| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 76,265 | 0 | C | T | 30.9% | 548.4 / inf | 496 | intergenic (+323/‑811) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (177/164); new base T (77/76); total (254/242) | |||||||||||
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Only 100 of 501 total aligned reads displayed.
AAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAA > CP000730/76125‑76405 | taaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTg < 1:332793/135‑1 (MQ=255) taaggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAATAAAAAAAAAAAAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGa < 2:706117/136‑1 (MQ=11) atgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt < 2:532222/138‑1 (MQ=9) atgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt < 2:354534/138‑1 (MQ=2) 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2:745248/1‑141 (MQ=255) tagcACTGTAGCCGTTG‑‑GCTACTATCTAAGAAATGCAGTGGGCCATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGGGGTGTAAACGGTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCa < 1:141198/138‑1 (MQ=11) tATCACTGTAGCCGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCa < 1:692221/141‑1 (MQ=35) atgaCTGTAGCTGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATCTTAAGGGGAAGTGGTGTAAACGTTGATCATTCAACGGCGTAACGGTGGGTGCAAGAATAGGCCACAAttctctttaca > 2:679347/4‑132 (MQ=11) aTCACTGTAGCTGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGGGTAAACGTTCATAATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaa > 2:618194/1‑141 (MQ=255) aTCACTGTAGCCGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaa > 2:330414/1‑141 (MQ=255) 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1:187050/141‑1 (MQ=255) tAGCCGTTA‑‑GCTACTATCTAAGGTATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGga < 2:671440/141‑1 (MQ=11) gCCGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGgaag > 1:44613/1‑141 (MQ=255) | AAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTG‑‑GCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAA > CP000730/76125‑76405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |