| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 991,415 | A→T | I79F (ATT→TTT) | oppF1 → | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 991,415 | 0 | A | T | 95.0% | 49.3 / ‑5.0 | 20 | I79F (ATT→TTT) | oppF1 | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (8/11); total (9/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
AACATTAGGTTTAGTAGGAGAATCGGGGTGTGGTAAATCTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGATTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGACCCATATGCGTCTTTAAATCCTAGGTTAAAAGTAATGGATATAGTAGCTGAAGGTATTGATATCC > CP000730/991297‑991538 | aaCATTAGGTTTAGTAGGAGAATCGGGGTGTGGTAAATCTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCt < 2:392152/141‑1 (MQ=255) aGGTTTAGTAGGAGAATCGGGGTGTGGTAAATCTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAAtt < 2:342561/141‑1 (MQ=255) gTTTAGTAGGAGAATCGGGGTGTGGTAAATCTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTta < 2:285563/141‑1 (MQ=255) agtagGAGAATCGGGGTGGGGTAAATCTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTtaataa < 2:21347/141‑1 (MQ=255) ggAGAATCGGGGTGTGGTAAATCTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTCCAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATCCAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATaaaaaa > 2:324835/1‑140 (MQ=255) cGGGGTGTGGTAAATCTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAga < 2:62978/141‑1 (MQ=255) tgGAAAATCTACAACATGTAAATTAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTTATATACAAAAGTTTCTTAGACTTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGAtttt < 2:417460/141‑1 (MQ=255) cTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAAGGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGAcc < 2:409234/141‑1 (MQ=255) tACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGGTATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGAccc < 2:10514/141‑1 (MQ=255) tACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGAccc < 2:142949/141‑1 (MQ=255) aaaTCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTAGAGAAATTTTGTATGAGGGTATAGATATAAAAAAGTTTAGTAAACGTCAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTGAAGACGCAAATTAGTCt > 2:176074/1‑141 (MQ=255) aaTTATTAAACTTAATGATAGTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATGGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGAATAGCTTAATTTTAATAAAAAGATACAGATGATTATTCAAGACCCATAAGCGCCTTTaaa > 2:44884/1‑141 (MQ=255) ttattaAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGACCCATATGCGTCTTTAAATc > 2:417618/1‑141 (MQ=255) ttattaAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATAGACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTAAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGAGCCGTATGCGTCTTTAAATc > 2:279692/1‑141 (MQ=255) cTTAATGATATAACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGACCCATATGCGTCTTTAAATCCTAGGTTa < 2:400168/141‑1 (MQ=255) atgatgTTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGACCCATATGCGTCTTTAAATCCTAGGTTAAAAg < 2:361894/141‑1 (MQ=255) tGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGACCCATATGCGTCTTTAAATCCTAGGTTAAAAGt > 2:334447/1‑141 (MQ=255) atatTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTAAAGACCCATATGCGTCTTTAAATCCTAGGTTAAAAGTaa > 2:40473/1‑141 (MQ=255) ttttGTATGAGGGTATTGATATACAACAGACACGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGACCCATATGCGTCTTTAAATCCTAGGTTAAAAGTAATGGATATAGTAGCTGAAg > 2:83837/1‑141 (MQ=255) gTATTGATATACAAAAGTTTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGACCCATATGCGTCTTTAAATCCTAGGTTAAAAGTAATGGATATAGTAGCTGAAGGTATTGATATcc > 2:394531/1‑141 (MQ=255) | AACATTAGGTTTAGTAGGAGAATCGGGGTGTGGTAAATCTACAACTGGTAAATCAATTATTAAACTTAATGATATTACAAGTGGAGAAATTTTGTATGAGGGTATTGATATACAAAAGATTCGTAAACGTAAAGATTTGCTTAAATTTAATAAAAAGATACAGATGATTTTTCAAGACCCATATGCGTCTTTAAATCCTAGGTTAAAAGTAATGGATATAGTAGCTGAAGGTATTGATATCC > CP000730/991297‑991538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |