Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 602,466 | 0 | G | T | 43.8% | 7.7 / 10.0 | 16 | intergenic (+56/‑101) | hchA/araB | possible hydrolase/ribulokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/6); new base T (6/1); total (9/7) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AATTATTAACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTTCAGGCCGTGT > CP000730/602322‑602616 | aaTTATTAACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTAAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCaaaa < 2:419868/151‑1 (MQ=255) aaTGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCtatta > 2:162457/1‑151 (MQ=255) agTTAAATGAAATACAAAATAAAAAAATAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAAc < 1:335532/150‑1 (MQ=255) taatTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATg < 1:33308/151‑1 (MQ=255) atTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATgga < 2:554128/151‑1 (MQ=255) ttAAATATTAATTAGAGGATCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGCATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATggag < 1:782585/151‑1 (MQ=255) aaaTATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTTCAAATTTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATggagga > 2:824107/1‑151 (MQ=255) attaattaGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTGATAATTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAACACTAATAACAGCAAATAGAGATATGGAGGaaaaa > 2:609658/1‑149 (MQ=255) attaGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACatgat < 1:162457/151‑1 (MQ=255) agagGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTGTAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGGTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAATATGATGTc > 2:920009/1‑151 (MQ=255) gCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAg > 2:973656/1‑151 (MQ=255) gCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTTTATTATTTAATTGATACTTGTAAAATAGAACCTTTTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGTTGTCTTATAg > 2:469820/1‑151 (MQ=255) gTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGATACTTGTACAATAGAACCTATTATGTGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGTAACTTGTTGTCTTATAGCATTTGAAt > 2:900738/1‑151 (MQ=255) tGTATGAGGGCTCTTTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGAt > 1:826134/1‑151 (MQ=255) tGAGGGATC‑TTTTTTTTTTGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATgg < 1:184359/151‑1 (MQ=255) cttttttttGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAAAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACAGCTTc > 1:14055/2‑151 (MQ=255) ggCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTTCAGGCCgtgt > 1:99164/1‑151 (MQ=255) | AATTATTAACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTTCAGGCCGTGT > CP000730/602322‑602616 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |