New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 512620 =49 (1.060)26 (0.820)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
19/178 NT 43.6% intergenic (+688/‑173) recR/rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
?CP000730 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+5) USA300HOU_t0050/rrf4 tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

GGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA  >  CP000730/512482‑512758
                                                                                                                                          |                                                                                                                                          
ggtcttCAGTAGAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTTTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCTTCTATAGTATTTATTTGTGAAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                           <  2:276044/136‑1 (MQ=255)
ggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTTTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGGAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                           <  1:163230/140‑1 (MQ=255)
  ggTTCAGTACAGATGACAAATGTTTGATTTTTAATGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGTTTGTATATGATAGATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                         <  1:127236/139‑1 (MQ=255)
  cacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggactagataaaaaa                                                                                                                                         >  2:372559‑M1/137‑140 (MQ=255)
  cGTTCAGTAGAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                         <  2:298907/140‑1 (MQ=255)
     ctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgtggccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt                                                                                                                                      >  1:475202‑M1/134‑140 (MQ=255)
       aGTACAGATTACAAATGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAGTGCCTGTATAGTATTTATTTGTCGAGGCAAACAAAACAATTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTATCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTa                                                                                                                                    <  2:140732/140‑1 (MQ=255)
       aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTa                                                                                                                                    >  1:280449/1‑140 (MQ=255)
        gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                                   >  1:73969/1‑140 (MQ=255)
         tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTAtt                                                                                                                                  <  1:130152‑M1/11‑1 (MQ=255)
          aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGATTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTCAGAAATAACTTGAATAAATAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTg                                                                                                                                 >  2:444155/1‑140 (MQ=255)
           cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                >  1:110633/1‑140 (MQ=255)
            aGATGACAAAGGTGTAAGTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCTTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAATAACTTAACTTAAGAATTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                               <  1:144044/140‑1 (MQ=255)
             gATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                              >  1:547152/1‑140 (MQ=255)
              aTGACAAAGGTGTAATCTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATAACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGCCtt                                                                                                                             >  1:272995/1‑140 (MQ=255)
                        tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                   <  1:546896/140‑1 (MQ=255)
                        agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagtttttttatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat                                                                                                                   >  1:415643‑M1/115‑137 (MQ=255)
                           aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTGTGCAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                                >  2:142213/1‑140 (MQ=255)
                            aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAATTATTTACTTAAATGATAGTaaaa                                                                                                               >  2:95740/1‑140 (MQ=255)
                                 tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                          <  1:529797/140‑1 (MQ=255)
                                 gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtaaaactttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAATTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                          <  1:23045‑M1/35‑1 (MQ=255)
                                   tccttagcgtcgctggtagtcgaacttccgttccgccagcgtagaacgttgccaggcagttttttcatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAACGTTCTTGACTTACATGCTGATCAAATCTAtaa                                                                                                        <  2:108037‑M1/37‑1 (MQ=255)
                                   tccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                        <  1:257443‑M1/37‑1 (MQ=255)
                                   cTGTTGTTAAGCAGTTTGAGAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                        >  2:300271/1‑140 (MQ=255)
                                   cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTTACGAAAATTAATTTTAATAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                        <  1:348925/140‑1 (MQ=255)
                                    ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                       <  1:159956‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                    ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                       <  1:314977‑M1/38‑1 (MQ=255)
                                     gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                      >  1:525483/1‑140 (MQ=255)
                                     cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatcaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                      >  1:236632‑M1/102‑140 (MQ=255)
                                     cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                      <  1:293944‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                      ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagacaaaataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGGGGATAAAATGTAtaatta                                                                                                     <  1:346256‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                         gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagacaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                  >  1:501211‑M1/98‑140 (MQ=255)
                                               aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTATTTTc                                                                                            >  1:211559/1‑140 (MQ=255)
                                               aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                            >  1:428972/1‑140 (MQ=255)
                                                 ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                          <  1:371308‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                                 ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                          <  1:362444‑M1/51‑1 (MQ=255)
                                                         aacttacgtttcgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                  >  2:297616‑M1/82‑140 (MQ=255)
                                                          cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                 <  1:446007/140‑1 (MQ=255)
                                                          cTGTATAGTATTTATGTGTTGAGGCAAACAGAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaca                                                                                 >  2:186605/1‑138 (MQ=255)
                                                           cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                <  1:347603‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                           cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGACGGAAAGAAAAAt                                                                                <  2:511468‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                           cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                <  2:318972‑M1/61‑1 (MQ=255)
                                                            gTATAGTATTTATTTGTTGAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                               <  2:383806/140‑1 (MQ=255)
                                                             tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACAAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                                              >  1:10414/1‑140 (MQ=255)
                                                               cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaagtaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGATAAGAAAAATGAAc                                                                            <  1:225934‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                               cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatagacaagataaAAAAAGTTATTGACTTATATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                            <  1:167917‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                                 ttccgctagaggagaacgttgccaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTGATAACATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAatgaaact                                                                          <  2:37826‑M1/67‑4 (MQ=255)
                                                                   atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAATTTAAGAAATAACTTGCATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                        <  1:95740/140‑1 (MQ=255)
                                                                      tatttGTTGAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                     <  1:242992/140‑1 (MQ=255)
                                                                      ctatagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                     >  1:315696‑M1/69‑140 (MQ=255)
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                                                                         ttgtggAGGACAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAAGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                  <  2:294875/140‑1 (MQ=255)
                                                                          tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                 <  2:174228/140‑1 (MQ=255)
                                                                          agtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattctggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAACATTGAAAACTg                                                                 >  1:305891‑M1/65‑140 (MQ=255)
                                                                              gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                             <  1:547857‑M1/80‑1 (MQ=255)
                                                                              gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                             >  2:309949/1‑140 (MQ=255)
                                                                               aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                            >  1:500874‑M1/60‑140 (MQ=255)
                                                                                     acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATATTAAAAAATTATAGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                      >  1:8663/1‑140 (MQ=255)
                                                                                       aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                    >  1:420592/1‑140 (MQ=255)
                                                                                          gcagttgtttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                 >  2:160010‑M1/49‑140 (MQ=255)
                                                                                          acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAGATAAATGTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                 >  2:414132/1‑140 (MQ=255)
                                                                                          acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAAAATGTaaa                                                 >  1:263302/1‑140 (MQ=255)
                                                                                              ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTAAAAAAAAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                             <  2:280449/140‑1 (MQ=38)
                                                                                                  ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTCATTCTTGTCGGCAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                         >  1:295254‑M1/41‑140 (MQ=255)
                                                                                                  ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                         >  1:295290‑M1/41‑140 (MQ=255)
                                                                                                  actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                         <  1:430196/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                      aaaaaaTAATTTTAATTATTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAATTATTGACTTAAATGTTAAAAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                     <  2:205627/137‑1 (MQ=37)
                                                                                                      aaaaaaTAACTTGAATTACTAACAAAAATTAAATTTAAAAAGTTATAGACATAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaaaaacaa                                     <  2:28688/137‑7 (MQ=38)
                                                                                                       aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                    >  2:164167/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                         aaaTAAGTTGAAGTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATATAATGTTTAATTAATTTTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                  <  1:68695/140‑1 (MQ=37)
                                                                                                         aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                  <  2:525483/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                             aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                              <  1:439398/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                              aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAATGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                             <  1:225555/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                              aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                             <  2:73969/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                              aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTACAAAAAAAGTa                             >  2:243342/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                  gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                         >  2:449283/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                   atgtACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACaat                        >  2:142678/4‑140 (MQ=255)
                                                                                                                     ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                      <  1:141195/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       aataaaatggacaatataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                    >  2:395035‑M1/20‑140 (MQ=255)
                                                                                                                        cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGtt                   >  1:537739/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                        ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                   >  2:130152‑M1/19‑140 (MQ=255)
                                                                                                                        ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTCAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                   >  1:34382‑M1/19‑140 (MQ=255)
                                                                                                                               aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa            <  2:536101/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt          <  1:142213/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  aaaatataAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta         >  2:234777‑M1/9‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                   taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAACATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAccatat        >  2:203326/1‑135 (MQ=25)
                                                                                                                                    agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt       <  1:427669‑M1/134‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     attTTAAAAATTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAGGTATAAGTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATATGTTACAAACATTAttt      <  2:338177/140‑1 (MQ=21)
                                                                                                                                     attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt      <  2:236157/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa     >  2:547857‑M1/5‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                        aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt   >  2:347603‑M1/3‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                        aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt   >  1:305118‑M1/3‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                         aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa  >  1:208049‑M1/2‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                         aAAAAAGGTATTAACTTAAATTTTGATAAAATGTACAATCAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATGCCAAAAAACGGAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa  >  2:468611‑M1/2‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                          
GGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA  >  CP000730/512482‑512758

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.