACCTAATTGTCGCTTTAAACCTTTCATGc < 1:518649/141‑1 (MQ=255) tttGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCTTAATTCTCGCCTGATATTTT‑TCCATTGATTTTTCAGACTTATCAAATGCTGACAGATTAGCTTTCATTTCACTATTAACAACACCTAATTGTCGCTTTAAACCTTTCATGc < 2:674010/141‑1 (MQ=255) ttGAACTTTAAGCCTATCATTTAAACCCTTAATTCTAGACTGATATTTT‑TCCATTGATTTTTCAGACTTATCAAATGCTCACAGCTTAGCTTTCCTTTCACTATTCACAACACCTACTTTTCGCTTTAAACCTTTCCTgac > 2:44127/1‑139 (MQ=255) tGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCTTAATTCTCGCCTGATATTTT‑TCCATTGCTTTTTCAGACTTATCAAATGCTGACAGATTAGCTTTCATTTCCCTCTTCACAACACCTAATTGTAGCTTTAAACCTTTCATGCAt > 2:192204/1‑141 (MQ=255) aCTTTAAGCCTATCATTTAACCCCTTAATTCTCGCCTGATATTTT‑TCCATTGATTTTTCAGACTTATCAAATGCTGACAGATTAGCTTTCATTTCACTATTAACAACACCTAATTTTCGCTTTAATCCTTTCATGCATTCt < 1:600174/141‑1 (MQ=255) | GAGCTAATTTTTCTTTTTTATTGGCTTCTACTAACTTTAAATATGCTTTCTCAACATCTTTTACACTGGATTTAGCTTTTTGGTAATTAGCGTTAACTTGTTTAAGCTCATCTTCTACTTGAGAATACATCTTTTTTTGAACTTTAAGCCTATCATTTAACCCCTTAATTCTCGCCTGATATTTT‑TCCATTGATTTTTCAGACTTATCAAATGCTGACAGATTAGCTTTCATTTCACTATTAACAACACCTAATTGTCGCTTTAAACCTTTCATGCATTCT > CP000730/1577177‑1577457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |