| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,542,325 | G→T | 70.2% | A29S (GCC→TCC) | hlgA → | gamma‑hemolysin component A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,542,325 | 0 | G | T | 70.2% | 107.1 / 70.9 | 104 | A29S (GCC→TCC) | hlgA | gamma‑hemolysin component A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/16); new base T (37/31); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCAAT > CP000730/2542186‑2542460 | ttAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATAGc < 1:671091/141‑1 (MQ=255) aCTTTTAACGAACAGTTAATTCGCAAACGTTTACAACTTGCTTTTTCCAATTAGAAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATATcccc < 1:562573/141‑1 (MQ=255) tttAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATATCCCCttt > 2:187032/1‑141 (MQ=255) aaCGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTAGATATATGAACTTAAAATTAAGTAGAAAGAGAGTGATTTCTATGATTAACAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGc < 2:361473/141‑1 (MQ=255) 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2:428050/1‑141 (MQ=255) caaaCTTTAGCAAT‑TTGTTAAATATCCCCTTTAGCCAACGCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCCGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCt < 1:829504/139‑1 (MQ=255) aCTTTAGCAGT‑TGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATACATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCtata > 2:437274/1‑141 (MQ=255) tttAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAAc > 1:380918/1‑141 (MQ=255) ccaaGCAGT‑CGGATTAATAACCCCTGTAGCCAATCCAGTTATACAAAATTCTAAAGCAGAAAACAAGATAGAAGATACCGTCCAACCTGCACAAATCATCAAAATAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAAc < 2:454739/138‑1 (MQ=255) ttAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAAcc > 2:30307/1‑140 (MQ=255) tAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTACTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTc > 2:774665/1‑141 (MQ=255) aGCAGT‑TGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCa > 1:1161788/1‑141 (MQ=255) cAGT‑TGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCaaa < 1:462191/141‑1 (MQ=255) gT‑TGGTTTAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTGTAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGCTAGAAGATATCGGCCAAGGTGTAGAAATGATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGAGTAGCTCTaaatacaaaa > 2:790465/1‑133 (MQ=255) gTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGCAACTCAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTc < 1:868542/141‑1 (MQ=255) ttAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACTATTAGCTATAACTCAAAAAATTCaa > 2:32464/1‑141 (MQ=255) tAATATCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAAAATTCAAt > 2:368307/1‑141 (MQ=255) tAATAGCCCCTTTAGCAAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCAAt > 1:665236/1‑141 (MQ=255) | TTAACTTTTAACGAACAGTTAATTCGAAAACGCTTACAAATGGATTATTATATATATGAACTTAAAATTAAATAGAAAGAAAGTGATTTCTATGATTAAAAATAAAA‑TATTAACAGCAACTTTAGCAGT‑TGGTTTAATAGCCCCTTTAGCCAATCCATTTATAGAAATTTCTAAAGCAGAAAATAAGATAGAAGATATCGGCCAAGGTGCAGAAATCATCAAAAGAACACAAGACATTACTAGCAAACGATTAGCTATAACTCAAAACATTCAAT > CP000730/2542186‑2542460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |