| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 455,181 | C→A | 11.2% | intergenic (+181/‑199) | set23 → / → set24 | staphylococcal exotoxin/staphylococcal exotoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 455,181 | 0 | C | A | 11.2% | 175.6 / 3.5 | 77 | intergenic (+181/‑199) | set23/set24 | staphylococcal exotoxin/staphylococcal exotoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/35); new base A (2/8); total (33/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATTAATAATGATTCAAGTTTATTTAAATGAGCGTTAATGTCAGTCTGTTTTGATGCACCTTATAATAAAGAC > CP000730/455042‑455320 | taatCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCa > 2:136165/1‑141 (MQ=255) cccATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑aa > 1:100178/1‑141 (MQ=255) tGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑aaaaaa > 1:536145/1‑141 (MQ=255) gTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑aaaaaaa > 1:413718/1‑141 (MQ=255) 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1:624129/141‑1 (MQ=255) tGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTa < 1:297510/141‑1 (MQ=255) ttttGATACGGGTTTTTAAAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTCTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAAAAAAAAAAA‑AAAAAAATATTTATGt < 2:648379/141‑1 (MQ=255) tttGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGtt < 1:745915/141‑1 (MQ=255) gATAAGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCGGCTTTTTTGTACAATTTATAACCAATAGCTGAAGATTTAAAACTGATAGGAAAGAACAATGATTCGCC‑AAAAGACTATTTATTTTggt > 1:244501/1‑139 (MQ=255) aTACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTa < 1:738357/141‑1 (MQ=255) 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2:341482/1‑141 (MQ=255) atCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGtt < 1:387659/141‑1 (MQ=255) tCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATTATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTa < 1:213853/141‑1 (MQ=255) gAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTGTAACCAATAGCTTAAGGTTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTTACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATAAGAATGTTaaa > 2:422490/1‑141 (MQ=255) aaCATTGAATACGTTATTAAGGTGCTTTTTCGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTaaaa < 2:218745/141‑1 (MQ=255) aaCATTAACTACGTTAGTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTaaaa < 1:669030/141‑1 (MQ=255) 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2:313914/1‑140 (MQ=255) gTTATTAAGGTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGAttt < 1:257130/141‑1 (MQ=255) gTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGAttt < 2:740502/141‑1 (MQ=255) aaGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAGTACGTTTGATTATCATta > 2:398908/1‑141 (MQ=255) aaGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATta > 2:509488/1‑141 (MQ=255) ctTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATTAATAATg > 1:263813/1‑141 (MQ=255) 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2:491061/141‑1 (MQ=255) aagcTTTATAACCAATAACTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATTAATAATGATTCAAGtt < 2:427367/138‑1 (MQ=255) acTTTATAACCAATAGCCTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATTAATAATGATTCAAGttta < 2:146870/141‑1 (MQ=255) tttATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATACAAC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATTAATAATGATTCAAGtttatt < 1:607680/141‑1 (MQ=255) ataATCAATAGCTAAAGATTTAAAAATAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATTAATAATGATTCAAGTTTATTTaa < 1:313270/141‑1 (MQ=255) ataACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTAACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATTAATAATGATTCAAGTTTATTTaa < 2:253980/141‑1 (MQ=255) 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1:589630/1‑141 (MQ=255) tCACC‑AAAAAAATATTCATTTTGCCATTAAAAACCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTGCATTAATAATGATTCAAGTTTATTTAAATGAGCGTTAATGTCAGTCCGTTTTGATGCACCTTATAATAAAGAc < 2:574922/141‑1 (MQ=255) | TAATCCCATGTTTAATGATTTTGATACGTGTTTTTATAATAAAAACATATCGAACATTGACTACGTTATTAAGCTGCTTTTTTGTACACTTTATAACCAATAGCTTAAGATTTAAAACTAATCGGAAAGAACAATGATTCACC‑AAAAAAATATTTATGTTGCTATTAAAAATCAGTTAATACGAATGTTAAAATACGTTTGATTTTCATTAATAATGATTCAAGTTTATTTAAATGAGCGTTAATGTCAGTCTGTTTTGATGCACCTTATAATAAAGAC > CP000730/455042‑455320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |