Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 804,673 | 0 | A | T | 57.4% | 18.9 / 67.3 | 61 | L135I (TTA→ATA) | dtpT | POT family proton (H+)‑dependent oligopeptide transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/6); new base T (6/29); total (26/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAAAGTGTTGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTCTGTCAGCAATCCATCC > CP000730/804535‑804820 | caAAGTGTTGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCa > 2:156593/1‑149 (MQ=255) aaaaTAATAGGTGATAATAAAGCACCCATATCAACTGACATAAAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCaat < 1:20573/140‑1 (MQ=255) taGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACAATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATTCCTGACCCACTAatgttg > 1:440672/1‑140 (MQ=255) gATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGAtgt > 2:274011/1‑149 (MQ=255) taataaTGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACa < 1:693698/140‑1 (MQ=255) taataaTGCACCCAAATTAACTAACAAATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACa < 1:572186/140‑1 (MQ=255) aataatGTCCCCATATTAACTGACATATAAAAAATAACAAAACCTGCATCCAGACGGCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACAt < 1:303606/140‑1 (MQ=255) aataatGCACCCATATTAACGAACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGGTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACAt < 1:584754/140‑1 (MQ=255) tGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGc > 2:51112/1‑149 (MQ=255) tGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGc > 2:316676/1‑149 (MQ=255) gCACCCAGATTAACTGACGTATAGAAAATAACAAAACCTTCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGAtgt < 1:715263/140‑1 (MQ=255) cATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATa < 1:300786/140‑1 (MQ=255) tatTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGGCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTAATTATACCTGTACCAATAATGAAGAAGAACATTGATGTGAAtcaa > 1:695315/1‑137 (MQ=255) tAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAGTAAGCCGATTAATGCa > 2:348206/1‑149 (MQ=255) aCTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCaaa < 2:217295/149‑1 (MQ=255) 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> 2:525710/1‑149 (MQ=255) cAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAata > 2:403100/1‑149 (MQ=255) aCCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATAGTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCAGATTAATGCAAATGGTAAGCTTACAACAATATgcc > 2:445595/1‑147 (MQ=255) cacaacgaTACTTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGa < 2:44786/142‑1 (MQ=255) gcaccgagaCGTCCATTATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATAACTGAACCAAAAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAat < 1:794192/132‑1 (MQ=255) ccATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAACGGTATGCTTAAACAAATATGt < 1:517369/140‑1 (MQ=255) ccAAACGTCTATCATTTTCAAGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAAAGGTAAGCTTAAACAAATATGt < 1:520107/140‑1 (MQ=255) aTACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTcc < 1:143894/140‑1 (MQ=255) aTACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGataataat < 2:87042/149‑1 (MQ=255) aCGTCTATTATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTGTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGa < 1:245627/140‑1 (MQ=255) cGTCTATTATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATGTGAAATGTTTGGATTCATTAAACATGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCAGCTTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCAGCTACAAATaaa > 2:81117/1‑149 (MQ=255) cGTCGACCATTTTCAGGATAGAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGTAAACGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGat < 1:288846/140‑1 (MQ=255) cTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGataat < 1:945020/140‑1 (MQ=255) tCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTACGATAATAAATAAGACTGc > 2:601783/1‑149 (MQ=255) cATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGGTAATGATAAAGACCGcc > 2:260030/1‑148 (MQ=255) tttCAGGATATAAAGGGCCAAGGATATTTGAAATGTTTGGCATCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAg < 1:927748/140‑1 (MQ=255) tttCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAg < 1:918143/140‑1 (MQ=255) tCAGGATATAAACGGCCAAAGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGAc < 1:798583/140‑1 (MQ=255) cAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACt < 1:63357/140‑1 (MQ=255) aaaCGGCCAACGATATTTGAAATTTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCtaa < 1:804078/140‑1 (MQ=255) aaCGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGACCAAACACTGATGAAGACAATTGATGTGAATAAGATCAATCACGAAATTGTTAAAATAAAACCAGCAATGGCGGTAAGAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAgcg > 2:499504/1‑149 (MQ=255) aCGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAgcgc < 2:271005/149‑1 (MQ=255) gCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAg < 1:532419/140‑1 (MQ=255) gCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAg < 1:631546/140‑1 (MQ=255) gATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCGAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGc > 2:44012/1‑149 (MQ=255) tctttGAAGTGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCct < 1:208842/138‑1 (MQ=255) atTTGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCctc < 1:469307/140‑1 (MQ=255) ttGAAATGTTTGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTa < 1:554997/140‑1 (MQ=255) tGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTCATAAAGTAGCGCCCCTAGTGCCTGTaa > 2:557144/1‑149 (MQ=255) aaTGTTTGGCTTCGTTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTc > 2:158004/1‑149 (MQ=255) tttGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGt < 1:823047/140‑1 (MQ=255) ttGGCTTCATTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTa > 1:720372/1‑140 (MQ=255) tgtgttCAGTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTaa < 1:467194/136‑1 (MQ=255) ggCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTCTGTCAGc > 2:174629/1‑149 (MQ=255) aTTATACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTCTGTc > 1:153763/1‑140 (MQ=255) ttATACCTGGACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTCTGTCa < 1:257122/140‑1 (MQ=255) aaaCCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGGTAATAATAAAGACTGCACATAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTCTGTCAGCAatccatcc > 2:35466/1‑149 (MQ=255) | CAAAGTGTTGCAAAATAATAGGTGATAATAATGCACCCATATTAACTGACATATAGAAAATAACAAAACCTGCATCCATACGTCTATCATTTTCAGGATATAAACGGCCAACGATATTTGAAATGTTTGGCTTCATTAAACCTGAACCAATAATGATGAAGAACATTGATGTGAATAAGCCGATTAATGCAAATGGTAAGCTTAAACAAATATGTCCGATAATAATAAAGACTGCACCTAATAAAGTAGCGCCTCTAGTGCCTGTAATTCTGTCAGCAATCCATCC > CP000730/804535‑804820 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |