| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,081,153 | T→C | 6.6% | N295N (AAT→AAC) | purM → | phosphoribosylformylglycinamidine cyclo‑ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,081,153 | 0 | T | C | 6.6% | 168.2 / 3.3 | 61 | N295N (AAT→AAC) | purM | phosphoribosylformylglycinamidine cyclo‑ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/21); new base C (2/2); total (38/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
TATGAAAATATTCCACGTGCATTGCCAGCCGGATATGCTGCTAGAATTGATACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCATATTGTGAAAAATGAGTCAACTGCAATTGAATTGTTGGGGGT > CP000730/1081016‑1081293 | tATGAAAATATTCCACGTGCATTGCCAGCCGGATATGCTGCTAGAATTGATACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATg < 1:95578/141‑1 (MQ=255)tATGAAAATATTCCACGTGCATTGCCAGCCGGATATGCTGCTAGAATTGATACTACAGCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATg < 1:301321/141‑1 (MQ=255)tATGAAAATATTCCACCTGACTTGCCAGCCGGATATGCTGCTAGAATTGATACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATg < 2:48338/141‑1 (MQ=255) aaaaTATTCCACGTGCATTGCCAGCCGGATATGCTGCTAGAATTGCTACGCCGTCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGCCACAACTGAAATGTATAACATTTTTAATATgggat > 1:148255/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCCGGATATGCTGCTAGAATTGAAACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTtgg > 1:491115/1‑140 (MQ=255) gCCGGATATGCTGCTAGAATTGATACTACACCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGCTATTGGCTACACGGTTATCGTtgat < 1:385042/141‑1 (MQ=255) ccGGATATGCTGCTAGAATTGATACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTtgatg < 1:640372/141‑1 (MQ=255) ggATATGCTGCTAGAATTGATACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGaa > 1:442412/1‑141 (MQ=255) ggATATGCTGCTAGAATTGATACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAACATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGaa > 1:180287/1‑141 (MQ=255) ggATATGCTGCTAGAATTGATACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAACATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGaa > 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(MQ=255) cAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAg > 1:285045/1‑141 (MQ=255) aaCACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGa > 1:703072/1‑141 (MQ=255) acCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAACATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACa < 2:180359/141‑1 (MQ=255) acCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAACATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACa < 2:180287/141‑1 (MQ=255) ccAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTCAGCGTGGAGGAAAAAGATGTAGCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACaa > 1:629793/1‑141 (MQ=255) aaaaTATATAATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAAt < 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(MQ=255) caaGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCat < 2:372748/141‑1 (MQ=255) caaGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATAACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCat > 2:527815/1‑141 (MQ=255) gCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGGATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATGTTAGCAGAACAAAATGTGGAGACCTATCAAATTGGTCatatat > 1:158542/1‑139 (MQ=255) ataGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGAGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATTAAAAAGATGTATCAAGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCATACCAAATTGGTAATATcgttcaa > 2:668361/1‑137 (MQ=255) gACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCGTATCAAATTGGTCATATTGTGAAAAAt > 1:585417/1‑141 (MQ=255) cacaAATGAAAGGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGCCTATACGGTTATGGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGCTCATATTGTGAAAAATGa > 2:351477/1‑141 (MQ=255) atgaaatgTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCATATTGTGAAAAATGAGTCaa > 2:325685/1‑141 (MQ=255) atgaaatgTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGAAGAAAAAGATGTAGCACGCGCTTTGAAGCTTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCATATTGTGaaaaaagcggcaa > 1:14763/1‑133 (MQ=255) tgaaatgTATAACATTTTTAATATGGGACCTGGCGATACGGTACACAACCGTGATAAAGGTGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCCGGACAAAAAATGGCAACCAACCCCATGGGTCATATGGCGACAAATggcgcaac > 2:658451/1‑134 (MQ=255) gaaatgTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCATATTGTGAAAAATGAGTCaagt > 2:97792/1‑139 (MQ=255) aaatgTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCATATTGTGAAAAAGGAGTCAACTg > 2:473511/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atatGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCATATTGTGAAAAATGAGTCAACTGCAATTGAATTGTTggggg < 2:153913/141‑1 (MQ=255) tatGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATAAAAAAGATGTATCACGCGCTTCGAAGCTTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCATATTGTGAAAAATGAGTCAACTGCAATTGAATTGTTGGGGGt > 1:523459/1‑141 (MQ=255) | TATGAAAATATTCCACGTGCATTGCCAGCCGGATATGCTGCTAGAATTGATACTACATCATTTCCAACACCAAAAATATTTGATTGGTTACAACAACAAGGCAATATAGACACAAATGAAATGTATAACATTTTTAATATGGGTATTGGCTATACGGTTATCGTTGATGAAAAAGATGTATCACGCGCTTTGAAGATTTTAGCAGAACAAAATGTGGAAGCCTATCAAATTGGTCATATTGTGAAAAATGAGTCAACTGCAATTGAATTGTTGGGGGT > CP000730/1081016‑1081293 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |