| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,416,458 | A→T | I216N (ATT→AAT) | oppD ← | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,416,458 | 0 | A | T | 98.4% | 215.8 / NA | 64 | I216N (ATT→AAT) | oppD | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (33/30); minor base C (0/1); total (33/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCTG > CP000730/1416322‑1416599 | tttAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑t > 1:116121/1‑140 (MQ=255) aaCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACt < 1:379486/140‑1 (MQ=255) aaCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATGAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACt < 1:661001/140‑1 (MQ=255) acttattcatcttAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATAttt < 2:104136/137‑1 (MQ=255) tCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGCTGCACATGATCATACTTGAAATGATTAATATTACATCGTTCAATGATTTGACCTCCTTTTAAAACAGAATTA‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTaa > 2:593073/1‑149 (MQ=255) tctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAACGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGGCAATATTTCAATACATGa > 1:761422/1‑140 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAt < 2:387699/149‑1 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACAGACAATATTTCAATACATGAc > 1:700235/1‑140 (MQ=255) ttatttggtTCTATATTTAATTAGACGTTCATTATATGTATGCATAGTGTGATACTTGAAAGGATTAATATTCCCACGGTCCATGTTTTGATCTTCCTATAAATC‑TCACTGTTACTGTCAATCTTTCTATACATGGCGTAAGTTAtatg < 2:112586/142‑1 (MQ=255) aaTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTaa < 1:494480/140‑1 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAg > 1:895067/1‑140 (MQ=255) ttGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCCACTGCTCGTACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGt < 1:77642/140‑1 (MQ=255) gtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtg > 1:706211/1‑140 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtg < 1:980142/140‑1 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGCATACGGATGCAACTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtg < 1:499688/140‑1 (MQ=255) tttAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGataa > 1:666834/1‑140 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATCCTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGataata > 1:808845/1‑140 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATGTTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGGGatacta > 1:360451/1‑140 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGataata > 1:884255/1‑140 (MQ=255) aaTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATTTGTTAtattaa > 1:413608/1‑140 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACATTATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaataaa < 1:414861/140‑1 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCa > 2:46188/1‑149 (MQ=255) aCGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATAATTAATATTCCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATg > 1:141965/1‑140 (MQ=255) cGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATCCATGACTTACGTTTTGTGTAATAATAAATAATGt > 1:244784/1‑140 (MQ=255) tCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTAACTCGTTGAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGATTTAAGTTATGTGTGAGTATAAATAATGttta > 1:842079/1‑139 (MQ=255) gTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAcc > 1:901891/1‑140 (MQ=255) gTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAcc > 1:108326/1‑140 (MQ=255) gTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAAGAATGTTTGAcc > 1:192893/1‑140 (MQ=255) gTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGAATTGACATTCTTTTAAAACATAATTG‑TAATGGCAATATTTCAATACATGGCTTCAGTTATGTGTGGCAATAAATAATGTTTGAcc > 1:708274/1‑140 (MQ=255) tataCGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAAt < 2:601263/149‑1 (MQ=255) ataCGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCAt < 1:370294/140‑1 (MQ=255) aCGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACa < 2:470442/149‑1 (MQ=255) aaaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTTGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACCTGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATAc < 1:672498/140‑1 (MQ=255) aaaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATAc < 1:380406/140‑1 (MQ=255) aaaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATAc < 1:187561/140‑1 (MQ=255) aaaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATAc < 1:152892/140‑1 (MQ=255) aaaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACAGGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATCAAatatcatg > 2:231570/1‑145 (MQ=255) aaaTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATACTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATAc < 1:750997/140‑1 (MQ=255) aTGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACaa < 1:619831/140‑1 (MQ=255) tGCTCATACTTGAAAGGATTAAGATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACCATATTTCAATACATGACTTAGGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAat > 1:363171/1‑140 (MQ=255) gcccaaaCTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAata < 1:417231/134‑1 (MQ=255) gCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAata < 1:713419/140‑1 (MQ=255) cATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGc < 1:863608/140‑1 (MQ=255) aTACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCt > 1:655326/1‑140 (MQ=255) cTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCa > 2:308748/1‑149 (MQ=255) cTTGAAATGATTAATATTACCTCGTACAATGATTTGACCTTCTTTAAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGCGTGATAATAAATAAGGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCAGta > 1:863759/1‑140 (MQ=255) ttGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCAt > 2:254585/1‑149 (MQ=255) aTTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCa < 1:166498/140‑1 (MQ=255) aTTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCa < 1:113519/140‑1 (MQ=255) aaTATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTAc > 2:436580/1‑149 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATTTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATACATCCATCACTTAAt > 1:53012/1‑140 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGAt > 1:259412/1‑140 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCa < 2:130705/149‑1 (MQ=255) cTCGTTCAATGATTCGACCTTCTTTTAAAACATAATCG‑TCCTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCTATCACTTGATTa < 1:713621/140‑1 (MQ=255) caatgttttactcttcttTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTc < 1:425852/128‑1 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaa > 1:27505/1‑140 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa < 1:366314/140‑1 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa < 1:458560/140‑1 (MQ=255) aCCTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGAGAACCGTTCAACGCATCCa > 1:429557/1‑140 (MQ=255) ccTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGATAATTTTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCaa > 1:1000533/1‑140 (MQ=255) ccTTCTTTTAAAACATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCaa > 1:551855/1‑140 (MQ=255) aaCATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTTATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTGCGTCTg < 2:184663/149‑1 (MQ=255) aaCATAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTg < 1:807341/140‑1 (MQ=255) aTAATTG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGtt > 1:172692/1‑140 (MQ=255) | TTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATG‑TACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCTG > CP000730/1416322‑1416599 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |