| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,027,672 | C→A | 100% | G92V (GGC→GTC) | vraS ← | sensor histidine kinase VraS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,027,672 | 0 | C | A | 97.4% | 105.4 / ‑5.1 | 35 | G92V (GGC→GTC) | vraS | sensor histidine kinase VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (20/14); total (21/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGG > CP000730/2027539‑2027808 | atTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACAGt > 2:396676/1‑141 (MQ=255) ataATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTc < 2:335470/141‑1 (MQ=255) tttCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTg < 1:568934/141‑1 (MQ=255) tCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGaa < 1:186506/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCaa < 1:47036/141‑1 (MQ=255) gCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGAGAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCATTTTGCGTCTTAATCCAATCAt > 2:389345/1‑141 (MQ=255) gCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCGTTCCATTAAACGCTCAATTTGCGTCTTACTCCAATCAt > 1:532718/1‑141 (MQ=255) aTGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAACTCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGACCGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCtg < 1:172196/141‑1 (MQ=255) ttAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTCTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAg < 1:156183/141‑1 (MQ=255) aGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAg > 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(MQ=255) ctcttttctGAGCATTAATGACTACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCACTTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCTAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTta < 1:197247/133‑1 (MQ=255) cTATATTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACAAAATAATATGATGATGAGATTta > 1:522012/1‑141 (MQ=255) tatTTTGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATAAGATGATCAGATTtaaaa > 1:403929/1‑141 (MQ=255) tttGATCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATAATGATGAGATTtaaaaata > 1:180510/1‑141 (MQ=255) tCATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATaaaaaa > 1:234986/1‑141 (MQ=255) cATTAATGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATaaaaaaa > 2:563166/1‑141 (MQ=255) aaTGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGCACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTgg > 2:341704/1‑141 (MQ=255) aaTGACAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAACCGAGTACCAAACCAACAATAATACACAATATTATGATGCTGAGATTTAAAAATAAAAAAACTgg > 1:258746/1‑141 (MQ=255) | ATTAATATTATAATTTTCATTGGTTAAGTTTTGAGTTTTAAGTCGCAACTTATGCAATTCTTGATTTAAAGGTACAAGTGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGG > CP000730/2027539‑2027808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |