| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 56.7% | 54.3 / 100.0 | 90 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/20); new base A (28/23); total (47/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGCAATCTTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACTAGAA > CP000730/195138‑195430 | cAGCAATCTTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATAttt > 2:373891/1‑149 (MQ=255) tttGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTACCATGTTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTTTCTAAATATTTa > 1:279555/1‑140 (MQ=255) tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaa < 1:262213/140‑1 (MQ=255) tGTTTCTAGCTAAAATTGCTACGACAGATTCTTTAACCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTTACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaa < 1:29627/140‑1 (MQ=255) tttCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTa > 2:99968/1‑149 (MQ=255) gCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATAATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATcc > 2:579408/1‑149 (MQ=255) gCTAAACTTGCTACAACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTACAAAAAATATc > 1:527227/1‑140 (MQ=255) cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATCT‑GTTTATTTTCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTACCTAAATATTAAAAAAAATATCt > 1:85929/1‑140 (MQ=255) aaaaCTTGCTACGACAAATACTTTATCCATAAAGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACGCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAAAATTTAAAAAAATATCTTAATATCCtt < 2:244836/148‑1 (MQ=255) ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAatat < 1:578010/140‑1 (MQ=255) gtACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTCTACCCTCACATGATTTTTGTACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATTTTAATATCTTTGTTCTCCg > 2:520169/2‑149 (MQ=255) aCGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACCGAATTTTATCTTAGTATTTATATAAATATCTTTATATACTTg > 1:531403/1‑140 (MQ=255) aCGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACACTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTg < 1:399327/140‑1 (MQ=255) caaCATATTCTTTAACCCTAATGATAGTCTTCTATAT‑TATAATTTATTTACTAATACACTATTAATATTTTTATTCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 2:546283/147‑1 (MQ=255) 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1:918492/140‑1 (MQ=255) cATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATCTCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAatat > 2:305178/1‑149 (MQ=255) cATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAgtat > 2:116150/1‑149 (MQ=255) aTAATGATAGCCCCGTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTAGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATAGTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTTTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt > 2:376150/1‑149 (MQ=255) tAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtata > 1:895571/1‑140 (MQ=255) aattaaaGCCCCCTTTATATAG‑TTTTATTAACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt < 2:363148/143‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCCCCTATATATAT‑GATTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAGTATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt > 1:561343/1‑140 (MQ=255) cccccTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCa > 2:571730/1‑149 (MQ=255) ccccATATATAT‑TTTAATTTACTTAGACCCTAACAAGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACATAATTTTATCTAAATATAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAtt < 2:454380/149‑1 (MQ=255) ccTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg < 2:208003/149‑1 (MQ=255) ccTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATCtttttt > 1:602847/1‑140 (MQ=255) 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1:79056/138‑1 (MQ=255) aGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAATAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCCTGATTTTGCATCAACg < 2:442127/149‑1 (MQ=255) aaTTTTCTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGc < 1:641902/140‑1 (MQ=255) aaTTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 2:592310/149‑1 (MQ=255) aaTTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 2:94619/149‑1 (MQ=255) aaTTTTATCTAAATATTAAAAAAAAGATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGGTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGATGCTAACAATCTTGATTTTGc < 1:616415/140‑1 (MQ=255) 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CAGCAATCTTTTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATAT‑GTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAGAACTAGAA > CP000730/195138‑195430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |