| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,512 | A→G | 28.0% | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,512 | 0 | A | G | 28.0% | 80.2 / 35.4 | 60 | S194S (TCA→TCG) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/18); new base G (9/7); total (34/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
CTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAAT‑AT‑AGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAA > CP000730/111373‑111650 | cTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAAT‑AT‑AGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAg < 1:272559/141‑1 (MQ=255) tACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAAT‑AT‑AGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGc > 1:500760/1‑141 (MQ=255) aCTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAATATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAAT‑AT‑AGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCt < 1:75998/141‑1 (MQ=255) gAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAAT‑AT‑AGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTa‑aa > 2:95835/1‑141 (MQ=255) 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1:348577/141‑1 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAgcgc > 1:40986/1‑141 (MQ=255) aaTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCt < 2:406040/141‑1 (MQ=255) aTGAATCATCAAGATGGAGATATATCATATAATCCACAGGTGCCAAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 1:14333/141‑1 (MQ=255) tataAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTCTGCA‑CTCGAATAGCAAGTAACTAATGATGATTATAATGTCAAACAATTACGTCAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttgtgg > 2:68837/1‑139 (MQ=17) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAgg < 1:233580/141‑1 (MQ=255) 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1:293812/141‑1 (MQ=12) tCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtc < 1:527655/141‑1 (MQ=255) ccAGAGGAGCCGAGTTATTCAGCTC‑AACATCAAATAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtca < 2:399062/141‑1 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATCAACTAATGATGATTATACTGAAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 2:128778/1‑141 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTGTAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CGACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTg > 1:517505/1‑141 (MQ=255) ccGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAACGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGa > 1:224273/1‑141 (MQ=255) aTTCAGCTC‑AATATCAAGTAACTAATGATAATTATAATGTAAAACAATTACGTAGTAGATATGACATAC‑CAACAAGTAAAGCGCCGAAGCTGTTGGGGGGCGATCCAGGGAACGTAAGATGTTGATCCGTGGGATAGaaaa > 2:578794/1‑141 (MQ=12) tCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCAACAGTTGGATATaaaaaa > 1:530392/1‑141 (MQ=255) | CTACTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAAT‑AT‑AGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTC‑AATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAC‑CAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAA > CP000730/111373‑111650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |