Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,289,257 | 0 | A | C | 56.5% | 11.9 / 57.1 | 63 | V78G (GTA→GGA) | ybbP | hypothetical membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/15); new base C (15/20); total (27/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CACAGCCTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCG > CP000730/2289115‑2289389 | cacaGCCTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATAcccccc > 2:553797/1‑149 (MQ=255) cacaGCCTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATAcccccc > 2:285751/1‑149 (MQ=255) cacaGCCTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTAATATTAAAGCTAATAccgccc > 2:494423/1‑149 (MQ=255) ttGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATcccccc > 1:191770/1‑140 (MQ=255) ttGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATcccccc > 1:665199/1‑140 (MQ=255) aaaCCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCAt < 1:397310/140‑1 (MQ=255) aaaCCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACg < 2:72882/149‑1 (MQ=255) gATTGAATCAATTTCTCTTCACCTTAACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTACTAACGCACGTCTAATTACTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCAGTGAATAACCataac > 2:247665/1‑147 (MQ=255) tGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTCCCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAAc > 1:83209/1‑140 (MQ=255) tGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTCACGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGaa < 2:227017/149‑1 (MQ=255) tGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAAc > 1:305074/1‑140 (MQ=255) tGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAAc > 1:75416/1‑140 (MQ=255) aaTCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAACCTAATCCCCCCCATTGAATAACGa < 1:642194/140‑1 (MQ=255) ctTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGCATAATTTAGATAtt > 2:292924/1‑149 (MQ=255) tCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCACCAATTGAATAACGAAATTGaataatat > 1:375556/1‑138 (MQ=255) accTTTACTATACCTATTAAAATTATATCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCCAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAg < 1:429876/138‑1 (MQ=255) aTCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTAAATAACGATATCGAATAATTTAg > 1:687516/1‑140 (MQ=255) tttACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCTCGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCa > 2:601329/1‑149 (MQ=255) tataCGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTACa > 1:282896/1‑140 (MQ=255) aCGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGTTACCTCTTCCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTc < 1:386699/140‑1 (MQ=255) aCGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTc < 1:670989/140‑1 (MQ=255) cGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAata > 2:548512/1‑149 (MQ=255) tATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAg > 1:952199/1‑140 (MQ=255) aTTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGAACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCAAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGt > 1:815223/1‑140 (MQ=255) aaGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAat < 1:160245/140‑1 (MQ=255) aaGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAat > 1:385926/1‑140 (MQ=255) tataGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATc < 2:413961/149‑1 (MQ=255) ttttAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGAc < 2:209388/149‑1 (MQ=255) ttAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATATTTTAGATGTTGCAATCAAGTTCAATATCATACTTAta > 1:408380/1‑139 (MQ=255) ttAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAGCGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCa < 2:126626/149‑1 (MQ=255) ttAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCa < 2:290378/149‑1 (MQ=255) aagaGCTACCTCTACCAAGTTTTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATa < 2:312104/146‑1 (MQ=255) aaaGCTTCCTCTACCTATTTGTTCTAACGCCCGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATaa < 2:335904/149‑1 (MQ=255) aaaGCTACCTCTACCACGTTGTTCTAACGCACGTCTAAGTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGCTGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATcatct > 1:562043/1‑136 (MQ=255) aaaGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCGAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATaa > 2:328781/1‑149 (MQ=255) acgttgcccctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTACTTTCTGGTTGGAATATTACTATTGAAGCTAATACCCCCCATGTAATAACGATATGGAAGAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTCCAGTATCATACTTATCTGCTGCCCAATAAc > 2:248836/10‑149 (MQ=255) ctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCACCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTTCAGTCAATTTCAATATCATACTTATCTTCTAACCAATAAc > 1:209432/1‑140 (MQ=255) tACCTAGTTGTTCTAACGCACGTCTTATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAACAATTTAGATGTTGCAGTCAATTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACa < 1:485701/140‑1 (MQ=255) tACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACCTATCTGCTGACCAATAACa < 1:535007/140‑1 (MQ=255) aGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATccc < 2:435962/149‑1 (MQ=255) aGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCAAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTACAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATccc < 2:391052/149‑1 (MQ=255) gttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACt < 1:956630/140‑1 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTTTGGTTGGTGTATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCtt < 2:123934/149‑1 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTTGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGGTGTTGTAGGCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTa < 1:442757/140‑1 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTa < 1:526904/140‑1 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGACTAATTTCTGGTTGGAAAATTACTAATAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTa < 1:414687/140‑1 (MQ=255) gCACGTCCAATTTCTAGTTAGCATCTTACCCTTAAACTCAACCCCCCCCATTTAATAACGATATCGAATAATTTAGATCTTGCAGTCAAGTTCACTATCATACTTCTCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCttt < 1:434347/140‑1 (MQ=255) cGTCTAATTTCTGGTTGTAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTCCTCATCTCCCTTTAAGTAATTGTAt < 2:528827/149‑1 (MQ=255) cGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTAt < 2:88219/149‑1 (MQ=255) tCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTa < 1:809175/140‑1 (MQ=255) cTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTCATCCCCCCCATTGAATAACGCTATCGAATAATTTCGATGTTGCAGTCCAGTTCAATATAATACTTCTCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTaa > 1:962673/1‑140 (MQ=255) cTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGc < 2:235836/149‑1 (MQ=255) cTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAAAAATTACTAATATTCCTTTAGTTAATTGTAtgcc > 2:136992/1‑146 (MQ=255) tttCTGGTTGGCATATTACTATTAAAGCTTATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGt < 1:765517/140‑1 (MQ=255) tttCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGt < 1:967813/140‑1 (MQ=255) tCTTGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTAt < 1:94080/140‑1 (MQ=255) tcgtcggAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATATTTTAGATGTTGCAGTCAAGTTTAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCg < 1:264424/135‑1 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACAAATAACAATTACTAATATCCCTTAAAGTAATTgaaacg > 1:786277/1‑135 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGGTTTAGTTc > 2:192054/1‑149 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTc > 2:535100/1‑149 (MQ=255) gggTTGGAATATTACTATTAAATCTTATTCCCCCCATTTAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTGCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCg < 1:314095/139‑1 (MQ=255) ttGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCt < 2:194802/149‑1 (MQ=255) ttgAATATTACTATTACTGCTAATCACACCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCttt < 1:334381/138‑1 (MQ=255) aGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATTTTTCTTTAAGTAATAGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGAcct > 1:432989/1‑139 (MQ=255) aGCTAATCCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 1:45575/140‑1 (MQ=255) | CACAGCCTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCG > CP000730/2289115‑2289389 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |