Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	512,643	0	A	G	36.4%	36.1 / 45.7	55	intergenic (+711/‑150)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (18/17);  new base G (10/10);  total (28/27)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATC  >  CP000730/512507‑512772                                                                                                                                         |                                                                                                                                  gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                               >  2:74913/1‑141 (MQ=255) 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                         gtagtcgaacttacgttgcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttgatcaaattttggttaaaaagtaaaatggacaagataaAAAAGGT‑ATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                                     <  2:154560‑M1/53‑1 (MQ=255)                          gtagtcgaacttacgttcggctagagtagaacgatgcgaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaagtaaaatggacacaataaGAAAAGTTATTGAATTAAATGTTGATAAAATGTACAattaattctgataggta                                                                                                      <  2:127901‑M1/53‑9 (MQ=255)                             gaagacggTATAGTATTTATCTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                   <  2:468398/134‑1 (MQ=255) 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                                                                                                     aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                              >  1:1350/1‑137 (MQ=255)                                                                                                         attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTTTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAATatta                       >  2:224984/1‑141 (MQ=255)                                                                                                          ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAAAGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat                      >  2:262578/1‑141 (MQ=255) 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                                                                                                                     aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg          <  2:471810/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                        ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAGTTAGTATTTATGAg        >  1:2055/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                         tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc       <  2:401628/141‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑