Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 512,643 A→G 52.9% intergenic (+711/‑150) recR → / → rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730512,6430AG52.9% 14.2 / 178.8 140intergenic (+711/‑150)recR/rrs1recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (34/31);  new base G (37/35);  total (72/68)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.28e-02

Only 100 of 145 total aligned reads displayed.

GTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA  >  CP000730/512505‑512783
                                                                                                                                          |                                                                                                                                            
  gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                                          >  1:307502/1‑141 (MQ=255)
  gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                                          <  1:264537‑M1/28‑1 (MQ=255)
   aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                                                         >  1:397580‑M1/113‑141 (MQ=255)
    agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagcccgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagctaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                                        <  1:345689‑M1/30‑1 (MQ=255)
     aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                                       >  2:490240/1‑141 (MQ=255)
         ttACTATTGTTAAGCATTTTGAAAGGCTGTATAGTATTCATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCTACTTAAGAAAGATCTTGAATTACTAACGATAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                                                   <  2:259425/141‑1 (MQ=255)
            cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTGAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                                                <  2:571390/141‑1 (MQ=255)
              gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTTATAAAGTGTAtaatta                                                                                                                              >  1:69669/1‑141 (MQ=255)
              gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                                              >  2:144103/1‑141 (MQ=255)
              cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                                              >  1:355066‑M1/102‑141 (MQ=255)
               ttagtgtcattggtattctaacttacgctccgctagagtagaacattgccaggcagttttctaatcaaattttggtcaaaaaataaacagtacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                             >  2:299190‑M1/101‑141 (MQ=255)
                tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                            >  2:54529‑M1/100‑141 (MQ=255)
                  gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccactagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                                                          <  2:290711‑M1/44‑1 (MQ=255)
                    aaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCGACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                                                        >  1:510094/1‑141 (MQ=255)
                     tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                                                       >  1:89369‑M1/95‑141 (MQ=255)
                     tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                                                       <  1:152539‑M1/47‑1 (MQ=255)
                      acAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAGAACGACTCAACTTAAGAAGTAACTGGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGATAATAAAATGTATAATTAATTCATga                                                                                                                      >  1:452284/2‑140 (MQ=255)
                       cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTTAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                     >  2:293201/1‑141 (MQ=255)
                       cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                     >  1:54964/1‑141 (MQ=255)
                        atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttattttttttttggtagaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGCTTAAATGTTTGTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                    <  2:655022‑M1/50‑1 (MQ=255)
                        aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                    >  2:577640/1‑141 (MQ=255)
                        aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTCg                                                                                                                    >  1:384703/1‑141 (MQ=255)
                         ttttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTGAACTTAAGAAAGAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                   <  1:21572/140‑1 (MQ=255)
                           ttGAAAGCCTGTATAGTATTTCTTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAGTAATTTTAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTAATAAAAGTTATAGTTGATTCTTGTCGGTa                                                                                                                 >  1:238502/1‑141 (MQ=255)
                           gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                                                 >  1:282262‑M1/89‑141 (MQ=255)
                             agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                               <  1:763677‑M1/55‑1 (MQ=255)
                             agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                               >  1:534432‑M1/87‑141 (MQ=255)
                             agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                               >  2:549426‑M1/87‑141 (MQ=255)
                              gtcgaactgacgtttcggtaaagtagaacgttgacaggcagttttttaatcaaatttaggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                              >  2:673061‑M1/86‑141 (MQ=255)
                                 gaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                                           >  1:200039‑M1/83‑141 (MQ=255)
                                  ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                                          >  1:122539/1‑141 (MQ=255)
                                   acttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttctttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaccagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGATGATAAAATGAATAATTAATTCTTGTcggtaaggaagag                                                                                                         <  2:595437‑M1/61‑7 (MQ=255)
                                     ttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGa                                                                                                       >  1:588758‑M1/79‑141 (MQ=255)
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                                       acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                                                     >  1:629510‑M1/77‑141 (MQ=255)
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                                              gctagagtagaacgttgcaaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                                              >  2:406181‑M1/70‑141 (MQ=255)
                                                   tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                                         <  2:630026/141‑1 (MQ=255)
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                                                        aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTTAATGAc                                                                                    <  2:65515‑M1/82‑1 (MQ=255)
                                                         acgttgccaggcagttttttaatcaaattttgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGGCGATAAGAAACATTGCCATTGAAAACTGAATGACa                                                                                   <  2:726575‑M1/83‑1 (MQ=255)
                                                             aacaacacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                               <  2:642548/141‑1 (MQ=255)
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                                                                caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAAGATgta                                                                            <  1:433284‑M1/90‑2 (MQ=255)
                                                                 aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                           >  2:548786‑M1/51‑141 (MQ=255)
                                                                 aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                                           >  1:42675/1‑141 (MQ=255)
                                                                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                         >  2:508993/1‑141 (MQ=255)
                                                                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                                         >  1:513723/1‑141 (MQ=255)
                                                                     agttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                                       >  2:690421‑M1/47‑141 (MQ=255)
                                                                      gatttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                                                      >  2:524958‑M1/46‑141 (MQ=255)
                                                                           ttaatcaaatttaggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAAAATATGTCAAGGTTAattg                                                                 <  1:374115‑M1/101‑2 (MQ=255)
                                                                               aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                                             <  1:472097/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                   aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc                                                         >  1:143920/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     tAACTTGAATTAGTAACGAAAATTAATTTTAAAGAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCATCGTTAATTCCAAAAAACGt                                                       <  2:429532/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           taaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                                                 >  1:137333‑M1/25‑141 (MQ=255)
                                                                                                  tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAGTATGTCAACATTAATTCCAAAAAAAGTAACTATAAGTTAc                                          >  2:272673/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAATCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                                         <  2:660125‑M1/125‑1 (MQ=255)
                                                                                                   aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAGGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                                         >  1:679742‑M1/17‑141 (MQ=255)
                                                                                                    aCGAAAATTAATTTTAAAATGTTGTTGATTTAAATGTTACTAAATGGCGGAAGGAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa                                        <  1:553733/141‑1 (MQ=18)
                                                                                                    aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa                                        <  1:711306/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                                       <  1:322893/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                         aattaattTTAAAATGTCATTAAATTAAATGTTTATAAAATGAATAAGTAATTCGTGTCCGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAACGACATTATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt                                   <  2:459334/141‑1 (MQ=16)
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                                                                                                             cattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTTTTGTTGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAACGTTAATTCCAAAAAGGTAATTATTATTTACAAACATTAtttt                              >  2:254501/2‑140 (MQ=21)
                                                                                                             aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                               <  1:91862/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                              gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                              >  1:759096‑M1/6‑141 (MQ=255)
                                                                                                              attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAGTATAAATTGCACAAATAATTTa                              >  2:435942/1‑141 (MQ=25)
                                                                                                               ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAAAAACATTATTTAg                             <  2:239265‑M1/137‑1 (MQ=255)
                                                                                                                taaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                            >  2:316102‑M1/4‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 aaAAAAAATTATTGACTTAAACGTTGATAAAACGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa                           >  2:119261‑M1/3‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTGAATGACAATATATCAACGCTAATTCCAAACAACGTAACTATAAGTTACCATCATGTTTCAGTATTCAt                      <  2:448887/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      aaGATATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt                      <  2:374115/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                         ttATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                   <  1:657629/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc                  <  2:619359/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATAATTTAGTATTTATGAga                  >  2:660202/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                          tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAAACTATATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc                  <  1:680041/141‑1 (MQ=21)
                                                                                                                          tATTGACTAAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc                  <  1:260268/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt                 >  1:660047/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                           aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt                 >  2:232350/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             tGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa               <  1:576226/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             tGACATAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCGAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAATATTTATAAGCTaa               >  2:465091/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                    aaTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca        <  1:275648/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    aaTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca        <  2:643382/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     aTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat       <  1:577640/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       gTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca     <  2:370901/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatca     <  1:108660/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat    >  2:431602/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                        ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcaa    >  2:643884/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                          aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGTAACCATACATAAAAAACATTAGTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAAAtaataa  >  2:347879/1‑141 (MQ=18)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                            
GTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA  >  CP000730/512505‑512783

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: