Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	36,119	C→T	11.4%	V145I (GTA→ATA)	tpn ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,119	0	C	T	11.4%	114.5 / 2.6	54	V145I (GTA→ATA)	tpn	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (25/22);  new base T (3/4);  total (28/26)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAAC  >  CP000730/35979‑36243                                                                                                                                              |                                                                                                                             ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                                              >  2:104044/1‑141 (MQ=255)       aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCCTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGc                                                                                                                        >  2:353433/1‑141 (MQ=255)        gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAAcc                                                                                                                       >  2:28464/1‑141 (MQ=255)         tATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCa                                                                                                                      >  2:542336/1‑141 (MQ=255)          aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCAt                                                                                                                     >  2:421508/1‑141 (MQ=255)              tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCt                                                                                                                 >  2:191249/1‑141 (MQ=255)                 gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                                              >  2:230587/1‑141 (MQ=255)                 gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                                              >  2:230602/1‑141 (MQ=255)                 gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                                              <  1:414274/141‑1 (MQ=40)                  cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTATAATCTTGTTGTCATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                             <  2:277288/141‑1 (MQ=11)                   tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCtt                                                                                                            <  1:135486/141‑1 (MQ=255)                    gTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATCTTTGGTGGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTc                                                                                                           >  1:291331/1‑141 (MQ=14)                    gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAACTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTc                                                                                                           >  2:486422/1‑141 (MQ=255)                        tGATACTTTGGTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                       <  2:484166/141‑1 (MQ=255)                           tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAATAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTTCGTTTGtttgtt                                                                                                    >  2:123951/1‑137 (MQ=14)                           tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGagg                                                                                                    >  1:278887/1‑139 (MQ=255)                            aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACATTCGTTGattt                                                                                                   >  1:164021/1‑138 (MQ=255)                                  aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                             >  2:545111/1‑141 (MQ=39)                                  aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                             <  1:168126/141‑1 (MQ=38)                                    aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                           >  2:574560/1‑141 (MQ=39)                                    aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                           >  1:491180/1‑141 (MQ=38)                                       ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                        >  1:265363/1‑141 (MQ=39)                                       ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGACAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTCAAGTTGACTGATCtt                                                                                        >  2:455784/1‑140 (MQ=255)                                              tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTTCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                 >  1:60829/1‑141 (MQ=37)                                              tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                 >  1:391854/1‑141 (MQ=38)                                                 tACTTTAATATGGCGGTGATCTTGAT‑AATGTGCGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                              <  2:276517/141‑1 (MQ=11)                                                     ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                          <  2:545265/141‑1 (MQ=34)                                                      tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAg                                                                         <  2:265363/141‑1 (MQ=35)                                                         tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                                      >  1:205022/1‑141 (MQ=35)                                                           tGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                    >  2:355394/1‑141 (MQ=34)                                                           tGACGGTGATCTTGATCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTACCTACCTTTTGAGGCTTa                                                                    <  1:104425/141‑1 (MQ=11)                                                            gACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                   <  2:199603/141‑1 (MQ=25)                                                            gACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                   <  1:389180/141‑1 (MQ=34)                                                             aCGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                  <  2:458278/141‑1 (MQ=35)                                                               ggTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                <  1:142439/141‑1 (MQ=33)                                                               ggTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                <  1:191249/141‑1 (MQ=32)                                                               ggTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAATGCCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                <  2:588408/141‑1 (MQ=18)                                                               ggTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGAGCCTGCTCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                >  2:38464/1‑141 (MQ=17)                                                               ggTGATCTTGCTCAACGAG‑GGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGCGGTTTACCaa                                                                >  2:377296/1‑141 (MQ=16)                                                                gTGATCCTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                               <  1:546345/141‑1 (MQ=17)                                                                    tCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCTGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                           <  2:461082/141‑1 (MQ=17)                                                                      ttGCTCGACGAG‑GTTATTCAGATACTGCGACGTACAATGACTGCCAGCGCTAAGTTTAAAGGCTTTAACTCCAATAACCATGTCTACCTTCGCCAAAGAGGCCTGATCTGTAATTACCTTTTTAGGTTTACCAAATTAttt                                                         >  2:171576/1‑141 (MQ=2)                                                                       tGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATCTCGCATTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCGTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaattcggtta                                                        <  2:276536/141‑9 (MQ=11)                                                                               gAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATCGTTACCCTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                <  1:353433/141‑1 (MQ=12)                                                                                aG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                               >  1:24372/1‑141 (MQ=32)                                                                                   tttATTCTGATTTTTCGATGTATATTGTCGGTCTGGTTTGCGTTTAACAGCCTTGGCTTTGGTGTCCATTGCTACCTTCGTTGAAGTGACTTCATCTACGGTTACCTTTTGAGGTTTACCAACTTGTTTAATGAGACGttt                                             <  2:278887/140‑1 (MQ=2)                                                                                   gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTACCTACCTTTTGAGGCTTACCAAAGTGTTTAATGAGACGttt                                             <  1:542336/141‑1 (MQ=11)                                                                                               tttCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                                 >  2:312544/1‑141 (MQ=32)                                                                                                  cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                              >  1:585779/1‑141 (MQ=32)                                                                                                   gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGTTAAACGCATATGCt                             >  1:312879/1‑141 (MQ=17)                                                                                                          aaggACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCCTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                      <  1:246785/138‑1 (MQ=2)                                                                                                          aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                      <  1:548517/141‑1 (MQ=2)                                                                                                          aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                      <  1:104044/141‑1 (MQ=32)                                                                                                                        ttgagtttaaAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTGTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTa        <  2:239085/138‑1 (MQ=1)                                                                                                                              ttgaaaGATTTATTTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGTTTCTTCATCTGTAATTACCTTTTGAGGTGTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAAc  <  2:118867/138‑1 (MQ=1)                                                                                                                                              |                                                                                                                             TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAG‑GTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAAC  >  CP000730/35979‑36243

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑