| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 874,718 | A→C | 100% | K541N (AAA→AAC) | clfA → | fibrinogen‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 874,718 | 0 | A | C | 100.0% | 196.8 / NA | 61 | K541N (AAA→AAC) | clfA | fibrinogen‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (32/29); total (32/29) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GATCCGAATAGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAAACCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACAT > CP000730/874581‑874854 | gATCCGAATAGCAACGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACCCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGGTCAGGTGACGGTATCGATAAcccc > 2:804/1‑140 (MQ=255)gATCCGAATAGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCa < 2:316217/141‑1 (MQ=255) aTCCGAATAGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAg > 2:163823/1‑141 (MQ=255) aGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACAGATCAGGCTCGGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCt > 1:245567/1‑141 (MQ=255) cAAAGGTGACTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGCAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTcagga < 1:249091/141‑5 (MQ=255) tACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTGGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTg < 2:134722/141‑1 (MQ=255) ttCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACCAAGTAGCATTGAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGa < 2:486764/141‑1 (MQ=255) tCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGaa > 2:186809/1‑141 (MQ=255) tttATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTCATGAGCCTGGTGAAATTGa > 2:202277/1‑141 (MQ=255) atGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAAAAACGGATCAGGTTCTGGGGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTAAACAACCTGATGAGACTGGTGGAAATGAACCaa > 1:56301/1‑141 (MQ=255) tGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACCAACTGACGGGCCTGGTGataaggattcaat > 1:556581/1‑129 (MQ=255) tGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCGGAGGGGCCTCGTGCAAACGAAGCAAt > 1:556441/1‑141 (MQ=255) gggTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTGCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAAtt > 2:72750/1‑141 (MQ=255) gggTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGAGCACTCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGCAATTTAACCAAtt > 1:158728/1‑141 (MQ=255) gggTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTAATGCGACCCCCAACTAACATTTAAAAAAGGATCAGGTTCTGCACTCGCTATAGCTAACCCAGCTGTGCCGGAACAGCCTGATGAGTCTCGGGAAATGTAACCAAtt > 2:331717/1‑141 (MQ=255) gTATAACTCGAATCTAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTcc < 2:22575/141‑1 (MQ=255) taACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAAAAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCAaga > 2:103162/1‑141 (MQ=255) aaTATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCa > 2:376353/1‑141 (MQ=255) atatAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATCGAACCAATTCCAGAGGATTCAg < 2:417930/141‑1 (MQ=255) aaTTTGGCGCTCTAGGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAAAGGAGCAGGAGCGGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTc < 1:442468/141‑1 (MQ=255) ttGGCGCTCTATGTCATGGGACACCGAAGTAGCATTTCATAACGGATCAGGTTCTGGTTACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGCTGATCCTGGTGAAATTGAACAACTTCCAGAGGATTCAAATTCTGa > 2:8411/1‑141 (MQ=255) gcgcTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATACTGGCTCAGCTTCGGGCGGCAGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGAccc < 2:174167/141‑1 (MQ=255) ctATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGtt < 2:73352/141‑1 (MQ=255) tATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTc < 2:410425/141‑1 (MQ=255) tATGTCAGGGGCCAACGTAGTAGCATTTAAGAACGGACCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTc < 2:361119/141‑1 (MQ=255) aTGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCGTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCa > 2:178825/1‑141 (MQ=255) tGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAg > 2:539796/1‑141 (MQ=255) tCATGGGACGACGAAGTAGCATTTAATAACGGTTCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATACCCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGAt < 2:68598/141‑1 (MQ=255) tGGTACAACTAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGTCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCt < 2:438095/141‑1 (MQ=255) gACAACGAAGTAGGATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGc < 2:210783/141‑1 (MQ=255) aCAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTGTGACCCAGGGTCAGATCCTGGcg > 2:445261/1‑140 (MQ=255) aaCGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGc > 1:515433/1‑141 (MQ=255) cGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCcgcgg > 1:144475/1‑140 (MQ=255) aGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTc < 1:237038/141‑1 (MQ=255) aGCATTTAATAACGTATCAGGTGCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTaa < 1:181516/141‑1 (MQ=255) aTTTAATAACGGATCAGGGTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTc < 2:66320/141‑1 (MQ=255) ataaCGGATCATGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGTACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCACTTCCAGCGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATa > 2:171952/1‑141 (MQ=255) ataaCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATa > 1:163864/1‑141 (MQ=255) ataaCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCACATa > 2:35276/1‑141 (MQ=255) aaCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGc > 1:32440/1‑141 (MQ=255) aaCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGAGAGc > 2:529796/1‑141 (MQ=255) aCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGATCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCg > 1:349962/1‑141 (MQ=255) cGGATCAGGTTTTGGTGACGGTATCGATCACCCATTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCgg < 2:456210/141‑1 (MQ=255) cGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATCCATATAGCgg > 2:46595/1‑141 (MQ=255) gaccAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGCTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGtt < 1:99673/138‑1 (MQ=255) tCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAGGTCAGATAGTGGTGCa > 1:129126/1‑141 (MQ=255) cTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACGTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCGGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTTAGagtaag > 1:10330/1‑136 (MQ=255) cTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCCGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGCTTCgg > 1:131704/1‑141 (MQ=255) ggTGGCGGTATGGATGACCCCGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAAGTGAACCCATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATGGCGGTTCAGATTCGGGt < 2:221507/141‑1 (MQ=255) gTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTa > 2:130716/1‑141 (MQ=255) aCGGTTTCGATAACCCAGCGGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTg < 2:477983/141‑1 (MQ=255) cGGTATCGATTACCCAGGTGCTACTGAACAACCTGATGACCCTGGTGAAATCGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATGCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCCGCGATTCTAATTCAGATAGCCGTTCAGATTCGGGTAGTGa < 2:41389/141‑1 (MQ=255) cGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGAAAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGa > 2:149598/1‑141 (MQ=255) taccgctAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTc < 1:37472/135‑1 (MQ=255) tATCGATACCCCAGTTGTTCGTGAACAACCTGCGGGGCCCGGAGGGTTCGAGCCAATTCTAGAGGATTCATATTCGGGCCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTc < 1:270021/141‑1 (MQ=255) tATCGATAACCCAGTTGTTCCGGAACAACCTCATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTc < 1:37456/141‑1 (MQ=255) tCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTa > 2:429058/1‑141 (MQ=255) ccaTAACCCGGTTGTTCCTGAACAACCTTATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGCCCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTAc < 2:98919/139‑1 (MQ=255) gATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACa < 2:525840/141‑1 (MQ=255) aTAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACAt < 1:511802/141‑1 (MQ=255) aTAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACAt < 1:539796/141‑1 (MQ=255) aTAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGGTCAGATTCGGGTGGTGATTCTACaa > 2:154816/1‑140 (MQ=255) | GATCCGAATAGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAAACCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACAT > CP000730/874581‑874854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |