| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 478,502 | C→A | D342E (GAC→GAA) | ndhF → | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 478,502 | 0 | C | A | 99.2% | 444.2 / ‑3.4 | 126 | D342E (GAC→GAA) | ndhF | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (67/58); total (67/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CTTTATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATT‑GCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTAGCC > CP000730/478355‑478649 | cTTTATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATT‑GCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCt < 1:688222/151‑1 (MQ=255) tATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATT‑GCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTAt > 2:766323/1‑151 (MQ=255) atggaaGTTCAATGGGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATT‑GCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATg < 2:16084/146‑1 (MQ=255) 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aaaGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTAg > 1:96443/1‑151 (MQ=255) aGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCAGTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTAGcc > 1:109921/1‑151 (MQ=255) | CTTTATGTTAGTTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATT‑GCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCAAATGGTAGCC > CP000730/478355‑478649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |