Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 396,540 | 0 | G | A | 59.1% | 54.5 / 91.7 | 89 | A208T (GCA→ACA) | USA300HOU_0364 | possible lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/17); new base A (29/23); total (49/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAGCTGATACATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCATTT > CP000730/396394‑396680 | aaGCTGATACATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGca < 2:180893/149‑1 (MQ=255) taTTAGATCACATACGCAACTTTAGGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTGGGCGGCGCACAAAAAAtt < 2:405591/148‑1 (MQ=255) cATTAGACATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAAtt < 2:456123/149‑1 (MQ=255) aTTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAAttt < 2:159420/149‑1 (MQ=255) tatCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACt < 2:224256/149‑1 (MQ=255) aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAGAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGAACACAACAAAtatg > 1:208138/1‑137 (MQ=255) aTACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTAtt > 2:171006/1‑149 (MQ=255) ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAACAATTTATGa > 1:548544/1‑140 (MQ=255) ccAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATGTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGa > 1:657399/1‑140 (MQ=255) cAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTCGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 2:552749/149‑1 (MQ=255) aaaaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGATCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAAGTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 1:702115/140‑1 (MQ=255) aaaaTTAATGCTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGGAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACt < 1:50299/140‑1 (MQ=255) aaTTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTa > 1:934992/1‑140 (MQ=255) tgtgaaaaGGTTCTGTTGACCTATTAAATGGAGTTGCAACTTTTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAACGGTTAATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:438914/134‑1 (MQ=255) tGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:319573/140‑1 (MQ=255) tGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTaaa < 1:781178/140‑1 (MQ=255) gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAc < 1:548727/140‑1 (MQ=255) gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAc > 1:323374/1‑140 (MQ=255) cAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACCAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAt > 1:701918/1‑140 (MQ=255) aaGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaa > 2:22583/1‑149 (MQ=255) ttCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAAAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGaaaaaaaaa > 2:77299/1‑148 (MQ=255) tGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATACACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTAAGACTTATTTAAACCTATTTTAgaga > 1:619387/1‑140 (MQ=255) gTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 1:971862/1‑140 (MQ=255) gTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACAGACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 1:1604/1‑140 (MQ=255) ttGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATaaa > 2:458065/1‑149 (MQ=255) ttGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCAC‑AAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAgcaacca > 2:147297/1‑143 (MQ=255) gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATaaaaa < 2:385783/149‑1 (MQ=255) gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaa > 1:950533/1‑140 (MQ=255) aCCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATaaaaaa > 2:561557/1‑149 (MQ=255) aCCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa > 1:914422/1‑140 (MQ=255) aCCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATCTACATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATCTATGAATTATTTAAACCTCTTTTACAGaaacaa > 1:180001/1‑140 (MQ=255) ataTGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGTTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtg < 2:517851/147‑1 (MQ=255) aTGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAAATAAGtgat > 2:524719/1‑149 (MQ=255) gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAg > 1:587501/1‑140 (MQ=255) gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAg < 1:407580/140‑1 (MQ=255) tcAACTTCTAAAAACACAGGTGAAGAATAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCa < 2:105850/148‑1 (MQ=255) gCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtga > 1:47983/1‑140 (MQ=255) aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAATAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatg < 1:90413/140‑1 (MQ=255) aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatg < 1:368481/140‑1 (MQ=255) aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATAAAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTAGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatg < 1:834214/140‑1 (MQ=255) aCTTCTAAAATCACAGGTGCCGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATATTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAGCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGtgatga > 1:655964/1‑140 (MQ=255) aCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACATATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAAt > 2:207981/1‑149 (MQ=255) tcaaaaaACACACGTGAAGAAGAAACATATTCACATACAGATTTATATGATGGTAAAGCGATCGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGatat < 1:708202/137‑1 (MQ=255) aaaaTCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACACAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAAAtt > 2:508993/1‑149 (MQ=255) tCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGAt < 2:591441/149‑1 (MQ=255) tCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTAATGATATCCACATGAACTTCGaa > 2:138367/1‑148 (MQ=255) acaGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATACAACCGTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATaa < 2:128811/149‑1 (MQ=255) aGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATCTGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACt < 1:560270/140‑1 (MQ=255) aGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACt < 1:151127/140‑1 (MQ=255) ggTGAAGAAGAAGTTTATTCATATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGGAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACtt > 1:524001/1‑140 (MQ=255) ggTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGGTTTTAAATCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTCTTTTAGAGAAAAAAGATAAGAAATTAAGTGATGTTATCCAAATGAACTTCGATAAAGt > 2:447398/1‑149 (MQ=255) gTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTc < 1:153574/140‑1 (MQ=255) aagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGAt < 1:867768/140‑1 (MQ=255) aagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAACATAAAAAATTAAGGGATGATATCCAAATGAACTTCGAt < 1:647690/140‑1 (MQ=255) aagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCaa < 2:84075/149‑1 (MQ=255) aagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCaa < 2:436408/149‑1 (MQ=255) aaaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCCatta > 2:600551/1‑149 (MQ=255) aaaTTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAattt > 2:556095/1‑148 (MQ=255) tttATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTg > 2:25017/1‑149 (MQ=255) tATTCACATACAGAGTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCa > 1:527284/1‑140 (MQ=255) tCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATCAAGTGAATCAatt > 1:543463/1‑140 (MQ=255) tCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGCATCAatt > 1:543326/1‑140 (MQ=255) tCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAAtagatt > 1:179711/1‑135 (MQ=255) cacaTACAGGTTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAatta < 1:855217/140‑1 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aaGCGAACGTTGAAGGCCAACAACAAAATTATGACTTATTTAAACCTAATTTAAAGAAAGAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGAAAAAGTGAATCAATTATTGGAGAAATGTAAAGAGaacaac > 1:212365/1‑140 (MQ=255) aaGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaac < 1:860489/140‑1 (MQ=255) gCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGGAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGAATAAATATAAAGATAACAAcgg > 1:672664/1‑140 (MQ=255) cGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAg > 2:426968/1‑149 (MQ=255) gAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcg > 1:132585/1‑140 (MQ=255) gAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcg > 1:244335/1‑140 (MQ=255) gAACGTTAAACGCAAACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcg < 1:857485/140‑1 (MQ=255) aaCGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcggcgg > 1:490928/1‑140 (MQ=255) gTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTa > 1:422226/1‑140 (MQ=255) ttGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCAttt < 2:2328/149‑1 (MQ=255) ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAATAACGGCGGTTAt > 1:353159/1‑140 (MQ=255) ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTAt > 1:928409/1‑140 (MQ=255) ttGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTGAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAATTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTAt > 1:87048/1‑140 (MQ=255) tGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAGAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATg > 1:667656/1‑140 (MQ=255) aGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:598629/140‑1 (MQ=255) | AAGCTGATACATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGATAAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGTCATTT > CP000730/396394‑396680 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |