Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 707,910 | 0 | A | G | 65.6% | 72.5 / 44.4 | 64 | intergenic (‑1/‑121) | mntB/sirR | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible metal‑dependent transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/11); new base G (20/22); total (31/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAGACTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGA > CP000730/707768‑708044 | aaGACTTGATAAGGGAAGCTTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGtttt > 2:273718/1‑148 (MQ=255) aGACTTGATAAGGGATGATTTACCATCTCCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCTATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTTAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTtat < 2:451628/149‑1 (MQ=255) tGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATAcctc > 2:220998/1‑149 (MQ=255) gAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGAGGAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcct > 1:893874/1‑140 (MQ=255) gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTTTAcctcct > 1:591450/1‑140 (MQ=255) gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTCTAcctcct > 1:698139/1‑140 (MQ=255) gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAcctcct > 1:258004/1‑140 (MQ=255) gATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGAATTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGAGTTTATAcctcct > 1:55196/1‑140 (MQ=255) ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGCTACCAATTATTTCACCGAGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAAt > 1:755351/1‑140 (MQ=255) tACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAAtt > 1:752550/1‑140 (MQ=255) cACCATTCGGGCCCAGGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGt < 1:851510/140‑1 (MQ=255) ccATTTGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:2284/149‑1 (MQ=255) ccATTCGGGCCCATGATACCAGTTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAcc < 2:154747/149‑1 (MQ=255) gCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGATTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATCTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaattaat < 2:162557/149‑1 (MQ=255) catatggtgcgtattattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTaattaatt < 2:411661/137‑1 (MQ=255) tGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTACTTAAAAGTTTAGGCTAACCtaat < 1:537056/140‑1 (MQ=255) tGATACCAATTATTTCGCCGACTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaat < 1:43470/140‑1 (MQ=255) cAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa > 2:276339/1‑149 (MQ=255) cAATTATTTCGCCGCGTACTGGGAACTATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATaaa > 2:277225/1‑149 (MQ=255) ttattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTg < 2:133763/149‑1 (MQ=255) attTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTataa < 1:255426/140‑1 (MQ=255) tttCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTgaga < 2:800/149‑1 (MQ=255) ccgcGTACCGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt < 1:425784/140‑1 (MQ=255) cTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTCAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTCATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAata < 1:617254/140‑1 (MQ=255) aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTAt < 1:919765/140‑1 (MQ=255) aTAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATg < 1:855224/140‑1 (MQ=255) ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa > 1:985298/1‑140 (MQ=255) ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCg < 2:134494/149‑1 (MQ=255) ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCg > 2:77307/1‑149 (MQ=255) aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTGTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg < 2:125207/149‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTGAGTACATGGTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAACTTCGTGa < 2:8107/149‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTATCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 1:609796/140‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTAAGTACATGCCTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 1:181481/140‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTAAGTACACGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa < 1:614305/140‑1 (MQ=255) tGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa < 1:647226/140‑1 (MQ=255) gttgtAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAtt < 1:269024/136‑1 (MQ=255) tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATAACTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTGATTGTATAATAAATTGACAATATTTATCATCTCACGTAAATTCg > 1:814322/1‑140 (MQ=255) ttAAGTACATGCTTATTAACTAAAAACAGATTTAAATCGTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGt < 1:27546/140‑1 (MQ=255) gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTAATATAATATAGa > 2:336925/1‑149 (MQ=255) gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATAATGTCAAAAAAATACGTAATATAAAATAGa > 2:319706/1‑149 (MQ=255) aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatata > 1:230720/1‑140 (MQ=255) ttattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAg > 1:868404/1‑140 (MQ=255) ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATCTAATATAGACa > 1:267768/1‑140 (MQ=255) ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTACATTCGTGATATAGTATAGACAatg > 1:465021/1‑140 (MQ=255) ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatg < 1:132721/140‑1 (MQ=255) ccTAAAAACAGATTTAAATCCTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATCACTACTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatg < 1:132942/140‑1 (MQ=255) cTAAAAACAGCTTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACATAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGAAATCATATAAATAATGTAAGTGAAGt > 2:530281/1‑149 (MQ=255) aaaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTACCCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAAAGAAAaagtag > 1:65370/1‑139 (MQ=255) aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTAtgtg > 1:660287/1‑140 (MQ=255) aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATAAAGACAATGTAtgtg < 1:387981/140‑1 (MQ=255) cAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAATAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAg < 1:339444/140‑1 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGTATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGt < 1:651925/140‑1 (MQ=255) tttAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACTATGTATGTGAGGTGa > 1:591481/1‑140 (MQ=255) ttAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTa < 2:145735/149‑1 (MQ=255) tAAATCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCGAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGaaa > 1:68098/1‑140 (MQ=255) aaaTCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTGTCATGTCACGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg > 1:708001/1‑140 (MQ=255) aaaTCTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg < 1:415025/140‑1 (MQ=255) cTTTTGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg > 1:32828/1‑140 (MQ=255) cTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaa > 2:310519/1‑149 (MQ=255) ttttGTTTCTTACAAGCGTTTATTCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGt < 1:71045/140‑1 (MQ=255) ttttGTTTCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGt < 1:3953/140‑1 (MQ=255) ttttGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaag > 2:128151/1‑149 (MQ=255) tttGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTAAGTTAACTgaaga > 2:266722/1‑149 (MQ=255) tttCTAACAAGCGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACt > 1:815441/1‑140 (MQ=255) | AAGACTTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGA > CP000730/707768‑708044 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |