| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,516 | 0 | C | A | 33.3% | 13.4 / 12.8 | 25 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/5); new base A (5/3); total (16/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > CP000730/111384‑111652 | gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCaa < 2:193101/141‑1 (MQ=255) ttAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGCAAACTTTAAGTTTTTGGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATAAGATAATCAACAGGTGCCGAGTTATTAAGTTAAATATCAAt > 2:314612/1‑141 (MQ=21) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATCTCAAtt > 2:160322/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATGAAAAAAGAAATCGAGAACTTTAGGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAGAGATGGAGATATATCATATGATCAAGAAGTGCTGCGTTATTCAGCTCAACAGCAATTa > 2:371427/1‑141 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGTGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 2:168161/141‑1 (MQ=255) agaTCGGAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGGAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAACCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaa < 2:462750/139‑1 (MQ=17) aaaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCTGAGGTGCCGAGTGATTCAGATCAATATCAATTAACTAATGATGATGAAAATGTaa > 2:470628/1‑141 (MQ=21) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATACAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACGAATAATGATTATAATGTAAAAAAAt > 2:143933/1‑141 (MQ=18) tgccacagaaaGCAATTTCAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGCATATATATCATATAATCCAGAGGTGCCTAGTTATTCAGCTCAATATTAATTACCTAATGATGATTATAATTTAAAACAATTACGTAAAAGATATGa < 2:207243/131‑1 (MQ=18) cAATATAGGAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATAACAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGAtata > 2:366620/1‑141 (MQ=14) aGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTCAAAGATATGACATACcaaca > 2:30788/1‑141 (MQ=255) aGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAacaaca > 2:420546/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacgag > 2:117428/1‑138 (MQ=11) tAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCAACGAGTAAAgc > 2:20033/1‑141 (MQ=11) gATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCAGAAGCTGTTGTTGAAAGGt > 2:110832/1‑141 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGCTGAAAGGTACAggg < 2:338489/141‑1 (MQ=255) gaTATATCATAAAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 2:453382/141‑1 (MQ=255) gaTATAGCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGAGCGGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg > 2:312592/1‑141 (MQ=255) gaTATAACATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg > 2:312624/1‑141 (MQ=255) aacacataATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTGAATATCAATCAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAttt < 2:392911/136‑1 (MQ=255) tCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTa > 2:167291/1‑141 (MQ=255) ccGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGa > 2:23936/1‑141 (MQ=255) ccGAGTTATTCAGCTCAATATAAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGCTATGACATACCGACAAATAAAGAGCCGAAGCTGGTGTTGTAGGGAAAAGGAAATTTAAAATGTTGATCAGTTggg > 2:24285/1‑140 (MQ=18) ttATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAACACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaa < 2:60058/141‑1 (MQ=255) aGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt < 2:337713/141‑1 (MQ=255) | GTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > CP000730/111384‑111652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |