| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 7 (0.240) | 10 (0.460) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
9/218 | 0.6 | 66.1% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
TCTTAGGATAAGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGC > CP000730/512470‑512767 | tagcaaggaggtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa < 2:352700‑M1/1‑1 (MQ=255) cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa < 2:280564‑M1/17‑1 (MQ=255) cattccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatttttgttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga > 2:269702‑M1/127‑149 (MQ=255) aGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATATTTTTTATTTGTTAAGTTTAACAAATTAATTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa < 1:42269/151‑1 (MQ=255) cacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta < 2:252941‑M1/34‑1 (MQ=255) cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttgcgcttgagtagaacgttgccaggcagttttttagtcaaattgtgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTAGATAACATGtata < 2:452861‑M1/36‑1 (MQ=255) aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc > 1:116530‑M1/108‑151 (MQ=255) ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg > 2:353046‑M1/101‑151 (MQ=255) gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGACTTACTAAAGAACATTATTTTTAAAAAATTATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa > 1:294221/1‑151 (MQ=255) tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg < 2:111289/151‑1 (MQ=255) tacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc > 2:158682‑M1/78‑151 (MQ=255) ccgctagagtagaacgttgccaggcagtattttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTCTTGACGTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTAGTCGGTAAGAAAAATGAACATTTAAAACTGAATg < 2:279499‑M1/80‑1 (MQ=255) caaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt > 1:308347/1‑151 (MQ=255) caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAATTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 1:385071‑M1/52‑151 (MQ=255) ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt < 1:186666‑M1/111‑1 (MQ=255) gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTAAAAAACAAAAAACGTAACtat < 2:308347/151‑1 (MQ=255) aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata < 1:162470/151‑1 (MQ=255) taaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 1:314355‑M1/25‑151 (MQ=255) caagataaAAAAAGTTATTGGCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAATATTGAAAACTGAATGATAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTa > 2:195245‑M1/9‑151 (MQ=255) attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa > 2:102924/1‑151 (MQ=255) taaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc > 1:280564‑M1/4‑151 (MQ=255) | TCTTAGGATAAGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGC > CP000730/512470‑512767 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |