| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CGACAACCATGCACCACCTGTCACTTTGTCCCCCGAAGGGGAAAGCTCTATCTCTAGAGTTGTCAAAGGATGTCAAGATTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAACCTTGCGGTCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCCCCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGATCCCCAC > CP000730/2002347‑2002643 | cgacAACCATGCACCACCTGTCACTTTGTCCCACGAAGGGGAAAGCTCTATCTCTAGAGTTGTCAAAGGATGTCAAGATTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTcc > 2:200964/1‑151 (MQ=17) acAACCATGCACCACCTGTCACTTTGTCCCCCGAAGGGGAAAGCTCTATCTCTAGAGTTGTCAAAGGATGTCAAGATTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCtt > 1:123876/1‑151 (MQ=32) cAACCATGCACCACCTGTCACTTTGTCCCCCGAAGGGGAAAGCTCTATCTCTAGAGTTGTCAAAGGATGTCAAGATTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCttt > 2:444170/1‑151 (MQ=32) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |