| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1217693 | 45 (0.920) | 3 (0.070) | 3/228 | NT | 7.1% | intergenic (+22/‑415) | USA300HOU_1144/USA300HOU_1145 | hypothetical protein/possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase |
| ? | CP000730 | = 1217729 | 39 (0.910) | intergenic (+58/‑379) | USA300HOU_1144/USA300HOU_1145 | hypothetical protein/possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase | |||||
GTCGACGAAAGTTCAACGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCA > CP000730/1217558‑1217833 | ccgaacaaaaagtCAACAAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAAATATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGAAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAatat < 2:141092/129‑1 (MQ=255) cgacgaAAGTTCAACGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCa > 2:462506/1‑141 (MQ=255) cgaagaAAGTTCAACGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAATAAATTTAAAAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCa < 2:439685/141‑1 (MQ=255) acgaAAGTTCAACGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAgg > 1:351054/1‑141 (MQ=255) cgaAAGTTCAACGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAggg > 1:517211/1‑141 (MQ=255) cgaAAGTTCAACGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAAAAAATATAGATCTCAACAATGATTTATATAATAATGAGAAGTAGATAGTACCTAAAAAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAggg > 2:562580/1‑141 (MQ=255) ccaaaagtCAACGAAGAAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAggg < 1:397721/134‑1 (MQ=255) aaaaGTTAAACGAAGCAAAAAGAGATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTAATTAAACATGTAAAGAATATATTACGTAAACAAGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAgggg < 2:505214/140‑1 (MQ=255) ttCAACGAAGAAAAAAAATAAAAAAAATAAAACAACTATAGAACATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGgctgct < 2:54881/141‑1 (MQ=255) aCGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAAc < 1:493778/141‑1 (MQ=255) aCGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAAc < 1:319299/141‑1 (MQ=255) aGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCa < 1:421749/141‑1 (MQ=255) aGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCa < 1:499833/141‑1 (MQ=255) gCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCAt > 2:209964/1‑141 (MQ=255) gCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGAGCATAATGAGGATTTATTTAAACATATAAAGGAAATATTACGTAAACAAGAACAAAATTAAAAACAAAAAAGCGATACAGTTAAAAAGCAGGCGCTGCTTAACAGCag > 2:361268/1‑140 (MQ=255) cAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGAGCATAATGATGATTTATATAAACATGTAAAAGATATATTACGTAAACAAGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATc < 2:351000/141‑1 (MQ=255) aaaaCATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCg < 1:480190/141‑1 (MQ=255) aaaCATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGa < 1:361155/141‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAAACAACGATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATAGTACa < 1:83292‑M2/141‑2 (MQ=255) aaaTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAGCAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATTAGGCGCTGGTTAACCGCATTAGAATATTAAaaac < 1:99421‑M2/141‑5 (MQ=255) aaaTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTgtaatatttggatgcggttatgcagcaaatgatattaaac > 2:99421‑M1/1‑101 (MQ=255) acaacTATAGATCATAATGGTGATTTATTTAAACATTTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATACGAATATTACaaacactatag > 1:295858‑M2/1‑130 (MQ=255) caacTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactatagc > 1:541362‑M2/1‑129 (MQ=255) tataGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaagactatagctttt < 2:320908‑M2/141‑17 (MQ=255) tCAAAATGATGATTTATTTAAACAAGTAAAGGATATATTACGGAAACAAAAACAAAAAAAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATtata < 2:156051/141‑1 (MQ=255) tAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGTACAAATTTAAAAACAAAAAAACTATAGTGTTTAATATCAGAGCCTGCTTAACTGCATCCGAATAGTCCaaaatcgatagcttttttgttttac < 1:404815‑M2/141‑26 (MQ=255) tAATGATGATTTATTTAAACATCTCCGGGGGATATTACGTAAACAAGAACATATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTgtaatattcggatgcggttaagcagcccctgatattaaacactatagcttttttgttttta > 2:404815‑M1/1‑80 (MQ=255) atgatgATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaa > 1:281824/1‑141 (MQ=255) atgatgATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAAAAAATTTAAAAACAACAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGAGGCTACTTAACCGCATGCGCATATTACAAACAGTCTAGCTTTTATTGTATaaaa > 2:299252/1‑141 (MQ=255) taattaAACATGTAAAGGATATATTACGTATACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATttatta < 2:361668/138‑1 (MQ=255) aaTGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATAGTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATaa < 1:191015/140‑1 (MQ=255) ttAAAGGATATATTACCTAAAAAAGAACAAATTACAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGTGCTGCTTAACCGCATACGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTa < 2:256207/140‑1 (MQ=255) tAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTaa < 1:101113/141‑1 (MQ=255) aaaGGATTTATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAAc < 1:139370/141‑1 (MQ=255) aaaGGATAGATTACGAAAACAAGAACAAGTTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGGTGCTTAATCGTCAACGAAAATTACAAACGCTATCGAATTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAAc < 2:120786/141‑1 (MQ=255) ggATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACttt > 1:194629/1‑141 (MQ=255) tatatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttatt < 2:351054/141‑1 (MQ=255) tatatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATAACAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttatt < 2:338711/141‑1 (MQ=255) cGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcc < 2:132104/141‑1 (MQ=255) aaCAATAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACTGAATCCGAATATTACAAACACTATAGTTATTATTAAAAAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaacc < 2:177519/141‑1 (MQ=255) aCAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaacca > 1:56757/1‑141 (MQ=255) aCAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTACAGCTTTTATTACATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAAATTTATTAAAATccaacca > 2:186421/1‑141 (MQ=255) aaaaaCAAATTTAAAAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAAt < 2:88894/138‑1 (MQ=255) gAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTa < 1:209964/141‑1 (MQ=255) aaaCAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCAACCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTa < 2:143812/140‑1 (MQ=255) aCAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAg > 1:293194/1‑141 (MQ=255) aaagtaaaaaaCAAAAAAGCCATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGaa < 2:94032/135‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGaa < 1:175284/141‑1 (MQ=255) tAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaaacactatagcttttttgtttttaaatatgttcttgtttacgtaatatcccccggagatgtttaaataaatcatcatta > 2:404815‑M2/1‑61 (MQ=255) gtaaaacaAAAAAGCTATCGATTTTggactattcggatgcagttaagcaggctctgatattaaacactatagtttttttgtttttaaatttgtacttgtttacgtaatatatcctttacatgtttaaataaatcatcatta < 1:404815‑M1/139‑117 (MQ=255) aaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTaa > 1:242349/1‑141 (MQ=255) cAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGACTATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATAAGAGCAAtg > 1:90522/1‑140 (MQ=255) cAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAAtt > 2:50864/1‑140 (MQ=255) cAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATa < 1:462506/141‑1 (MQ=255) aaaaGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATGAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGa < 2:235655/141‑1 (MQ=255) aaaaGCTATAGTCTTTgtaatattcggatgcggttaagcagcccctgatattaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgtaatatatcctttacatgtttaaataaatcatcattatgatctata < 2:320908‑M1/141‑126 (MQ=255) gCTATAGTGTTTgtaatattcggatgcggttaagcagcccctgatattaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgtaatatatcctttacatgtttaaataaatcatcattatgatctatagttg > 1:541362‑M1/1‑12 (MQ=255) cTATAGTGTTTgtaatattcgtatgcggttaagcagcccctgatattaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgtaatatatcctttaaatgtttaaataaatcaccattatgatctatagttgt > 1:295858‑M1/1‑11 (MQ=255) taGTGTTTAATATCAGGGGGTGATTAACAGCATCAGAATAATACAAACAGTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACt > 1:113545/1‑141 (MQ=255) gtTTttaatattctaatgcggttaaccagcgcctaatattaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgcttacgtaatatatcctttacatgtttaaataaatcatcattatgatctatagttgttttattt < 1:99421‑M1/141‑138 (MQ=255) gtTTAATATCATTTGCTGCATAACCGCATCCAAATATTACaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgtaatatatcctttacatgtttaaataaatcatcattatgatctatagttgttttattt > 2:99421‑M2/1‑40 (MQ=255) tgtactattcggatgcggttaagcagcccctgatattaaacactatagcttttttgtttttaaatttgttcttgtttacgtaatatatcctttacatgtttaaataaatcatcattatgatctatcgttgttttatttttt < 1:83292‑M1/141‑141 (MQ=255) | GTCGACGAAAGTTCAACGAAGCAAAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCA > CP000730/1217558‑1217833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |