| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 629,681 | 0 | C | A | 58.7% | 26.3 / 69.4 | 63 | L84I (CTA→ATA) | hxlA | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/11); new base A (21/16); total (36/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTGCA > CP000730/629538‑629827 | tttACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGgt > 2:82043/1‑149 (MQ=255)tttACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGgt > 2:81925/1‑149 (MQ=255) aCAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGtt < 2:358426/149‑1 (MQ=255) aCGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAataata > 1:239068/1‑140 (MQ=255) ttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGc > 1:89626/1‑140 (MQ=255) acaagcagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 1:280448/137‑1 (MQ=255) agcagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAGAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCACGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGTAGAAGATGcccaaa < 2:303337/149‑6 (MQ=255) aaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCa > 1:437085/1‑140 (MQ=255) aCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCaa < 1:1004075/140‑1 (MQ=255) cATACGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAt < 1:163817/140‑1 (MQ=255) tatGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGTGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTa < 2:222627/149‑1 (MQ=255) tGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTaaa < 1:704328/140‑1 (MQ=255) gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAACACCAGTCTC‑GATAAAAGCACAATCAAAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc > 1:729949/1‑140 (MQ=255) gCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAagc > 1:102284/1‑140 (MQ=255) caacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGaagaag < 2:23482/149‑1 (MQ=255) aacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAGTTAAAGCAGCTAt > 1:477541/1‑140 (MQ=255) caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:204936/140‑1 (MQ=255) aaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:824732/139‑1 (MQ=255) ttAGTAATGTAAAAGTATGAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTAAAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa < 1:42873/140‑1 (MQ=255) aGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCGAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaaga > 1:567974/1‑140 (MQ=255) aGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATCATAGATGCAGATG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTtaaga < 1:687184/140‑1 (MQ=255) gTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTACAGGAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataa > 2:123974/1‑149 (MQ=255) aaaaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATa < 1:98693/140‑1 (MQ=255) aaGTATTAGCAGACATGAAAGTTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGAAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGAGGTAATTACAATAACAGGTGTTGCAGAAGATGCCTCAATTAAAGCAGCTATTAAAGAAGCTCATaaa > 1:632717/1‑140 (MQ=255) aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGCTGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAACAAT‑AAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa > 1:267389/1‑140 (MQ=255) aGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa < 1:660195/140‑1 (MQ=255) aGTATTAGCAGACAGGAAAAGTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAGATTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGGAATTACAGTACTAGGGGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTAATGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAc > 2:222821/1‑149 (MQ=255) tagtcgACATGAAAATTATACATCCA‑CTGTATTATGAACTTAGCCAAGCAAC‑TAA‑ATCTGGCGCGGATTTAATGACAATACTAGGTGTCGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCCACTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTa < 2:7925/144‑1 (MQ=255) cAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTa > 2:315081/1‑149 (MQ=255) gACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGt > 2:590261/1‑149 (MQ=255) aTGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAAtt < 1:972125/140‑1 (MQ=255) aaaaTTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGatat > 2:200815/1‑149 (MQ=255) aaaTTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAATa > 1:157709/1‑140 (MQ=255) aaTTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAg > 1:18629/1‑140 (MQ=255) taGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCt > 2:305009/1‑149 (MQ=255) 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1:854073/140‑1 (MQ=255) aT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGc > 1:905444/1‑140 (MQ=255) t‑tAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCa > 1:597364/1‑140 (MQ=255) aa‑aTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 1:198289/1‑140 (MQ=255) aa‑aTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa > 1:793468/1‑140 (MQ=255) tGGCGCGTAAGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAAc < 1:19084/140‑1 (MQ=255) gcgGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGa > 1:109707/1‑140 (MQ=255) gATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAAAATGCAAAATAACTAGATGa > 1:883930/1‑140 (MQ=255) aTGTAACTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCt < 2:222421/149‑1 (MQ=255) aTGTAAATAAAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCt < 2:472342/149‑1 (MQ=255) gTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGa < 2:366675/149‑1 (MQ=255) aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg > 1:441009/1‑140 (MQ=255) aaTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATgg > 1:11851/1‑140 (MQ=255) aTTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATta < 2:115341/149‑1 (MQ=255) tACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATGGAAGAAGCTCATAAAAATCATACACAATCACCAGTAGATATGCAGGCTGTGAAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAGGAACTAGATGAAAGGGGGGCTGATtgta > 2:193584/1‑149 (MQ=255) aCAAAACTAGGGGGTGCAGAAGAAGCATCAATTACAGCAGCTATTGAAGAAGCTTATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTAAAAGAATAAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTatat < 2:311884/149‑1 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAGAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAAAGGTTGCTGATTATATTGc > 2:387245/1‑149 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCGGATTATATTgg > 2:472112/1‑148 (MQ=255) tACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATGGCa > 2:382870/1‑149 (MQ=255) | TTTACAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTG‑ATTATGAAGTTAGCCAAGCAAT‑TAA‑ATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGATTATATTGCA > CP000730/629538‑629827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |